Bi7770 Methodology of molecular taxonomy and phylogeny of insects

Faculty of Science
Autumn 2011 - acreditation

The information about the term Autumn 2011 - acreditation is not made public

Extent and Intensity
1/2. 3 credit(s) (plus extra credits for completion). Type of Completion: z (credit).
Teacher(s)
RNDr. Andrea Špalek Tóthová, Ph.D. (seminar tutor)
Guaranteed by
RNDr. Andrea Špalek Tóthová, Ph.D.
Department of Botany and Zoology – Biology Section – Faculty of Science
Prerequisites (in Czech)
SOUHLAS
Course Enrolment Limitations
The course is also offered to the students of the fields other than those the course is directly associated with.
fields of study / plans the course is directly associated with
Course objectives
This course is intended for Bc., MSc. and PhD. students and would give an overview of recent molecular techniques used in entomological research. At the end of the course, students should be able to understand the theoretical and practical principles of following subjects: DNA analysis (extraction of DNA, PCR, electrophoresis, sequencing, fragment analysis of microsatellites), Analysing methods (phylogenetic data: distance methods, maximum parsimony, model testing, maximum likelihood, bayesian inference, etc.).
Syllabus (in Czech)
  • Přednášky 1. DNA (historie, chem. stavba a vlastnosti, typy DNA, vlastnosti primerů a jejich testování) 2. Metody založené na analýzách nukleových kyselin (PCR, MS, RAPD, AFLP, hybridizace) 3. Sekvencování DNA 4. Barcoding a Tree of Life – využitelnost molekulárních dat, multigenová fylogeneze, práce s databázemi 5.Zásady bezpečnosti práce a zacházení s vybavením molekulární laboratoře Cvičení - LAB 6. Praktické cvičení v laboratoři I (extrakce DNA z hmyzí tkáně) 7. Praktické cvičení v laboratoři II (příprava PCR, elektroforéza fragmentů) 8. Praktické cvičení v laboratoři III (příprava vzorků na sekvencování, purifikace a sekvencování) 9. Praktické cvičení v laboratoři IV (mikrosatelity a fragmentační analýza) Cvičení - PC 10. Metody analýzy I (zpracování sekvenčních dat) - analýzy založené na sekvencích fragmentů vybraných genetických markerů 11. Metody analýzy II (fylogenetická data) - metody založené na vzdálenosti, maximální parsimonie, maximální věrohodnost, bayesovské metody, výběr evolučních modelů
Literature
    recommended literature
  • ZIMA J., MACHOLÁN M., MUNCLINGER P., PIÁLEK J. (2004): Genetické metody v zoologii. Univerzita Karlova v Praze, Karolinum, Praha, 239s. ISBN 80-246-0795-6.
  • ŽUROVEC M. (1999) Molekulární biologie živočichů. Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Biologická fakulta, 312 s. ISBN 80-7040-333-0.
  • BARRY G.HALL, 2004: Phylogenetic trees made easy. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts, 221 pp.
  • Rozsypal S. 1998-1999: Úvod do molekulární biologie. Díl 1-2.
  • Sambrook & Russel 2001: Molecular Cloning - A laboratory manual, vol.1-2.
Teaching methods (in Czech)
Výuka bude probíhat formou klasických přednášek, dále praktickým cvičením v laboratoři a následným počítačovým zpracováním, vyhodnocením a analýzou dat.
Assessment methods (in Czech)
Studenti budou hodnoceni na základě pracovních schopností a výsledků v laboratoři a při analýzách získaných dat. K úspěšnému ukončení předmětu také stanovena povinnost navstěvovat výuku bez absence.
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
The course is also listed under the following terms Autumn 2011, Autumn 2012, Autumn 2014, Autumn 2015, Autumn 2016, autumn 2017, Autumn 2018, Autumn 2019, Autumn 2020, autumn 2021, Autumn 2022, Autumn 2023, Autumn 2024.