C3210 Strukturní bioinformatika

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011 - akreditace

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Martin Prokop, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Kurs je zaměřen na získání úvodních znalostí v oblasti strukturní bioinformatiky. Student se nejprve seznámí s rozdílem mezi informací obsaženou explicitně a implicitně v genomu. Dále získá přehled o reprezentaci 3-D struktury molekul v počítači. Bude seznámen se základními strukturními motivy bílkovin a nukleových kyselin, pozná aparát, který umožní 3-D strukturu předpovídat a ujasní si podmíněnost funkce biopolymerů jejich 3-D strukturou. Na závěr se pak obeznámí s možnostmi praktických aplikací výše uvedených postupů a znalostí pro návrhy nových biologicky aktivních molekul.
Osnova
  • 1.Co je strukturní bioinformatika, definice předmětu. 2.Jak získat 3-D strukturu molekuly a molekulárního systému 3.Základní strukturní motivy v bílkovinách, struktura bílkovin 4.Základní strukturní motivy v nukleových kyselinách, struktura nukleových kyselin 5.Energie jako klíčový fenomén při předpovědi 3-D struktury 6.Molekulová mechanika 7.Řešení konformačního problému, konformační prohledávání 8.Ukládání 3-D dat v databázích, pdb formát 9.Homologní modelování a „threading“ 10.Molekulární komplexy, docking 11.Strukturní bioinformatika a návrhy biologicky aktivních látek 12.Návrhy léků na bázi receptoru a farmakoforu
Literatura
  • Structural bioinformatics. Edited by Philip E. Bourne - Helge Weissig. Hoboken, N.J.: Wiley-Liss, 2003, xix, 649. ISBN 0471201995. info
Výukové metody
Teoretická příprava fromou přednášky.
Metody hodnocení
Písemné testy, ústní zkouška.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.