Bi6447 Evoluční analýzy

Přírodovědecká fakulta
podzim 2012
Rozsah
2/1. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Natália Martínková, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Miloš Macholán, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Natália Martínková, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 9:00–11:50 F01B1/709; a Pá 21. 9. 9:00–11:50 B11/235
Předpoklady
Studenti musí mít základní znalosti z evoluční biologie a molekulární genetiky. Doporučuje se absolvovat Bi0999 Molekulární ekologie nebo Bi7492 Analýza sekvencí DNA. Část studijních materiálů je v angličtině.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Po absolvování tohoto předmětu bude student schopen:
- analyzovat genetická data na úrovni jedinců a populací;
- navrhnout hypotézu a testovat ji;
- sestavit analytický aparát pro testování hypotézy;
- posoudit validitu modelu;
- interpretovat výsledky evolučních analýz.
Osnova
  • Náplň předmětu se každoročně skládá z modulů, které studenti vyberou při zápisu. Výběr se provádí pomocí Odpovědníku v ISu. Moduly jsou do sylabu zařazeny podle zájmu až do naplnění kapacity hodin daného semestru.
  • 1. Rekonstrukce fylogeneze (3 týdny) – alignment, substituční model, parsimonické sítě, maximální věrohodnost, Bayesiánska inference.
  • 2. Molekulární datování (2 týdny) – mutační rychlost, detekce časového signálu v sekvenčních datech, transformace délky větví, Bayesiánske datování, koalescenční datování.
  • 3. Prostorová struktura populací (2 týdny) – prostorově explicitní modely struktury populací, Bayesiánska analýza prostorové struktury, MCMC.
  • 4. Selekce (1 týden) – modely založené na analýze sekvencí (codon-based models), analýza populační struktury srovnáním selektovaných a neutrálních znaků.
  • 5. Populační genetika (3 týdny) – detekce Hardy-Weinbergovy rovnováhy, linkage disequilibrium, určení efektivní velikosti populace, indexy genetické diverzity, tok genů, detekce bottlenecků.
  • 6. Celogenomové sekvenování (2 týdny) – analýza flowgramů, kvantifikace polymorfismu.
  • 7. Koevoluce (1 týden) – fylogenetická reprezentace, porovnání matic genetických vzdáleností.
  • 8. Hybridní zóny (1 týden) – detekce kliny.
Výukové metody
Přednášky, diskuse, analýza cvičných dat.
Metody hodnocení
Krátké písemné testy po každém modulu, závěrečný projekt podle návrhu studenta, ústní interpretace projektu na zkoušce, závěrečný písemný test. Moduly, které si student zvolil, budou při hodnocení vážené.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013.