PřF:Bi9410 Strukturní biologie - Informace o předmětu
Bi9410 Strukturní biologie
Přírodovědecká fakultapodzim 2012
- Rozsah
- 2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
- Vyučující
- Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (přednášející) - Garance
- prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- St 12:00–13:50 B11/235
- Předpoklady
- Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Analytická biochemie (angl.) (program PřF, N-BCH)
- Analytická biochemie (program PřF, N-BCH)
- Analytická chemie (program PřF, N-CH)
- Aplikovaná biochemie (program PřF, B-AB)
- Aplikovaná biochemie (program PřF, B-AB, směr Bioanalytická chemie)
- Aplikovaná biochemie (program PřF, B-AB, směr Biotechnologie)
- Aplikovaná biochemie (program PřF, B-AB, směr Klinická biochemie)
- Biofyzika (angl.) (program PřF, D-FY4)
- Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
- Biofyzika (program PřF, B-FY)
- Biofyzika (program PřF, D-FY4)
- Biofyzika (program PřF, N-FY)
- Biofyzika (program PřF, N-FY, směr Aplikovaná biofyzika)
- Biofyzika (program PřF, N-FY, směr Molekulární biofyzika)
- Biochemie (angl.) (program PřF, D-BCH4)
- Biochemie (angl.) (program PřF, N-BCH)
- Biochemie (program PřF, B-BCH)
- Biochemie (program PřF, D-BCH4)
- Biochemie (program PřF, N-BCH)
- Biologie se zaměřením na vzdělávání (program PřF, B-EB)
- Biologie se zaměřením na vzdělávání (program PřF, B-FY)
- Biologie se zaměřením na vzdělávání (program PřF, B-GE)
- Biologie se zaměřením na vzdělávání (program PřF, B-GK)
- Biologie se zaměřením na vzdělávání (program PřF, B-CH)
- Biologie se zaměřením na vzdělávání (program PřF, B-MA)
- Biomolekulární chemie (angl.) (program PřF, D-BCH4)
- Biomolekulární chemie (angl.) (program PřF, N-BCH)
- Biomolekulární chemie (program PřF, D-BCH4)
- Biomolekulární chemie (program PřF, N-BCH)
- Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB)
- Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Botanika)
- Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Zoologie)
- Ekotoxikologie (angl.) (program PřF, D-BI4)
- Ekotoxikologie (program PřF, D-BI4)
- Genomika a proteomika (angl.) (program PřF, D-BCH4)
- Genomika a proteomika (angl.) (program PřF, N-BCH)
- Genomika a proteomika (program PřF, D-BCH4)
- Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)
- Chemie životního prostředí (angl.) (program PřF, D-CH4)
- Chemie životního prostředí (program PřF, D-CH4)
- Chemoinformatika a bioinformatika (program PřF, B-BCH)
- Chemoinformatika a bioinformatika (program PřF, N-BCH)
- Mikrobiologie (angl.) (program PřF, D-BI4)
- Mikrobiologie (program PřF, D-BI4)
- Molekulární a buněčná biologie (angl.) (program PřF, D-BI4)
- Molekulární a buněčná biologie (program PřF, D-BI4)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-EXB)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-EXB, směr Antropogenetika)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-EXB, směr Molekulární biologie a genetika)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB, směr Antropogenetika)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB, směr Molekulární biologie a genetika)
- Obecná a molekulární genetika (angl.) (program PřF, D-BI4)
- Obecná a molekulární genetika (program PřF, D-BI4)
- Speciální biologie (program PřF, B-EXB)
- Speciální biologie (program PřF, B-EXB, směr Ekotoxikologie)
- Speciální biologie (program PřF, B-EXB, směr Experimentální biologie rostlin)
- Speciální biologie (program PřF, B-EXB, směr Experimentální biologie živočichů a imunologie)
- Speciální biologie (program PřF, B-EXB, směr Mikrobiologie a molekulární biotechnologie)
- Speciální biologie (program PřF, N-EXB)
- Speciální biologie (program PřF, N-EXB, směr Ekotoxikologie)
- Speciální biologie (program PřF, N-EXB, směr Experimentální biologie rostlin)
- Speciální biologie (program PřF, N-EXB, směr Experimentální biologie živočichů a imunologie)
- Speciální biologie (program PřF, N-EXB, směr Mikrobiologie a molekulární biotechnologie)
- Strukturní chemie (program PřF, N-CH)
- Cíle předmětu
- Cílem předmětu je seznámit studenty s pohledem na biologické systémy z hlediska struktury biologických makromolekul.
Studenti získají přehled o tom, jak se struktury určují, kde je lze získat, jak je zobrazit a následně analyzovat za účelem získání informací o jejich funkci. Dále se seznámí se základy důležitých fenoménů strukturní biologie jako je dynamika proteinů, protein-proteinové, protein-DNA a protein-ligandové interakce. Na závěr kurzu budou diskutovány aplikace strukturní biologie při studiu molekulární podstaty důležitých biologických procesů, designu nových léčiv a biokatalyzátorů. - Osnova
- Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
- V rámci přednášek budou představena následující temata:
- 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
- 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
- 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
- 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
- 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
- 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
- 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
- 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
- Literatura
- Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
- Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
- Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
- Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
- Výukové metody
- teoretická příprava fromou přednášky
- Metody hodnocení
- písemný test
- Navazující předměty
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- Statistika zápisu (podzim 2012, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2012/Bi9410