PřF:Bi9410 Strukturní biologie - Informace o předmětu
Bi9410 Strukturní biologie
Přírodovědecká fakultapodzim 2024
- Rozsah
- 2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
- Vyučující
- doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (přednášející)
Sérgio Manuel Marques, PhD. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník) - Garance
- prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Experimentální biologie živočichů a imunologie (program PřF, B-EMB)
- Lékařská genetika a molekulární diagnostika (program PřF, B-LGM)
- Mikrobiologie (program PřF, B-EMB)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-EMB)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-EXB, směr Antropogenetika)
- Cíle předmětu
- Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinůa
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů - Výstupy z učení
- - popis struktury makromolekul a charakterizace individualnich interakci
- stažení a základní analýza kvality struktury a identifikace případných chyb
- experimentální metody a predikce struktury in silico
- analyza funkce, dynamiky a stability
- vliv mutace na strukturu, funkci, dynamiku a stabilitu makromolekul - Osnova
- Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
- V rámci přednášek budou představena následující temata:
- 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
- 2. Databáze experimentálních struktur – získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
- 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
- 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
- 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
- 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
- 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
- 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
- Literatura
- Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
- Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
- Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
- Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
- Výukové metody
- teoretická příprava formou přednášky
- Metody hodnocení
- písemný test - výběr z více možností, k úspěšnému absolvování je třeba správně zodpovědět minimálně 9 z 25 otázek
- Navazující předměty
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/Bi9410