C2136 Pokročilá chemoinformatika

Faculty of Science
Autumn 2013
Extent and Intensity
2/0. 2 credit(s) (plus extra credits for completion). Type of Completion: zk (examination).
Teacher(s)
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (lecturer)
doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (lecturer)
RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D. (assistant)
Mgr. Ing. Crina-Maria Ionescu, Ph.D. (assistant)
Sushil Kumar Mishra, Ph.D. (assistant)
Guaranteed by
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Supplier department: National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Prerequisites
C2130 Introduction to chemoinformatics and bioinformatics
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives (in Czech)
Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti chemoinformatiky. Na konci kursu budou studeni schopni provádět predikci fyzikálně chemických vlastností molekul na základě jejich struktury s využitím QSPR modelů. Dále získají studenti zkušenosti virtuálním screeningem a aplikací dockingu v této oblasti. Studenti budou také schopni vyhledávat informace o molekulách a jejich vlastnostech v chemoinformatických databázích. Studenti se rovněž naučí pracovat s moderními metodikami pro zpracování chemoinformatických dat, jako jsou genetické algoritmy, neuronové sítě, analýza klastrů a support vector machines.
Syllabus (in Czech)
  • 1) Modely pro predikci fyzikálně chemických vlastností molekul na základě jejich struktury (QSPR modely) – teoretický popis modelu
    2) Návrh QSPR modelu a výběr deskriptorů
    3) Lineární a multilineární regrese v QSPR modelu
    4) Metriky kvality QSPR modelu
    5) Nelineární QSPR modely
    6) Aplikace QSPR modelů pro predikci konkrétních veličin (pKa, log P)
    7) Virtuální screening v chemoinformatice: “drug-likeness”, virtuální screening založený na struktuře ligandu, virtuální screening založený na struktuře receptoru
    8) Deskriptory ADMET (adsorbce, distribuce, metabolismus, exkrece a toxicita), využití dokingu ve virtuálním screeningu, skórovací funkce
    9-10) Chemoinformatické databáze: Databáze struktur molekul (DTP NCI, Pubchem, Drugbank, Zinc), databáze vlastností molekul a databáze deskriptorů. Vyhledávání v těchto databázích.
    11-12) Moderní metodiky zpracování chemoinformatických dat: genetické algoritmy, neuronové sítě, analýza klastrů, support vector machines
Literature
  • • Chemoinformatics Concepts, Methods, and Tools for Drug Discovery. Edited by Jürgen Bajorath. Humana Press Totowa, New Jersey, 2004
  • • Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Edited by Alexandre Varnek and Alex Tropsha. Royal Society of Chemistry, 2008
  • Handbook of chemoinformatics :from data to knowledge in 4 volumes. Edited by Johann Gasteiger. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xlvii s.,. ISBN 3-527-30680-3. info
  • Chemoinformatics : a textbook. Edited by Johann Gasteiger - Thomas Engel. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xxx, 649. ISBN 9783527306817. info
Teaching methods (in Czech)
přednášky s praktickými demonstracemi
Assessment methods (in Czech)
písemný test
Language of instruction
Czech
Further Comments
Study Materials
The course can also be completed outside the examination period.
The course is taught once in two years.
The course is taught: in blocks.
The course is also listed under the following terms Autumn 2007 - for the purpose of the accreditation, Autumn 2011 - acreditation, Spring 2014, Autumn 2014, Autumn 2016, Autumn 2018, Autumn 2020, autumn 2021, Autumn 2023, Autumn 2024.
  • Enrolment Statistics (Autumn 2013, recent)
  • Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/autumn2013/C2136