C3210 Strukturní bioinformatika

Přírodovědecká fakulta
podzim 2017
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Martin Prokop, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 18. 9. až Pá 15. 12. Čt 16:00–16:50 C04/211
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem předmětu je seznámit studenty se strukturními motivy bílkovin a nukleových kyselin, s metodami pro stanovení 3D struktury proteinů, s fyzikálně-chemickými principy interakcí v proteinech a využití těchto znalostí pro návrh biologicky aktivních molekul.
Výstupy z učení
Po úspěšném ukončení kurzu bude student schopen: popsat základní strukturní motivy bílkovin a nukleových kyselin; ovládat teoretické principy metod pro předpovídání 3D struktury proteinů; vysvětlit podmíněnost funkce biopolymerů jejich 3D strukturou; demonstrovat praktickou použitelnost výše uvedených principů pro návrhy nových biologicky aktivních molekul.
Osnova
  • 1.Co je strukturní bioinformatika, definice předmětu. 2.Jak získat 3-D strukturu molekuly a molekulárního systému 3.Základní strukturní motivy v bílkovinách, struktura bílkovin 4.Základní strukturní motivy v nukleových kyselinách, struktura nukleových kyselin 5.Energie jako klíčový fenomén při předpovědi 3-D struktury 6.Molekulová mechanika 7.Řešení konformačního problému, konformační prohledávání 8.Ukládání 3-D dat v databázích, pdb formát 9.Homologní modelování a „threading“ 10.Molekulární komplexy, docking 11.Strukturní bioinformatika a návrhy biologicky aktivních látek 12.Návrhy léků na bázi receptoru a farmakoforu
Literatura
  • Structural bioinformatics. Edited by Philip E. Bourne - Helge Weissig. Hoboken, N.J.: Wiley-Liss, 2003, xix, 649. ISBN 0471201995. info
Výukové metody
Teoretická příprava fromou přednášky.
Metody hodnocení
Písemný test a ústní zkouška. Test je tvořen 30 otázkami, pro úspěšné absolvování zkoušky je nutné zodpovědět správně alespoň 20 z nich.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.