C6770 NMR Spectroscopy of Biomolecules

Přírodovědecká fakulta
podzim 2019
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc. (přednášející)
Konstantinos Tripsianes, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 9:00–10:50 C04/211
Předpoklady
The course is offered to students interested in NMR methods applied to biomacromolecules. Basic knowledge of structure of proteins and nucleic acids is expected.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
The course will provide introduction to modern NMR techniques which can be applied to extract structural information for small and mid-size biological macromolecules - peptides, proteins, DNA and RNA oligonucleotides. Experimental procedures and computational protocols for determination of three-dimensional structures and dynamics based on NMR data will be discussed. Students who finish the course successfully will understand principles of NMR and its applications to biochemical problems described in original research articles, to analyze NMR experiments and design their modification, to chose the correct approach of solving a given problem, and to combine results of individual approaches to obtain a complex picture of the studied problem. The course is designed so that students who continue to study in a PhD program will be able to apply the learned skills in their own research projects.
Osnova
  • 1. NMR as a tool for structure biology
  • 2. Basic NMR experiments, spin alchemy in heteronuclear systems
  • 3. NMR of proteins: basic ideas
  • 4. NMR of proteins: technical issues
  • 5. Homonuclear systems, equivalent nuclei, strong coupling
  • 6. TOCSY
  • 7. NMR of nucleic acids I (R. Fiala)
  • 8. NMR of nucleic acids II (R. Fiala)
  • 9. Practical application of protein NMR spectroscopy I (K. Tripsianes)
  • 10. Practical application of protein NMR spectroscopy II (K. Tripsianes)
  • 11. NMR relaxation and dynamics of molecules I
  • 12. NMR relaxation and dynamics of molecules II
  • 13. Interactions, exchange
Literatura
  • CAVANAGH, John. Protein NMR spectroscopy : principles and practice. 2nd ed. Amsterdam: Elsevier, 2007, xxv, 885. ISBN 9780121644918. info
Výukové metody
Lectures combining explanation of basic ideas with analysis of model examples, computer simulations of the discussed topics.
Metody hodnocení
Oral examination in a form of discussion of problems solved by the student.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.ncbr.chemi.muni.cz/~lzidek/C6770/C6770.html
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2000, jaro 2001, jaro 2002, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.