PřF:FB810 Probl. Issues Molec. Modeling

FB810 Problems and Issues of Molecular Modeling

Faculty of Science
autumn 2021

Extent and Intensity

2/0/0. 2 credit(s) (plus extra credits for completion). Type of Completion: z (credit).

Teacher(s)

prof. RNDr. Robert Vácha, PhD. (lecturer)

Guaranteed by

Prerequisites (in Czech)

C7790 Intro. to Mol. Mod.
časté používání molekulového modelování

Course Enrolment Limitations

The course is offered to students of any study field.

Course objectives (in Czech)

Seznámit studenty s limity a omezeními výpočetních metod a matematických nástrojů implementovaných do programů pro molekulové modelování.

Syllabus (in Czech)

1. Termostaty: Zachování ekvipartičního teorému (letící ledová kostka), Správnost termostatu (kanonický soubor), Oddělené termostaty pro různé částí systému, Stochastické termostaty a dynamika
2. Dalekodosahové interakce: Cut-off, Elektroneutralita systému, Dipól v boxu
3. Forcefield: Parametrizace proteinů, Různá mixovací pravidla, Polarizační katastrofa, Protein voda, Škálovaní nábojů
4. Externí pole: Pohyb nenabitých částic v el. poli

Literature

Andrew Leach: Molecular Modelling: Principles and Applications, Pearson, 2001
Daan Frenkel, Berend Smit: Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications (Computational Science) 2nd Ed., Academic Press, 2001

Teaching methods (in Czech)

Samostatné studium literatury, prezentace a diskuze

Assessment methods (in Czech)

Prezentace a diskuze studovaného problému

Language of instruction

Czech

Further Comments

The course is taught annually.
The course is taught: every week.

The course is also listed under the following terms Autumn 2019, Autumn 2020, Spring 2021, Spring 2022, Spring 2023.