Bi7420 Moderní metody pro analýzu genomu

Přírodovědecká fakulta
podzim 2023
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
MVDr. Boris Tichý, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D. (přednášející)
prof. MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Terézia Kurucová (přednášející)
Mgr. Filip Pardy (přednášející)
Garance
MVDr. Boris Tichý, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 15:00–16:50 B11/305
Předpoklady
Bi1700 Buněčná biologie && ( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( Bi4020c Molekulární biologie - cv. || Bi6400 Metody molekulární biologie )
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 40 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 16/40, pouze zareg.: 0/40, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/40
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen s orientovat v moderních mmolekulárně-biologických metodách a vysvětlit principy čipových technologií a sekvenování nové generace
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen: - aplikovat metodu CRISPR ve svém výzkumu - popsat princip sekvenování nové generace - navrhnout experiment s využitím sekvenování nové generace - analyzovat data získaná sekvenováním nové generace
Osnova
  • 1. Microarrays - technologické aspekty čipových technologií; expresní, CGH, SNP čipy, resekvenační, a proteinové čipy 2. Sekvenování nové generace (NGS) – technologické aspekty různých NGS platforem 3. Příprava knihoven pro sekvenování nové generace 4. Metody pro analýzu nekódujících RNA – miRNA, lncRNA, příklady využití v onkologii 5. Analýza dat – bioinformatické přístupy a statistické metody hodnocení 6. Aplikace - Využití čipových a NGS technologií, design experimentů
Literatura
  • Koubková L, Vojtěšek B, Vyzula R. Next generation sequencing -  application in clinical practice. Klin Onkol. 2014;27 Suppl 1:S61-8.
Výukové metody
Teoretická příprava.
Metody hodnocení
písemný test
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2024.