F8310 Molecular interactions and their role in biology and chemistry

Faculty of Science
Spring 2005
Extent and Intensity
2/0. 4 credit(s). Type of Completion: k (colloquium).
Teacher(s)
prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc. (lecturer)
Guaranteed by
prof. RNDr. Viktor Brabec, DrSc.
Physics Section – Faculty of Science
Contact Person: prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.
Timetable
Tue 10:00–11:50 BFU
Course Enrolment Limitations
The course is also offered to the students of the fields other than those the course is directly associated with.
fields of study / plans the course is directly associated with
Course objectives (in Czech)
Molekulové interakce hrají klíčovou úlohu v chemii a v biologii. V přednášce budou probrány základní typy molekulových interakcí a energetických příspěvků. Kovalentní vazba, van der Waalsovské interakce, elektrostatické interakce, vodíkové interakce, a dále ostatní interakce jako je charge transfer a polarizace. Jejich popis bude probrán jak na úrovni empirických potenciálů, tak i na úrovni kvantově chemických aplikací. Stručně probrány budou základní metody experimentálního studia molekulových interakcí, t.j. rentgenostrukturní analýza, NMR, a fyzikálně-chemické metody v plynné fázi. Bude podrobně vysvětlen vliv solvatace, hydrofobní a hydrofilní interakce, entropie a souhra mezi přímými molekulovými interakcemi v systémech a vliv okolního prostředí. Zvláštní pozornost bude pak věnována demonstraci získaných vědomostí na konkrétních případech, zejmena na struktuře a funkci ribosomu při syntéze proteinu.
Literature
  • RÁZGA, Filip, Jaroslav KOČA, Jiří ŠPONER and Neocles B. LEONTIS. Hinge-Like Motions in RNA Kink-Turns: The Role of the Second A-minor Motif and Nominally Unpaired Bases. Biophysical Journal. USA: Biophysical Society, 2005, vol. 88, No 5, p. 3466-3485. ISSN 0006-3495. info
  • RÉBLOVÁ, Kamila, Nadezda SPACKOVÁ, Jaroslav KOČA, Neocles LEONTIS and Jiri SPONER. Long-residency hydration, cation binding and dynamics of Loop E/Helix IV rRNA - L25 protein complex. Biophysical Journal. New York, USA: Rockefeller University, 2004, vol. 87, No 5, p. 3397-3412. ISSN 0006-3465. info
  • RÉBLOVÁ, Kamila, Naděžda ŠPAČKOVÁ, Judit ŠPONER, Jaroslav KOČA and Jiři ŠPONER. Molecular dynamics simulations of RNA kissing loop motifs reveal structural dynamics and formation of cation-binding pockets. Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 2003, vol. 31, No 23, p. 6942-6952. ISSN 0006-3465. info
  • RÉBLOVÁ, Kamila, Nadezda SPACKOVÁ, Richard STEFL, Kristina CSASZAR, Jaroslav KOCA, Neocles LEONTIS and Jiri SPONER. Non-Watson-Crick Basepairing and Hydration in RNA Motifs:. Biophysical Journal. New York, USA: Rockefeller University, 2003, vol. 84, No 6, p. 3564-3582, 18 pp. ISSN 0006-3465. info
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is also listed under the following terms Spring 2008 - for the purpose of the accreditation, Spring 2011 - only for the accreditation, Spring 2002, Spring 2003, Spring 2004, Spring 2006, Spring 2007, Spring 2008, Spring 2009, Spring 2010, Spring 2011, Spring 2012, spring 2012 - acreditation, Spring 2013, Spring 2014, Spring 2015, Spring 2016, Spring 2017, spring 2018, Spring 2019, Spring 2021.
  • Enrolment Statistics (Spring 2005, recent)
  • Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/spring2005/F8310