PřF:Bi0999 Molecular ecology - Course Information
Bi0999 Molecular ecology
Faculty of ScienceSpring 2006
- Extent and Intensity
- 2/0. 3 credit(s). Type of Completion: k (colloquium).
- Teacher(s)
- prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D. (lecturer)
- Guaranteed by
- prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.
Department of Botany and Zoology – Biology Section – Faculty of Science
Contact Person: prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D. - Course Enrolment Limitations
- The course is offered to students of any study field.
- Course objectives (in Czech)
- Molekulární ekologie je nedávno vzniklý obor, který se snaží řešit ekologické problémy molekulárními metodami. Přestože má takto vymezená disciplína zdánlivě nejasné hranice, tvoří řešená problematika překvapivě kompaktní celek. I přes svůj nedávný vznik prochází tato disciplína bouřlivým vývojem. Množství vědeckých článků věnujících se molekulární ekologii roste geometrickou řadou, existuje specializovaný velmi kvalitní časopis a koncem loňského roku vyšla dokonce první učebnice. Přednáška by měla seznámit studenty se základy této nauky.
- Syllabus (in Czech)
- 1. Co je a co není molekulární ekologie? Vymezení oboru, překryv s jinými obory, stručná historie 2. Hlavní používané terénní a laboratorní metody Sběr a uchování vzorků, metody zjišťování genetického polymorfismu u volně žijících živočichů (sekvence, mikrosatelity, alozymy, AFLP a další) 3. Evoluce mikrosatelitů, výhody sekvenačních dat a mikrosatelitů oproti dřívějším metodám Proč je tak moc alel? Mutační rychlost, typy mutací, opravné mechanismy, teoretické mutační modely 4. Identifikace kryptických druhů, hybridů a pohlaví pomocí molekulárních metod Fixovaný polymorfismus, CHD geny u ptáků, chromosom Y u savců 5. Určení otce, matky nebo obou dvou. Minimální počet rodičů vrhu nebo snůšky Klasický fingerprinting, mikrosatelity, spolehlivost analýzy, jednoduché vyloučení, categorical x fractional likelihood, přehled dostupných programů 6. Populační genetika: studium populační struktury, genetické diversity a inbreedingu Důsledky Hardy-Weinbergova pravidla, změny alelických frekvencí (mutace, migrace, selekce, velikost populace, genetický drift), Wahlundův princip, F-statistika, fixační indexy, AMOVA, koalescenční přístup, příklady s využitím dostupných programů 7. Fylogeografie: genetická historie rozšíření druhu Výhody mitochondriální DNA, refugia a kolonizační cesty 8. Hybridní zóny, využití molekulárních znaků ke studiu fitness u volně žijících živočichů Konstrukce kliny, selekce proti hybridům, rozdíly v chování různých částí genomu 9. Geny a jejich biologická funkce - příklady funkčních genů a jejich význam v ekologii Imunogenetika (variabilita a analýza MHC systému), geny a komunikace (MHC - výběr partnera, MUPs, ABP) 10. Ochranářská genetika Odhady Ne, bottleneck, fragmentace populací 11. Genetická historie člověka Africký versus multiregionální model, Gene Trees, genetická diversita v Africe, DNA neandrtálců, genetické vzdálenosti mezi populacemi Literatura: Berne, 2004: An itroduction to molecular ecology. Hartl & Clark, 1997: Principles of population genetics, third edition. Hartl, 1999: A primer on population genetics. Balding, Bishop & Cannings (eds.), 2003: Handbook of statistical genetics, second edition. Arnold, 1997: Natural hybridization and evolution. Avise, 2003: Phylogeography: the history and formation of species. Časopis Molecular Ecology
- Language of instruction
- Czech
- Further comments (probably available only in Czech)
- The course can also be completed outside the examination period.
The course is taught once in two years.
Information on the per-term frequency of the course: liché roky.
The course is taught: every week.
- Enrolment Statistics (Spring 2006, recent)
- Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/spring2006/Bi0999