PřF:Bi7550 Anal. ekol. spol. v programu R - Informace o předmětu
Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R
Přírodovědecká fakultajaro 2012 - akreditace
Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují
- Rozsah
- 1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
- Vyučující
- Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Systematická biologie a ekologie (program PřF, B-BI, směr Systematická botanika a geobotanika)
- Systematická biologie a ekologie (program PřF, B-BI, směr Systematická zoologie a ekologie)
- Systematická biologie a ekologie (program PřF, N-BI, směr Botanika)
- Systematická biologie a ekologie (program PřF, N-BI, směr Zoologie)
- Cíle předmětu
- Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.
- Osnova
- 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Betadiverzita, matice podobností, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Klasifikační a regresní stromy 7. Doplňkové metody (např. Beals smoothing, analýza diverzity - rarefaction, atd.)
- Literatura
- Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
- Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
- CRAWLEY, Michael J. The R book. Chichester: Wiley, 2007, viii, 942. ISBN 9780470510247. info
- Výukové metody
- Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část.
- Metody hodnocení
- Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.
- Další komentáře
- Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.
- Statistika zápisu (jaro 2012 - akreditace, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2012-akreditace/Bi7550