Bi8360 Molecular diagnostics of microorganisms

Faculty of Science
spring 2012 - acreditation

The information about the term spring 2012 - acreditation is not made public

Extent and Intensity
2/0. 2 credit(s) (plus extra credits for completion). Type of Completion: zk (examination).
Teacher(s)
prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc. (lecturer)
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc. (lecturer)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (lecturer)
Guaranteed by
prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc.
Department of Experimental Biology – Biology Section – Faculty of Science
Contact Person: prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc.
Supplier department: Department of Experimental Biology – Biology Section – Faculty of Science
Prerequisites (in Czech)
( Bi4020 Molecular biology || Bi4010 Essential molecular biology ) && ( Bi2050 General Microbiology || Bi2060 Basic microbiology || Bi4090 General microbiology )
Course Enrolment Limitations
The course is only offered to the students of the study fields the course is directly associated with.
fields of study / plans the course is directly associated with
Syllabus (in Czech)
  • 1. Struktura genomu jednotlivých skupin mikroorganismů (bakterie, viry, houby). Typy polymorfizmů v genomech. 2. Metodické přístupy pro molekulární epidemiologii a taxonomii mikroorganismů. Přímé a nepřímé diagnostické metody. 3. Identifikace bakterií v klinické mikrobiologii. Využití 16S rRNA a ortologních genů. Chemotaxonomické metody. Metody využívající MALDI-MS. 4. Laboratorní metody pro typizaci patogenů- molekulární techniky bez amplifikace DNA. Genomové typizační techniky. Pulzní gelová elektroforéza. Analýza mobilních genetických elementů. 5. Laboratorní metody pro typizaci patogenů- typizace založená na PCR. PCR-typizační techniky založené na náhodných sekvencích, heterogenitě mezi restrikčními místy, roztroušených repetitivních elementech a variabilitě tandemových repeticí. 6. Přímé metody pro typizaci kmenů. Jednolokusová a multilokusová sekvenční typizace. 7. Analýza podobnosti a příbuznosti v molekulární epidemiologii. Metody klasifikace a shlukové analýzy. Analýza rozlišovací schopnosti a reprodukovatelnosti. Počítačová analýza příbuznosti patogenních mikroorganismů. 8. Diagnostické aplikace pro detekci a charakterizaci významných bakteriálních patogenů (Escherichia coli, Streptococcus pneumoniae, Helicobacter pylori, Staphylococcus aureus) a houbových patogenů. 9. Molekulární epidemiologie infekcí spojených s nemocniční péčí. Gram-negativní bakteriální infekce. Gram-pozitivní bakteriální infekce. 10. Molekulární přístupy pro analýzu antibiotické rezistence. 11. Metodické přístupy pro molekulární epidemiologii a taxonomii nejvýznamnějších virů (DNA-virů bakterií, herpesvirů, adenovirů, RNA-virů, Levivirů, Lentivirů). 12. Diagnostika a genotypizační metody analýzy genomu DNA a RNA virů (RFLP, SSCP,PCR-RFLP analýza, sekvencování genomu, metody HMA a HTA). Molekulární analýza segmentovaných genomů RNA virů. 13. Genetika hostitele a farmakogenomika. Aplikace technologie microarrays. 14. Laboratorní standardizace, správná laboratorní práce, standardy pro kvalitu kontroly a monitorování. Vybavení molekulárně mikrobiologické laboratoře.
Language of instruction
Czech
Follow-Up Courses
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
The course is also listed under the following terms Spring 2012, Spring 2014, Spring 2015, Spring 2016, Spring 2017, spring 2018, Spring 2019, Spring 2020, Spring 2021, Spring 2022, Spring 2023, Spring 2024, Spring 2025.