PřF:C2139 Pokročilá bioinformatika - sem - Course Information

C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář

Extent and Intensity

0/1. Type of Completion: z (credit).

Teacher(s)

prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (lecturer), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (deputy)

Guaranteed by

prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Supplier department: National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science

Prerequisites (in Czech)

NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )

Course Enrolment Limitations

The course is offered to students of any study field.

Course objectives (in Czech)

Ve cvičení se studenti seznámí s pokročilými bioinoformatickými metodami.

Syllabus (in Czech)

• 1) Spojení základních bioinformatických nástrojů (prohledávání databází, sequence alignment, predikce vlastností genů a proteinů, tvorba primerů atd.) na specializovaném rozhraní – WorkBench.
  2) Zpracování sekvenačních výstupů – BioEdit.
  3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, vazebných míst pro transkripční faktory (TRANSFAC). Studium nekódujících úseků nukleových kyselin.
  4) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce transkripčních faktorů (vyhledávání pomocí skrytých Markovových modelů).
  5) Anotace genomů. Automatická anotace (GeneQuiz, PEDANT, ERGO). Správnost anotace, zdroje chyb.
  6) Anotace genomů. Predikce funkce proteinu pomocí srovnávání konzervovaných operonů (COGs, STRING).
  7) Fylogenetická analýza. Fylogenetické stromy, tvorba stromů, software pro fylogenetickou analýzu.
  8) Posttranslační modifikace. Predikce posttranslačních modifikací (glykosylace).
  9) Bioinformatický potenciál sacharidů. Databáze týkající se sacharidů a jejich vlastností. Glykom. Struktura a biologická aktivita sacharidů (Consortium for Functional Glycomics).
  8) Protein data bank (PDB). Orientace v databázi. Strukturní informace. Doplňkové informace. Validace dat.
  9) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. Analýza repetic v DNA. Predikce 2D a 3D struktur nukleových kyselin.
  10) Design primeru a mutageneze. Vztah mezi mutací a funkcí. Pravidla pro tvorbu mutačních primerů. Místně cílená a místně náhodná mutageneze.
  11) Alignment metabolických drah. Databáze enzymů. Kombinace enzymových dat a metabolitů. Alignment.
  12) Virtuální screening. Význam virtuálního screeningu. Základy molekulového dockingu.

Literature

• HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH and David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. Milton Park, Abingdon: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. info
• ZVELEBIL, Marketa J. and Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info

Teaching methods (in Czech)

praktická cvičení

Assessment methods (in Czech)

písemný test

Language of instruction

Czech

Further Comments

The course is taught annually.
The course is taught: every week.

Listed among pre-requisites of other courses

• C2138 Advanced bioinformatics
  C2135 && NOW(C2139)  

• Enrolment Statistics (Spring 2013, recent)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/spring2013/C2139