Bi6361 Microbial Ecology of Water

Faculty of Science
Spring 2014
Extent and Intensity
2/0. 2 credit(s) (plus extra credits for completion). Type of Completion: zk (examination).
Teacher(s)
doc. RNDr. Martin Rulík, Ph.D. (lecturer), doc. RNDr. Jan Helešic, Ph.D. (deputy)
Guaranteed by
doc. RNDr. Jan Helešic, Ph.D.
Department of Botany and Zoology – Biology Section – Faculty of Science
Contact Person: doc. RNDr. Jan Helešic, Ph.D.
Supplier department: Department of Botany and Zoology – Biology Section – Faculty of Science
Prerequisites (in Czech)
( B4090 General microbiology || Bi4090 General microbiology ) && ( B6360 Limnobiology || Bi6360 Limnobiology ) && (! B6361 Microbial Ecology of Water )
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
The capacity limit for the course is 12 student(s).
Current registration and enrolment status: enrolled: 0/12, only registered: 0/12, only registered with preference (fields directly associated with the programme): 0/12
Course objectives
Lecture „Aquatic microbial ecology“ provides an basic overview of biology and ecology of microorganisms in water ecosystems, their importance in biogeochemical matter cycling and energy transformation, possibilities of using in anthropogenic system and their role in water borne infections
Syllabus
  • 1. Mikroorganismy ve vodách - charakteristika vybraných skupin (baktérie, archebaktérie, řasy, bezbarví bičíkovci a nálevníci, mikroskopické houby), základy fyziologie baktérií, metabolismus a růst baktérií, funkční skupiny baktérií, extremofilní baktérie 2. Metody vodní mikrobiologie - přímé mikroskopické počty vs kultivace, biomasa (analýza obrazu, biovolum/bakteriální C), aktivita (FDA, příjem glukózy, EEA), produkce (inkorporace 3H-thymidinu a 14C-leucinu), taxonomie a determinace (PCR, DGGE, TGGE, FISH, PLFA), detekce prvoků (protargol), rychlost žraní baktérií (FLB), biomasa hub (ergosterol) 3. Mikrobiální smyčka ve vodách - mikroorganismy vs trofická síť vodních ekosystémů, viry a virové lýze, mortalita baktérií žraním, fenotypové změny baktérií jako důsledek predace, význam mikrobiální smyčky v toku látek a živin, příkladové studie (Šumava, ….) 4. Mikrobiální biofilmy ve vodním prostředí – výskyt a význam biofilmů v prostředí, vznik a růst biofilmu, quorum sensing a diferenciace biofilmu, biofilmy a rezistence vůči ATB, biofilmy a koroze, biofilmy a patogenní infekce, biofilmy jako metabolické centrum 5. Mikrobiální respirace, fotosyntéza a symbióza ve vodách – aerobní vs anaerobní respirace, termodynamika procesů a dostupné elektronové akceptory, fermentace, hlavní a akcesorické pigmenty, oxygení vs anoxygenní organismy, příklady symbiózy ve vodách (herbivorní ryby, korálové útesy, nálevníci, riftie) 6. Role baktérií v biogeochemické koloběhu prvků ve vodních ekosystémech – autochtonní vs allochtonní uhlík, DOC a POC, metanogeneze, cyklus dusíku (fixace N2, nitrifikace, nitrátová respirace, denitrifikace), aerobní vs anaerobní cyklus síry a produkce DMS, bakteriální oxidace a respirace železa a manganu, baktérie vs cyklus vápníku a fosforu 7. Baktérie v jednotlivých typech vodních ekosystémů – moře, jezera a nádrže, tekoucí vody, podzemní vody, extrémní biotopy, umělé systémy (pitné vody, ČOV), řízená biodegradace (bioremediace) 8. Zdravotní a hygienické aspekty vodní mikrobiologie - výskyt a osud indikátorových organismů ve vodách (planktonní vs biofilmová společenstva, sedimenty vod), voda jako vektor patogenních organismů (E. coli, Salmonella, Vibrio, Legionella, Naegleria, Hartmanella) a nákaz (kryptosporidie, leptospiry…)
Literature
  • Mikrobiální ekologie vody. Edited by Věra Straškrabová. [1. vyd.]. Praha: Ministerstvo životního prostředí ČR, 1996, 119 s. ISBN 80-85368-88-9. info
Teaching methods
Lecture.
Assessment methods
Oral exam.
Language of instruction
Czech
Further comments (probably available only in Czech)
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
Information on course enrolment limitations: Povinný pro hydrobiology
The course is also listed under the following terms Spring 2011 - only for the accreditation, Spring 2003, Spring 2011, Spring 2012, spring 2012 - acreditation, Spring 2013, Spring 2015, Spring 2016, Spring 2017.
  • Enrolment Statistics (Spring 2014, recent)
  • Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/spring2014/Bi6361