PřF:C9925 Soft matter - Informace o předmětu

C9925 Introduction to soft matter models of membranes and proteins

Rozsah

2/0. 2 kr. (plus 1 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Robert Vácha, PhD. (přednášející)
Mgr. Miroslav Jurásek, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Ivo Kabelka, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 14:00–15:50 C04/211

Předpoklady

Calculus and physical chemistry at basic university level (Základní znalosti matematiky a fyzikální chemie vysokoškolské úrovně)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biofyzika (angl.) (program PřF, D-FY4)
• Biofyzika (angl.) (program PřF, N-FY)
• Biofyzika (program PřF, D-FY4)
• Biofyzika (program PřF, N-FY)
• Biofyzika (program PřF, N-FY, směr Aplikovaná biofyzika)
• Biofyzika (program PřF, N-FY, směr Molekulární biofyzika)
• Biomolekulární chemie (angl.) (program PřF, D-BCH4)
• Biomolekulární chemie (angl.) (program PřF, N-BCH)
• Biomolekulární chemie (program PřF, D-BCH4)
• Biomolekulární chemie (program PřF, N-BCH)
• Fyzikální chemie (angl.) (program PřF, D-CH4)
• Fyzikální chemie (angl.) (program PřF, N-CH)
• Fyzikální chemie (program PřF, D-CH4)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)
• Chemie makromolekulárních látek (angl.) (program PřF, D-CH)
• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH)
• Makromolekulární chemie (program PřF, N-CH)
• Matematické modelování a numerické metody (program PřF, N-MA)
• Materiálová chemie (angl.) (program PřF, D-CH4)
• Materiálová chemie (angl.) (program PřF, N-CH)
• Materiálová chemie (program PřF, D-CH4)
• Materiálová chemie (program PřF, N-CH)
• Molekulární a buněčná biologie (angl.) (program PřF, D-BI4)
• Molekulární a buněčná biologie (program PřF, D-BI4)
• Obecné otázky fyziky (angl.) (program PřF, D-FY4)
• Obecné otázky fyziky (program PřF, D-FY4)
• Organická chemie (angl.) (program PřF, D-CH4)
• Organická chemie (angl.) (program PřF, N-CH)
• Organická chemie (program PřF, D-CH4)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)
• Strukturní chemie (program PřF, N-CH)
• Teoretická fyzika a astrofyzika (angl.) (program PřF, D-FY4)
• Teoretická fyzika a astrofyzika (program PřF, D-FY4)
• Teoretická fyzika a astrofyzika (program PřF, N-FY, směr Teoretická fyzika)

Cíle předmětu

At the end of the course students should be able to: analyze existing coarse grained models or develop a basic new ones; identify a method and level of coarse graining in existing soft matter models; calculate protein-protein, protein-membrane, and membrane-membrane interaction strengths and their distance dependence; understand methods and phenomena in soft matter;

Osnova

• 1) Introduction to coarse grained models
• 2) Ideal chain approximation
• 3) Ideal thin membrane
• 4) Interaction of uncharged membrane and proteins
• 5) Interaction of charged membrane and proteins I
• 6) Interaction of charged membrane and proteins II
• 7) Thermodynamic principles of self assembly
• 8) Langmuir adsorption and grand canonical ensemble
• 9) Dynamics and transport
• 10) Advanced Monte Carlo

Literatura

• Intermolecular and Surface Forces 3rd edition by Jacob N. Israelachvili; Academic Press 2010
• Giant Molecules: Here, There, and Everywhere 2nd edition by Alexander Y. Grosberg et al.; World Scientific Press 2010
• Soft Condensed Matter Physics in Molecular and Cell Biology by W.C.K. Poon and D. Andelman; Taylor & Francis 2006

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

One multiple choice test - about 20 questions with multiple correct answer possibility. Correct answer is +1 point, wrong answer is -1/2 point. Minimum to pass is 50% of available points. (Jeden písemný test - okolo 20ti otázek s několika možnými správnými odpovědmi. Za správnou odpověď +1 bod, za špatnou -1/2 bodu. Pro uspěšné ukončení je potřeba minimálně 50% z maxima možných bodů.)

Vyučovací jazyk

Angličtina

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

• Statistika zápisu (jaro 2015, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2015/C9925