C9925 Introduction to soft matter models of membranes and proteins

Přírodovědecká fakulta
jaro 2012 - akreditace

Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
2/0. Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Robert Vácha, PhD. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Základní znalosti matematiky
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
The course is focused on basic knowledge of proteins and membranes from a soft matter perspective. It covers an overview of coarse-grained models, their approximations and limits in computer simulations. At the end, the lectures will describe a few of the advanced methods of Monte Carlo simulations that are often used in this field.
Osnova
  • 1) Introduction to coarse grained models
  • 2) Ideal chain approximation
  • 3) Ideal thin membrane
  • 4) Interaction of uncharged membrane and proteins
  • 5) Interaction of charged membrane and proteins I
  • 6) Interaction of charged membrane and proteins II
  • 7) Thermodynamic principles of self assembly
  • 8) Transport phenomena
  • 9) Langmuir adsorption and grand canonical ensemble
  • 10) Kinetic and Dynamic Monte Carlo
  • 11) Special Monte Carlo moves
Literatura
  • Intermolecular and Surface Forces 3rd edition by Jacob N. Israelachvili; Academic Press 2010
  • Giant Molecules: Here, There, and Everywhere 2nd edition by Alexander Y. Grosberg et al.; World Scientific Press 2010
  • Soft Condensed Matter Physics in Molecular and Cell Biology by W.C.K. Poon and D. Andelman; Taylor & Francis 2006
Výukové metody
přednášky
Metody hodnocení
písemný testy
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2020, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024.