PřF:Bi6400c Metody molek. biologie - cvič. - Informace o předmětu
Bi6400c Metody molekulární biologie - cvičení
Přírodovědecká fakultajaro 2023
- Rozsah
- 0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. Mgr. Petr Beneš, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jarmila Navrátilová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lucia Knopfová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jiří Kohoutek, Ph.D. (cvičící) - Garance
- prof. Mgr. Petr Beneš, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Petr Beneš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Čt 7:00–12:50 D36/216, Pá 7:00–12:50 D36/216
- Rozvrh seminárních/paralelních skupin:
Bi6400c/30032023: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Bi6400c/13042023: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Bi6400c/20042023: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Bi6400c/27042023: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Bi6400c/04052023: Rozvrh nebyl do ISu vložen. - Předpoklady
- ( Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie || Bi4035 Molekulární biologie - lab.cv. ) && NOW( Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ! B6405 Metody molek. biologie - cvič.
Kurz vyžaduje základní znalost práce na PC, znalost základů molekulární biologie a bioinformatiky, a základní praktické návyky z oblasti mikrobiologie, biochemie a molekulární biologie, jako např. práce s automatickými pipetami, přípravu roztoků a kultivačních půd, sterilní manipulace s tekutinami, centrifugace, základy práce s bakteriálními kulturami, atd. - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 14 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Cílem tohoto předmětu je příprava a realizace projektu umlčení exprese cílového genu pomocí metod CRISPR/Cas9 a shRNA.
- Výstupy z učení
- Po absolvování tohoto kurzu budou studenti schopni vyhledávat cílové sekvence pro metody CRISPR/Cas9 a siRNA pomocí veřejně dostupných bioinformatických nástrojů, vytvářet a purifikovat rekombinantní CRISPR/Cas9 a siRNA vektory a přenášet je do savčích buněk, provádět mutační analýzu cílového genu a posoudit genovou expresi. Tuto znalost budou následně studenti schopni použít pro přípravu a realizaci projektu analyzujícím význam vybraných genů v různých biologických procesech.
- Osnova
- 1. Úvodní přednáška – editace genomu, CRISPR/Cas9, RNA interference, bioinformatické nástroje – vyhledání sekvence genu, porovnání sekvencí, návrh cílových sekvencí CRISPR/Cas9 a shRNA, vyhledání otevřeného čtecího rámce. 2. Příprava individuálních písemných protokolů studenty s cílem navrhnout vektory CRISPR/Cas9 and shRNA vectors pro vybraný gen. 3. Posouzení protokolů učitelem. 4. Realizace těchto protokolů experimentálně v laboratoři – příprava a purifikace rekombinantních CRISPR/Cas9 a shRNA vektorů, transfekce savčích buněk, sklizení buněk a příprava buněčných lyzátů, stanovení koncentrace proteinů, SDA-PAGE a imunobloting, izolace genomové DNA, polymerázová řetězová reakce, sekvenování DNA 5. Analýza mutačního stavu genu zájmu,finalizace protokolů.
- Literatura
- YAMAMOTO, T. Targeted Genome Editing Using Site-Specific Nucleases, ZFNs, TALENs, and the CRISPR/Cas9 system. 2015. Springer. 205 pp. ISBN 978-4-431-55226-0.
- MOULDY, S. RNA Interference Challenges and Therapeutic Opportunities. 2015. New York : Humana Press : Springer. ISBN: 978-1-4939-1537-8.
- GREEN, Michael R. a Joseph SAMBROOK. Molecular cloning : a laboratory manual. 4th ed. New York [N.Y.]: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012, xxxiii, s. ISBN 9781936113422. info
- Výukové metody
- Úvodní teoretická přednáška, příprava projektů studenty a jejich následná realizace v laboratorním cvičení, diskuse se studenty.
- Metody hodnocení
- Zápočet se udílí za přípravu projektu, účast v praktické výuce, analýzu a zpracování získaných dat.
- Navazující předměty
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- Statistika zápisu (jaro 2023, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2023/Bi6400c