C2138 Pokročilá bioinformatika

Přírodovědecká fakulta
jaro 2023
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 13:00–14:50 C04/118
Předpoklady
C2135 Bioinformatika v praxi && NOW( C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář )
C2130 Úvod do chemoinformatiky a bioinformatiky C2135
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem předmětu je naučit studenta:
pochopit a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace
Výstupy z učení
Na konci kurzu student získá: 1) Základní bioinformatické znalosti a dovednosti. Student bude schopen: 1) Zpracovávat bioinformatická data. 2) Predikovat základní vlastnosti biomakromolekul. 3) Využívat bioinformatické nástroje na řešení biologických problémů.
Osnova
  • 1) Shrnutí základních bioinformatických metod a nástrojů pro studium proteinů.
    2) Shrnutí základních bioinformatických metod a nástrojů pro studium nukleových kyselin a sacharidů.
    3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, nekódující úseky nukleových kyselin, transkripční faktory.
    4) Zpracování sekvenačních výstupů.
    5) Anotace genomů. Automatická anotace, její správnost, zdroje chyb.
    6) Fylogenetická analýza, fylogenetické stromy, principy.
    7) Posttranslační modifikace a jejich význam. Predikční algoritmy.
    8) Bioinformatický potenciál sacharidů, glykom.
    9) Protein data bank (PDB) , validace 3D struktur, zdroje chybných strukturních dat.
    10) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. 2D, 3D struktura, repetice, význam.
    11) Alignment metabolických drah, metabolom.
    12) Virtuální screening v bioinformatice, specifika databází, vazebná místa proteinů.
Literatura
  • HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. Milton Park, Abingdon: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. info
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
  • MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. 2nd ed. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, xii, 692. ISBN 0879697121. info
Výukové metody
přednášky s praktickými demonstracemi
Metody hodnocení
písemný test
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2024, jaro 2025.