C7876en Gene technologies - lab.course

Přírodovědecká fakulta
jaro 2025
Rozsah
0/0/5. 5 kr. Ukončení: z.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D. (cvičící)
Garance
doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
C7875 Gen.tech
Passing of course C7875 Gene technologies.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The laboratory course aims to provide students with practical skills in methods of recombinant DNA technologies, genetic manipulation with bacteria and yeasts, expression of recombinant proteins in E. coli and P. pastoris, bacterial genome sequencing, and transcriptomic and metagenomics analysis.
Výstupy z učení
The student will have the following practical skills: 1. Design and implement techniques related to DNA manipulation (cloning, transformation) 2. Design and perform expression of recombinant proteins in the E. coli and P. pastoris yeast expression system 3. To perform and evaluate metagenomics analysis from the environmental sample. 4. To perform and do a basic evaluation of bacterial genome and transcriptome sequencing data. 5. To perform a critical evaluation of acquired data within basic methods of current gene technologies
Osnova
  • Exercise 1 - Expression of Aspartate-tRNA Ligase Protein in E. coli BL21 (DE3) and its purification by affinity chromatography (IMAC) Exercise 2 - Expression of protein elicitin in P. pastoris GS115 and its subsequent purification by ion-exchange chromatography Exercise 3 - Metagenomics analysis of the environmental sample on the MiniSeq NGS instrument Exercise 4 - Analysis of bacterial transcriptome changes on the MiniSeq NGS instrument Exercise 5 - Bacterial genome sequencing on the MiniSeq NGS instrument Exercise 6 - Evaluation of acquired sequencing data.
Výukové metody
Practical course
Metody hodnocení
After completing all exercises, an oral presentation presenting measured data and individual problems is done.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2024.