Zatímco kódování a komprese udávají strukturu zaznamenaných dat, souborové formáty definují jakým způsobem jsou data uložena. Souborový formát udává v jakém pořadí a podobě jsou v souboru umístěna metadata a vlastní data. Kromě formátů odpovídajících konkrétním kodekům (např. mp3) jsou často používány tzv. obálkové formáty. Ty definují pouze strukturu souboru, ponechávají volnost pro kódování jednotlivých složek a umožňují tak uchovávat data kódovaná různými kodeky spolu s metadaty přehledným a rozšiřitelným způsobem. Například video uložené ve formátu avi může být kódováno (a komprimováno) pomocí kodeku DivX, doprovázené zvukovou stopou v MP3, nebo může být kódováno pomocí kodeku H.264 a doprovázeno zvukem ve FLAC, atd.