V souvislosti s autorskými poplatky jsou pochybné časopisy spojovány s praktikami jako např. netransparentní informace o výši autorských poplatků či sdělení jejich výše ex post (překvapení v podobě nečekaných faktur) nebo s velmi nízkou částkou, která nemůže pokrýt náklady na vydání článků.

Ačkoliv bylo v minulosti zjištěno, že průměrné náklady na vydání článku u západních vydavatelů činí cca 500 EUR, nelze to považovat za univerzální hranici rozlišující pochybné časopisy od ostatních, protože ekonomiky států jsou různé. Výše autorských poplatků jako kritérium je dále neodůvodněná proto, že již dnes existují pochybné časopisy požadující výši poplatku blížící se výši požadované tradičními vydavateli (viz níže příklad časopisů Journal of Immunobiology x Immunobiology).

V souvislosti s autorskými poplatky při hodnocení časopisu zjišťujeme, zdali časopis jasně a srozumitelně uvádí jejich konkrétní výši. Pochybné časopisy se totiž vyznačují tím, že kromě výše autorských poplatků uvedou – zpravidla na téže stránce – i nějakou poznámku, kterou si vydavatel vyhrazuje právo požadovat i nějaké další poplatky.

Kupříkladu v níže uvedeném příkladu vydavatelství Allied Academies vidíme, že vydání článku je nad rámec úhrady autorského poplatku podmíněno členstvím některého z autorů ve vydavatelově blíže nespecifikované organizaci s povinným ročním poplatkem 75 USD.