Barretův jícen patří mezi zánětlivá onemocnění jícnu. Jedná se o refluxní esofagitidu, jež je zapříčiněna jícnovou reflexní chorobou. O závažnosti zánětu rozhoduje více faktorů. Zejména se jedná o aciditu žaludečního obsahu, hladinu pepsinu,přítomnost žlučových kyselin a také rezistenci dlaždicového epitelu, jež u dlouhotrvajícího reflexu významně klesá.
Nejvíce je zánětem postižena distální partie jícnu. Sliznice je makroskopicky u lehčích forem zánětu překrvená a na povrchu se mohou objevit drobné slizniční eroze. Při těžších formách dochází k tvorbě plochých slizničních vředů a následně k fibróze poškozené stěny.
Nejtěžší formu chronické refluxní esofagitidy reprezentuje Barretův jícen. Vrstevnatý dlaždicový epitel jícnu je nahrazen cylindrickým epitel s pohárkovými buňkami. Dochází tedy k intestinální metaplázii. V metaplastické sliznici dochází k tvorbě vředů, rovněž se objevují změny dysplastické, které jsou v současné době považovány za prekancerózu na jejímž základě může vzniknout adenokarcinom.