Záněty jícnu mohou být vyvolány celou řadou faktorů. Jedná se zejména o dlouhodobou intubaci, urémii, působení leptadel a dráždivých látek, záření a hostitelskou reakci na cizí tkáně.
Zvláštní skupinu tvoří záněty při bakteriemii a virové infekci, zejména virem herpes simplex a cytomegalovirem.
V rámci oportunních plísňových zánětů se uplatňuje candida albigans, mucormykózy a aspergillus.
Nejčastější příčinu zánětu tvoří však refluxní esofagitida.