Průchod studijním plánem

Základní požadavky na státní doktorskou zkoušku jsou stanoveny Studijním a zkušebním řádem MU (čl. 32). Při státní doktorské zkoušce má student prokázat především dobrou orientaci v oblastech zahrnujících vědecký problém řešený v disertační práci. Má osvědčit schopnost komunikace a diskuze ve svém oboru a schopnost tvůrčím způsobem uplatňovat své znalosti k řešení konkrétních problémů. Zkouška má zpravidla charakter rozpravy mezi členy komise a uchazečem, kdy uchazeč má jednak osvědčit schopnost orientovat se do hloubky v problematice, na kterou se specializoval, jednak také dokázat celkový rozhled s přesahy do souvisejících oblastí.

Státní doktorská zkouška sestává ze dvou povinných předmětů:
Biomolekulární chemie
Bioinformatika
a jednoho volitelného předmětu ze skupiny:
Biofyzika
Molekulární biologie a genetika
Biochemie
Fyzikální chemie

Před zkouškou student prostřednictvím školitele nebo oborové komise obdrží okruhy diskutovaných témat.
Podmínkou pro připuštění studenta ke státní doktorské zkoušce je souhlas školitele.

Připuštění k obhajobě disertační práce je podmíněno vykonáním státní doktorské zkoušky, přičemž zkoušku a obhajobu může student vykonat ve stejném termínu, nebo samostatně (časové rozpětí mezi zkouškou a obhajobou není stanoveno, limitem je pouze maximální doba studia). Student též musí mít splněny další studijní a výzkumné povinnosti požadované v rámci studijního programu.

Studium se řádně ukončuje státní doktorskou zkouškou a obhajobou doktorské disertační práce. Studium probíhá podle individuálního studijního plánu, který určuje časové rozložení studia, odborné a vědecké činnosti se zaměřením na vypracování disertační práce, případné studijní pobyty na jiných pracovištích včetně zahraničních, rozsah výpomoci při pregraduální výuce, termíny předmětových zkoušek a jiné povinnosti. Rámcový studijní plán a roční individuální studijní plány sestavuje po dohodě s doktorandem školitel.
Semestrální individuální studijní plány sestavuje doktorand po dohodě se školitelem. Při tvorbě a plnění studijního plánu musí každý student studijního programu dodržet následující pravidla a podmínky:
Studijní povinnosti:
Absolvování předmětů teoretické přípravy do konce 4. semestru, zaměřených na rozšíření znalostí vědního oboru jako celku a na prohloubení znalostí studenta ve vztahu k tématu disertační práce, případně předmětů vedoucí k prohloubení vědecko-manažerských kompetencí a pochopení historie a filozofie vědy, tzv. „soft skills“. Student si vybírá a nabídky předmětů, které jsou na Přírodovědecké fakultě a ostatních fakultách Masarykovy univerzity v daném období vyučovány a které student neabsolvoval v průběhu bakalářského a magisterského studia. O vhodnosti předmětu pro doktorské studium rozhoduje školitel. Na návrh školitele mohou být některé z těchto předmětů absolvovány i mimo Masarykovu univerzitu podle platných předpisů Přírodovědecké fakulty.
Absolvování předmětu Seminář NCBR CC060 (jarní semestr) a CB060 (podzimní semestr) v každém semestru po dobu prezenční formy studia.
Absolvování povinné dvouhodinové blokové přednášky „C7777 Zacházení s chemickými látkami“ na začátku každého akademického roku. Tato povinnost se týká pouze studentů, kteří vykonávají jakoukoli část své práce v chemické laboratoři.
Splnění povinnosti pomoci při pregraduální výuce (do konce 4. semestru). Studenti se podílí na zajišťování praktické výuky v bakalářských a magisterských programech, případně se podílí na vedení a oponování bakalářských prací v rozsahu dohodnutém se školitelem, přičemž rozsah výukové povinnosti studenta nepřekročí 150 hodin za celou dobu studia.
Vykonání státní doktorské zkoušky.

Výzkumné povinnosti:
Systematická tvůrčí vědecká práce na tématu disertační práce (min. 70% pracovní zátěže).
Představení výsledků své práce na Semináři NCBR v rozsahu stanoveném vedoucím semináře (maximálně jednou za semestr).
Přednáška před členy Oborové rady o stavu řešení disertačního projektu v rámci kontrolních dnů „PhD days“.
Přednáška v anglickém jazyce na mezinárodně uznávaném fóru
Absolvování zahraniční stáže v délce min. 1 měsíc nebo účast na mezinárodním tvůrčím projektu s výsledky publikovanými nebo prezentovanými v zahraničí nebo jiná forma přímé účasti na mezinárodní spolupráci (do konce standardní doby studia).
Publikování výsledků své práce v mezinárodně uznávaném časopise (10 % pracovní zátěže). Podmínkou pro předložení disertační práce k obhajobě je minimálně 1 přijatý článek, kde je student prvním autorem, v časopise s IF, který je nad mediánem oboru nebo minimálně 2 prvoautorské články v jiných časopisech s IF (pod mediánem). V případě výjimek z uvedených podmínek je potřeba vyjádření oborové rady.
Vypracování disertační práce a předložení žádosti o obhajobu.

Navrhovaná témata disertačních prací pro nově akreditovaný obor Biomolekulární chemie a bioinformatika:
Chemoinformatické metodiky pro predikci fyzikálně-chemických vlastností molekul
Studium interakcí proteinů s malými molekulami metodami molekulového modelování a počítačových simulací
Glykobioinformatická data, jejich validace a integrace do strukturních databází
Proteiny zapojené do specifického rozpoznávání sacharidových epitopů a jejich role v patogenezi
Homologni rekombinace a jeji spojeni s rakovinou
Strukturně-specifické nukleázy jako terapeutické cíle
Studium lidských RecQ helikáz associovaných se syndromy nestability genomu
Pokročilé nosiče platinových léčiv a proléčiv
Struktura a přenos iontů u modifikovaných DNA kvadruplexů
Vývoj nových paramagnetických metaloléčiv
Studium komplexů nukleových kyselin s proteiny
Struktura, dynamika, chemie a evoluce nukleových kyselin. Od prebiotických reakcí po protein/RNA komplexy
Studium kvadruplexů nukleových kyselin
Studium nukleových kyselin metodami kvantové chemie a počítačových simulací
Strukturní a funkční studium RNA vázajících proteinů v metabolismu RNA
Citlivost proteinů na membránové zakřivení a složení
Kontrola kvality RNA v lidských patogenech
Role nekódujících RNA v regulaci genové exprese
Metodologie určování struktur excitovaných stavů proteinů pomocí NMR spektroskopie
Protein channels, tunnels, and cavities - discovery, analysis, comparison, and applications
Characterization of structure and dynamics of specific subunits and sigma factors of RNA polymerase from Bacillus subtilis
How did the DNA genome evolve from RNA?
Integrative structural biology of 3’UTRs