FI:PV269 Pokročilé metody bioinformatik - Informace o předmětu
PV269 Pokročilé metody bioinformatiky
Fakulta informatikyjaro 2025
- Rozsah
- 2/0/1. 3 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně - Vyučující
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (náhr. zkoušející) - Garance
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Předpoklady
- Je předpokládána základní znalost molekulární biologie a problémů, kterými se zabývá bioinformatika. Je nutné předchozí absolvování předmětů IV108. Absolvování IV107, PA052 a PB050 je doporučeno.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 37 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Získat praktické dovednosti v bioinformatice nad rámec výky na bakalářském stupni a rozšiřující teoretické znalosti z IV108.
- Výstupy z učení
- Student bude schopen: zvolit pro daný problém vhodnou výpočetní metodu; získat a připravit si potřebná data; provést výpočet pomocí vlastních nebo obecně dostupných programů
- Osnova
- Genomové sekvence
- - Pokročilé techniky práce s NGS daty
- - Vyhledávání sekvenčních motivů a anotace genomů
- - Pokročilá práce s genomovými prohlížeči
- Proteiny
- - Skryté Markovovy modely (HMM)
- - Analýza proteinových struktur
- Literatura
- Next-generation DNA sequencing informatics. Edited by Stuart M. Brown. Second edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2015, xiv, 402. ISBN 9781621821236. info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- Výukové metody
- kombinace přednášek, cvičení a domácích úloh
- Metody hodnocení
- Vybrané hodnocené cvičení; písemná zkouška (zk) nebo projekt (k)
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
- Statistika zápisu (jaro 2025, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/jaro2025/PV269