PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii

Fakulta informatiky
jaro 2010
Rozsah
1/1. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D. (cvičící)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 8:00–9:50 B130
Předpoklady
Bude předpokládána základní znalost molekulární biologie a problémů, kterými se zabývá bioinformatika a systémová biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 22 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Student bude schopen: zvolit pro daný problém vhodnou výpočetní metodu; získat a připravit potřebná data; provést výpočet pomocí vlastných nebo obecně dostupných programů;
Osnova
  • Kurz bude rozdělen do dvou částí, v každé se budou studenti věnovat 1-2 oblastem:
  • Bioinformatika:
  • operace na genomech
  • používání Markovových modelů
  • Systémová biologie:
  • analýza biologických sítí jako obecného grafu
  • výpočetní metody pro simulaci a analýzu dynamiky biologických modelů
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
  • Systems biology : principles, methods, and concepts. Edited by Andrzej K. Konopka. Boca Raton: CRC Press, 2007, 244 s. ISBN 9780824725204. info
Výukové metody
kombinace přednášek a cvičení
Metody hodnocení
Vybrané hodnocené cvičení; písemná zkouška
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2011, jaro 2012, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.