PV082 Počítačová chemie

Fakulta informatiky
jaro 2014
Rozsah
2/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (přednášející)
RNDr. David Sehnal, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 14:00–15:50 B411
Předpoklady
! P082 Počítačová chemie a biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 47 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Smyslem tohoto kursu je umožnit nahlédnutí do výpočetních metod používaných v chemii, aniž by bylo nutné absolvovat příslušné odborné studium.
Absolvent získá přehled technik výpočetní chemie, bude schopen se orientovat v jejich vhodnosti pro řešení konkrétních problémů.
Absolvent bude schopen porozumět a vysvětlit základní principy metod výpočetní chemie.
Osnova
  • I. Molekula: a) Konformace molekuly: reprezentace pomocí grafu a matice, izomorfismus a kanonické indexování grafů. b) Geometrie molekuly: reprezentace pomocí kartézských a interních souřadnic, porovnávání geometrií. c) Visualizace molekul. d) Vyhledávání a vytváření molekul.
  • II. Molekulová mechanika: silové pole, potenciální energie, hyperplocha potenciální energie (PES), minimalizace, prohledávání PES.
  • III. Kvantová mechanika: semiempirické metody a ab-initio metody.
  • VI. Molekulová dynamika.
  • Smyslem tohoto kursu je umožnit nahlédnutí do výpočetních metod používaných v chemii, aniž by bylo nutno absolvovat příslušné odborné studium.
Literatura
  • KVASNIČKA, Vladimír, Milan KRATOCHVÍL a Jaroslav KOČA. Matematická chemie a počítačové řešení syntéz. 1. vyd. Praha: Academia, 1987, 149 s. info
  • JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
  • GRANT, Guy H. a Graham W. RICHARDS. Computational chemistry. 1st publ. with corr. Oxford: Oxford University Press, 1998, 90 s. ISBN 0-19-855740-X. info
  • LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 1st pub. Essex: Longman, 1996, xvi, 595. ISBN 0582239338. info
Výukové metody
Přednáška doplněná řešenímpříkladů v hodině a domácími úkoly
Metody hodnocení
zápočet za domácí úkoly, písemná zkouška
Informace učitele
http://ncbr.chemi.muni.cz/~svobodova/vyuka/pocitacova_chemie
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, jaro 2013, jaro 2015.