FI:IV121 Vybrané apl. inf. v biologi - Informace o předmětu
IV121 Vybrané aplikace informatiky v biologii
Fakulta informatikyjaro 2018
- Rozsah
- 2/1. 3 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
- Vyučující
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Sven Dražan (cvičící) - Garance
- doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- Út 9:00–11:50 A215
- Předpoklady
- Předmět nemá žádné specifické předpoklady, cílem je seznámit studenty a mladé vědce oborů živých věd s možnostmi aplikací informatiky.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Bioinformatika (program FI, N-AP)
- Cíle předmětu
- Předmět si klade za cíl přemostit vybrané teoretické problémy z oblasti informatiky s praktickými potřebami biologů, zejména v oblasti genetiky, molekularni biologie, genomiky, proteomiky, bioinformatiky a systémové biologie. Cílem je oslovit studenty přírodních věd a přiblížit jim teoretické pozadí vybraných aplikací informatiky a výpočetní techniky v biologii.
Absolvováním kurzu bude student schopen:
porozumět významu informatiky pro biologii a biomedicínské obory;
vytvořit si ucelený přehled relevantních nástrojů a technik aplikované informatiky;
základní znalost každého z probíraných nástrojů (schopnost spustit a mít ponětí o základních funkcích). - Výstupy z učení
- Absolvováním kurzu bude student schopen:
definovat význam informatiky pro biologii a biomedicínské obory;
přiřadit relevantní nástroje a techniky aplikované informatiky k vybraným problémům v biologii;
použít na základní úrovni vybrané nástroje na analýzu jednoduchých učebnicových modelů. - Osnova
- 1. Úvod do bioinformatiky a systémové biologie
- 2. Diskrétní dynamické modely a jejich analýza; cvičení: NetLogo, SPiM
- 3. Spojité dynamické modely a jejich analýza; cvičení: Stella, COPASI
- 4. Regulační, metabolické a signální sítě; cvičení Cytoscape, Biocarta
- 5. Podobnostní metriky a vyhledávání; cvičení: MS, VMATCH
- 6. Práce se sekvenačnímy daty z NGS
- 7. 3D geometrie, CSG; cvičení: PovRay, Pymol/Chimera
- 8. Závěrečná přednáška a diskuse
- Literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Výukové metody
- Výuka je členěna do několika tematických bloků, ve kterých proběhne přednáška přibližující teoretická východiska v dané oblasti a cvičení seznamující studenty s postupy přímo využitelnými ve vědeckě či jiné praxi. Jednotlivá cvičení budou založena na práci s 1-2 výpočetními nástroji.
- Metody hodnocení
- Předmět je zakončen zkouškou, alternativně kolokviem (závěrečný písemný test znalostí na přehledové úrovni).
- Informace učitele
- Po dohodě s přednášejícími lze absolvovat posluchačem zvolené tematické bloky.
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
- Statistika zápisu (jaro 2018, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/jaro2018/IV121