PV270 Biocomputing

Fakulta informatiky
jaro 2021
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Čt 12:00–13:50 Virtuální místnost
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 37 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Kurz poskytuje přehled v oblasti naturálních výpočtů s důrazem na biomolekulární (DNA) výpočty, buněčné výpočty a molekulární programování.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen:
- porozumět základním pojmům z oblasti biovýpočtů;
- identifikovat základní výpočetní operace nad biologickou hmotou;
- asociovat vhodné formalismy s konkrétní výpočetní platformou.
Osnova
  • Úvod do biovýpočtů
  • Základní pojmy molekulární biologie a biotechnoloigie
  • Umělé systémy inspirované živými organismy
  • Fyzické mapování problému
  • Bio-operace
  • Molekulární výpočty, výpočty pomocí DNA
  • Buněčné výpočty
  • Membránové výpočty
  • Molekulární programování
Literatura
  • AMOS, Martyn. Theoretical and experimental DNA computation. 1st ed. New York, NY: Springer, 2005, xiii, 172. ISBN 3-540-65773-8. info
  • Cellular computing. Edited by Martyn Amos. New York: Oxford University Press, 2004, xii, 226 p. ISBN 0195155408. info
  • CALUDE, Cristian. Computing with cells and atoms : an introduction to quantum, DNA and membrane computing. Edited by Gheorghe Paun. London: Taylor & Francis, 2001, x, 309. ISBN 0748408991. info
  • ROZENBERG, Grzegorz, Gheorghe PAUN a Arto SALOMAA. DNA computing : new computing paradigms. Berlin: Springer, 1998, ix, 400. ISBN 3540641963. info
Výukové metody
přednáška, samostatné studium
Metody hodnocení
Zkouška je písemná. V případě zadání průběžných testů během semestru, mají tyto podíl nejvýše 30% na závěrečném hodnocení. Pomocné materiály nejsou povoleny.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2020, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024.