PB172 Seminář ze systémové biologie

Fakulta informatiky
jaro 2023
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Pá 17. 2. až Pá 12. 5. Pá 10:00–11:50 A418
Předpoklady
SOUHLAS
Kurz je zaměřen na studium a presentaci vybraných odborných článků/kapitol z knih z oblasti výpočetní systémové biologie. Předpokladem je středoškolská znalost biologie a chemie, znalost základních principů paradigmatu systémové biologie a zájem o hlubší pochopení problematiky. Předchozí absolvování předmětu PB050 je vítáno.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 80 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Tento předmět studenty seznámí s klíčovými výsledky v oblasti výpočetní systémové biologie. Studenti se naučí pracovat s odborným textem, zejména extrahovat klíčové informace a sestavit a realizovat presentaci.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen: - provést rozbor vědecké publikace;
- kombinovat a vyvodit informace z odborné literatury;
- diskutovat výhody a nevýhody metod z oblasti výpočetní systémové biologie;
- oponovat vhodnými argumenty chyby v analyzovaných publikacích.
Osnova
  • Seznámení se základními pojmy z oblasti výpočetní systémové biologie.
  • Předvedení seminárních témat (článků) a jejich výběr.
  • Studium zadaných témat.
  • Presentace a diskuse.
Literatura
  • Formal methods for computational systems biology : 8th International School on Formal Methods for the Design of Computer, Communication and Software Systems, SFM 2008 : Bertinoro, Italy, June 2-7, 2008 : advanced lectures. Edited by Marco Bernardo - Pierpaolo Degano - Gianluigi Zavattaro. Berlin: Springer, 2008, x, 523. ISBN 9783540688921. info
  • ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
  • NOBLE, Denis. Music of life : biology beyond the genome. Oxford: Oxford University Press, 2006, xiii, 153. ISBN 9780199295739. info
  • Systems biology : definitions and perspectives. Edited by Lilia Alberghina - Hans V. Westerhoff. Berlin: Springer, 2005, xvii, 408. ISBN 354022968X. info
  • Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
  • Foundations of systems biology. Edited by Hiroaki Kitano. London: MIT Press, 2001, xv, 297. ISBN 0262112663. info
Výukové metody
studentské prezentace a diskuze
Metody hodnocení
ústní presentace vybraného tématu
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každý semestr.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2010, podzim 2010, jaro 2011, podzim 2011, jaro 2012, podzim 2012, jaro 2013, podzim 2013, jaro 2014, podzim 2014, jaro 2015, podzim 2015, jaro 2016, podzim 2016, jaro 2017, podzim 2017, jaro 2018, podzim 2018, jaro 2019, podzim 2019, jaro 2020, podzim 2020, jaro 2021, podzim 2021, jaro 2022, podzim 2022, podzim 2023, jaro 2024, podzim 2024, jaro 2025.