IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Fakulta informatiky
podzim 2010
Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Dr. Ingo Ebersberger (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Dr. Greg Ewing (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Rozvrh
Pá 8:00–9:50 C525
Předpoklady
Basic knowledge of molecular biology or bioinformatics will be helpful. Students should make themselves familiar with the Linux operating system.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 44 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
In this course we will detail on our current understanding of how biological sequences change over time.
At the end of the course, the student will:
be able to use methods to infer a phylogenetic tree from DNA and protein sequences
know how to test the significance of phyllogenetic tree reconstruction
be able to extract useful datasets from sequences available in the public databases
understand the difference between evolution of biological sequences and the evolution of species
Osnova
  • The course will deal with the following topics:
  • The molecular basis of evolution. A primer of molecular genetics.
  • Introduction into basic population genetics and the coalescent model.
  • Modelling sequence evolution.
  • Methods for phylogenetic tree reconstruction. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference.
  • Biological Sequence databases
Literatura
  • PAGE, Roderic D. M. a Edward C. HOLMES. Molecular evolution :a phylogenetic approach. Oxford: Blackwell Science, 1998, v, 346 s. ISBN 0-86542-889-1. info
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
lectures and computer exercises
Metody hodnocení
exercises and written exam
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
http://www.cibiv.at/
ATTENTION! This course will be taught as a block of lectures and exercises in the period Nov - Dec, mostly on Fridays and Saturdays.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2011.