FI:IV107 Bioinformatika I - Informace o předmětu
IV107 Bioinformatika I
Fakulta informatikypodzim 2016
- Rozsah
- 2/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
- Vyučující
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- Út 18:00–19:50 B410
- Předpoklady
- Kurz je vstupním kurzem do oblasti bioinformatiky pro studenty nebiologických oborů a nemá zvláštní předpoklady.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Aplikovaná informatika (program FI, B-AP)
- Aplikovaná informatika (program FI, N-AP)
- Bezpečnost informačních technologií (angl.) (program FI, N-IN)
- Bezpečnost informačních technologií (program FI, N-IN)
- Bioinformatika (program FI, B-AP)
- Bioinformatika (program FI, N-AP)
- Informační systémy (program FI, N-IN)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-EB)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-FY)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-GE)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-GK)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-CH)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-IO)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-MA)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-TV)
- Matematická informatika (program FI, B-IN)
- Paralelní a distribuované systémy (program FI, B-IN)
- Paralelní a distribuované systémy (program FI, N-IN)
- Počítačová grafika a zpracování obrazu (program FI, B-IN)
- Počítačová grafika (program FI, N-IN)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, B-IN)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, N-IN)
- Počítačové systémy a zpracování dat (program FI, B-IN)
- Počítačové systémy (program FI, N-IN)
- Programovatelné technické struktury (angl.) (program FI, N-IN)
- Programovatelné technické struktury (program FI, B-IN)
- Programovatelné technické struktury (program FI, N-IN)
- Služby - výzkum, řízení a inovace (angl.) (program FI, N-AP)
- Služby - výzkum, řízení a inovace (program FI, N-AP)
- Sociální informatika (program FI, B-AP)
- Teoretická informatika (program FI, N-IN)
- Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, N-SS) (2)
- Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, B-IN)
- Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, N-IN)
- Zpracování obrazu (program FI, N-AP)
- Cíle předmětu
- Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. V současnosti dochází k prudkému rozvoji bioinformatiky
a aplikovaných přístupů převážně v biologii, chemii a medicíně, které vyžadují bioinformatické myšlení a schopnosti (práce s velkým množstvím biologických dat s využitím moderních metod informatiky).
Absolvováním předmětu student získá nezbytné minimum znalostí pro pochopení základních biologických problémů, které se (nejlépe) řeší na počítači; pochopí a dokáže aplikovat vybrané přístupy k manipulaci bioinformatických dat. - Osnova
- Historie a zaměření bioinformatiky
- Základy molekulární biologie
- Organizace živé hmoty
- Struktura a funkce DNA
- Struktura a funkce proteinů
- Evoluce na úrovni genů a proteinů
- Data v bioinformatice
- Generování dat
- Běžné formáty dat
- Veřejná sekvenční data a přístup k nim
- Analýza sekvence DNA
- Analýza sekvencí proteinů
- Hodnocení a vyhledávání podobnosti
- Strukturní a funkční data
- Jiná data a analýzy
- Práce s expresními daty
- Štěpení proteinů a hmotnostní spektra
- Analýza dat v literatuře
- Počítačová cvičení (4x): Zdroje dat, podobnostní vyhledávání, zobrazování molekul
- Literatura
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- Fundamental concepts of bioinformatics. Edited by Dane E. Krane - Micheal L. Raymer. [1st ed.]. San Francisco: Benjamin Cummings, 2003, xiii, 314. ISBN 0-8053-4633-3. info
- Výukové metody
- přednášky, počítačová cvičení
- Metody hodnocení
- V průběhu semestru absolvují studenti jeden kontrolní test. Předmět bude ukončen písemní zkouškou.
- Navazující předměty
- Informace učitele
- http://www.fi.muni.cz/~lexa/iv107.html
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (podzim 2016, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/podzim2016/IV107