FI:IV107 Bioinformatika I - Informace o předmětu
IV107 Bioinformatika I
Fakulta informatikypodzim 2021
- Rozsah
- 2/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
- Vyučující
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- Čt 16. 9. až Čt 9. 12. Čt 16:00–18:50 A318
- Předpoklady
- Kurz je vstupním kurzem do oblasti bioinformatiky pro studenty nebiologických oborů a nemá zvláštní předpoklady.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 73 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. V současnosti dochází k prudkému rozvoji bioinformatiky a aplikovaných přístupů převážně v biologii, chemii a medicíně, které vyžadují bioinformatické myšlení a schopnosti (práce s velkým množstvím biologických dat s využitím moderních metod informatiky).
- Výstupy z učení
- Absolvováním předmětu student získá nezbytné minimum znalostí pro pochopení základních biologických problémů, které se (nejlépe) řeší na počítači; pochopí a dokáže aplikovat vybrané přístupy k manipulaci bioinformatických dat.
- Osnova
- Historie a zaměření bioinformatiky
- Základy molekulární biologie
- Organizace živé hmoty
- Struktura a funkce DNA
- Struktura a funkce proteinů
- Evoluce na úrovni genů a proteinů
- Data v bioinformatice
- Generování dat
- Běžné formáty dat
- Veřejná sekvenční data a přístup k nim
- Analýza sekvence DNA
- Analýza sekvencí proteinů
- Hodnocení a vyhledávání podobnosti
- Strukturní a funkční data
- Jiná data a analýzy
- Práce s expresními daty
- Štěpení proteinů a hmotnostní spektra
- Analýza dat v literatuře
- Počítačová cvičení (4x): Zdroje dat, podobnostní vyhledávání, zobrazování molekul
- Literatura
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- Fundamental concepts of bioinformatics. Edited by Dane E. Krane - Micheal L. Raymer. [1st ed.]. San Francisco: Benjamin Cummings, 2003, xiii, 314. ISBN 0-8053-4633-3. info
- Výukové metody
- přednášky, počítačová cvičení
- Metody hodnocení
- V průběhu semestru absolvují studenti jeden kontrolní test. Předmět bude ukončen písemní zkouškou.
- Navazující předměty
- Informace učitele
- http://www.fi.muni.cz/~lexa/iv107.html
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (podzim 2021, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/podzim2021/IV107