FI:IV114 Projekt z bioinformatiky a sb - Informace o předmětu
IV114 Projekt z bioinformatiky a systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2024
- Rozsah
- 0/1/1. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Marie Krátká (cvičící) - Garance
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Předpoklady
- Absolvování předmětu IV107 Bioinformatika I, přehled nástrojů pro zpracování NGS/sekevnačních dat, elementární znalosti programování v libovolném prostředí a jazyce (ideální je UNIX s C/C++/Java a Perl/Python) nebo domluva s vyučujícím
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 36 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- V kurzu se student seznámí s nanopórovou sekvenací DNA, s příslušnými výpočetními nástroji; dokáže samostatně analyzovat molekulárně-biologická data; dokáže prezentovat své výsledky kolegům.
- Výstupy z učení
- V kurzu se student seznámí s příslušnými výpočetními nástroji; dokáže samostatně analyzovat molekulárně-biologická data; dokáže prezentovat své výsledky kolegům.
- Osnova
- Seznámení se sekvenováním DNA na přístroji minION
- Příprava studentských projektů ve dvojicích (volba nebo výběr sekvenovaného materiálu; návrh bioinformatického zpracování dat ze sekvenátoru)
- Realizace (sekvenování DNA a sběr dat; zpracování dat filtrací, mapováním a skládáním; vizualizace)
- Minikonference a volitelná účast na psaní odborného článku (pokud to výsledky dovolí)
- Literatura
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- Výukové metody
- studentské projekty, jejich prezentace a diskuze
- Metody hodnocení
- Student bude hodnocen na základě písemného návrhu a shrnutí projektu (1-2 strany A4) a závěrečné prezentace dle pravidel, které budou upřesněny na začátku semestru.
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/podzim2024/IV114