DSMGT01 Modern Genomic Technologies

Lékařská fakulta
jaro 2022
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus 1 za k). Ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D. (přednášející)
MVDr. Boris Tichý, Ph.D. (přednášející)
Panagiotis Alexiou, PhD (přednášející)
Mgr. Václav Hejret (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D.
Biologický ústav – Teoretická pracoviště – Lékařská fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Středoevropský technologický institut
Předpoklady
The course is offered to students of any study field. Knowledge of biology, basic statistics, and basic programming concepts is expected.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 16 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 6/16, pouze zareg.: 1/16, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/16
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Students will get familiar with the principles of next generation sequencing (NGS) technologies and NGS data analysis.
Výstupy z učení
After participating on the course student will be able to: 1. plan and prepare a next generation sequencing (NGS) experiment 2. understand NGS data and data analysis results
Osnova
  • 1.Next generation sequencing (NGS) classification and application NGS experiment planing, library preparation specifics, data analysis results for: 2. DNA Re-sequencing 3. RNA-seq 4. Chip-seq,CLIP-seq 5. Transcriptome/Genome assembly 6. 16s metagenomic sequencing
Literatura
  • Koubková L, Vojtěšek B, Vyzula R. Next generation sequencing -  application in clinical practice. Klin Onkol. 2014;27 Suppl 1:S61-8
Výukové metody
Lectures
Metody hodnocení
Written report or oral presentation
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
Vojtěch Bystrý, mail:vojtech.bystry@ceitec.muni.cz, schedule SPRING 2022: Monday 10-12 E26/222
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2020, jaro 2021, jaro 2023.