PřF:Bi5599c Metody bioch. a buň. biol. cv - Informace o předmětu

Bi5599c Metody aplikované biochemie a buněčné biologie - cvičení

Rozsah

2D. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Vendula Hlaváčková Pospíchalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Petra Kompaníková (cvičící)
Mgr. Miroslav Micka (cvičící)
Mgr. Stanislava Sladeček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Šárka Hrachovinová (cvičící)
Bc. Patrik Matušů (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Vítězslav Bryja, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

Bi5599c/01: Čt 13:00–14:50 Kontaktujte učitele, V. Hlaváčková Pospíchalová, P. Kompaníková, J. Medalová, M. Micka, S. Sladeček
Bi5599c/02: Pá 12:00–13:50 Kontaktujte učitele, V. Hlaváčková Pospíchalová, P. Kompaníková, J. Medalová, M. Micka, S. Sladeček

Předpoklady

Bi3030 Fyziologie živočichů && NOW( Bi5599 Metody bioch. a buň. biologie )
Předmět navazuje a tvoří logický celek s cvičením Fyziologie živočichů a Speciální metody fyziologie živočichů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: Na předmět se vztahuje povinnost registrace, bez registrace může být znemožněn zápis předmětu!

Mateřské obory/plány

předmět má 14 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem předmětu je naučit studenty: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i aplikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i aplikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací

Osnova

• 1. Kultivace a využití buněčných kultur a) Bezpečnost práce v laboratoři, obsluha flow boxu, pasážování buněk, vysetí a ovlivnění buněk pro další experimenty - modifikace aktivity beta kateninu b) Transfekce buněk pomocí polykationtu PEI - metody stanovení účinnosti transfekce, vyhodnocení metodou TopFlash 2. Využití PCR pro stanovení úrovně exprese genů a) Izolace RNA afinitní purifikací, stanovení koncentrace a čistoty a stability izolované RNA. b) Přepis mRNA do cDNA (reverzní transkripce) c) Kvantitativní PCR v reálném čase pro zjištění míry exprese cílových genů beta kateninu, ověření specifity reakce pomocí tavné křivky, způsoby vyhodnocení výsledků, počítání koncentrací roztoků a ředění buněčných suspenzí 3. Stanovení exprese proteinů pomocí Western blottingu a) Příprava a kvantifikace SDS lyzátů b) Separace fragmentů proteinů pomocí elektroforézy c) mokrý blotting na PVDF membránu d) imunodetekce proteinů - beta kateninu a receptorů zapojených do jeho regulace

Literatura

• Cell culture and upstream processing. Edited by M. Butler. 1st ed. New York: Taylor & Francis, 2007, xiv, 187. ISBN 9780415399692. info
• Mammalian cell culture : essential techniques. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths. Chichester: John Wiley & Sons, 1997, xv, 173. ISBN 0471970573. info
• Cancer cell culture : methods and protocols. Edited by Simon P. Langdon. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004, xii, 360. ISBN 1588290794. info
• Animal cell culture :a practical approach. Edited by R. Ian Freshney. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 1992, xix, 329 s. ISBN 0-19-963213-8. info
• Cell biological appplications of confocal microscopy. Edited by Brian Matsumoto. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2002, xii, 507. ISBN 0125804458. info
• Molecular cloning, A laboratory manual, Vol. 1-3, Eds. J. Sambrook and D. W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001
• Short protocols in molecular biology, Vol. 1 and 2, 5th edition, John Wiley and Sons, Inc., 2002
• Current protocols in cytometry, Vol. 1 and 2, Ed. J. P. Robinson, John Wiley and Sons, Inc., 1997
• Methods in Cell Biology, Vol. 75, Cytometry, 4th edition, New developments, Eds. Z. Darzynkiewicz, M. Roederer, H. J. Tanke, Elsevier Academic Press, 2004
• CROWTHER, John R. The ELISA guidebook. Totowa, N.J.: Humana Press, 2001, xi, 421. ISBN 0896037282. info

Výukové metody

Pokud to aktuální situace na MÚ dovolí, bude výuka rozložena do 2 bloků v průběhu semestru, zahrnujících krátké úvodní přednášky a praktické procvičování speciálních úkolů. Studenti budou provádět vybrané základní experimentální techniky v laboratoři. Studenti budou samostatně vyhodnocovat výsledky a tvořit závěry. V případě zrušení prezenční výuky bude příprava na vlastní experimenty prováděna pomocí komentovaných videí sdílených přes MS Teams.

Metody hodnocení

V případě prezenční formy studia musí studenti pro absolvování kurzu dodat zadané protokoly s vyhodnocenými výsledky. Součástí zápočtu je i písemný test. V případě distanční formy studia, bude místo protokolů vypracována esej na vybrané téma a test bude proveden pomocí IS nástrojů.

Navazující předměty

• Bi5611c Speciální metody fyziologie živočichů

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

• Statistika zápisu (nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/Bi5599c