Informace o předmětu

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Barbora Jankovičová (cvičící)
Mgr. Matúš Pešta (cvičící)

Garance

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. )
Předpokladem pro zapsání cvičení je paralelní zápis předmětu Speciální metody analýzy mikroorganismů (Bi6721).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 11/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je seznámit studenty s metodou izolace plasmidové a genomové DNA bakterií pomocí kitu, s návrhem oligonukleotidových primerů a  přípravou polymerázové řetězové reakce (end-point i kvantitativní PCR v reálném čase), s metodou kontrolní gelové elektroforézy, sekvenční analýzou a s purifikací cizorodého proteinu z hostitelské bakterie metodou afinitní chromatografie.

Výstupy z učení

Na konci kurzu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci mikrobiální DNA, znalost PCR, gelové elektroforézy, sekvenční analýzy a purifikace proteinu afinitní chromatografií.

Osnova

• 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur Pseudomonas putida a Escherichia coli, design PCR a amplifikačních primerů za využití softwaru Benchling.
• 2. Amplifikace dvou specifických genů vč. genu pro 16SrRNA.
• 3. Elektroforéza a purifikace PCR produktů.
• 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
• 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
• 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
• 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 8. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky
• 9. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
• 10. Real-time PCR se vzorkem DNA z cytomegalovira.
• 11. Purifikace rekombinantního proteinu z bakterie Escherichia coli metodou afinitní chromatografie

Literatura

• Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012

  ​Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení​, 2014

Výukové metody

Cvičení probíhá v jarním semestru 1x za 14 dní dvojnásobný počet hodin. Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí jasnou a výstižnou formou shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních, za odevzdání správně vypracovaných protokolů a na základě krátké diskuse s vyučujícím nad vyhodnocenými protokoly .

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7430c Molekulární biotechnologie - cvičení

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět se doporučuje zapsat ve 2. semestru společně s přednáškou, případně pak ve 4. semestru.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Barbora Burýšková (cvičící)
Mgr. Barbora Popelářová (cvičící)
Mgr. Barbora Jankovičová (cvičící)
Mgr. Matúš Pešta (cvičící)

Garance

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 19. 2. až Ne 26. 5. Po 13:00–18:50 E25/119

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. )
Předpokladem pro zapsání cvičení je paralelní zápis předmětu Speciální metody analýzy mikroorganismů (Bi6721).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 4/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je seznámit studenty s metodou izolace plasmidové a genomové DNA bakterií pomocí kitu, s návrhem oligonukleotidových primerů a  přípravou polymerázové řetězové reakce (end-point i kvantitativní PCR v reálném čase), s metodou kontrolní gelové elektroforézy, sekvenční analýzou a s purifikací cizorodého proteinu z hostitelské bakterie metodou afinitní chromatografie.

Výstupy z učení

Na konci kurzu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci mikrobiální DNA, znalost PCR, gelové elektroforézy, sekvenční analýzy a purifikace proteinu afinitní chromatografií.

Osnova

• 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur Pseudomonas putida a Escherichia coli, design PCR a amplifikačních primerů za využití softwaru Benchling.
• 2. Amplifikace dvou specifických genů vč. genu pro 16SrRNA.
• 3. Elektroforéza a purifikace PCR produktů.
• 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
• 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
• 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
• 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 8. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky
• 9. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
• 10. Real-time PCR se vzorkem DNA z cytomegalovira.
• 11. Purifikace rekombinantního proteinu z bakterie Escherichia coli metodou afinitní chromatografie

Literatura

• Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012

  ​Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení​, 2014

Výukové metody

Cvičení probíhá v jarním semestru 1x za 14 dní dvojnásobný počet hodin. Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí jasnou a výstižnou formou shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních, za odevzdání správně vypracovaných protokolů a na základě krátké diskuse s vyučujícím nad vyhodnocenými protokoly .

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7430c Molekulární biotechnologie - cvičení

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat ve 2. semestru společně s přednáškou, případně pak ve 4. semestru.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Barbora Burýšková (cvičící)
Mgr. Barbora Popelářová (cvičící)

Garance

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 13:00–18:50 E25/119

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. )
Předpokladem pro zapsání cvičení je paralelní zápis předmětu Speciální metody analýzy mikroorganismů (Bi6721).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je seznámit studenty s metodou izolace plasmidové a genomové DNA bakterií pomocí kitu, s návrhem oligonukleotidových primerů a  přípravou polymerázové řetězové reakce (end-point i kvantitativní PCR v reálném čase), s metodou kontrolní gelové elektroforézy, sekvenční analýzou a s purifikací cizorodého proteinu z hostitelské bakterie metodou afinitní chromatografie.

Výstupy z učení

Na konci kurzu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci mikrobiální DNA, znalost PCR, gelové elektroforézy, sekvenční analýzy a purifikace proteinu afinitní chromatografií.

Osnova

• 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur Pseudomonas putida a Escherichia coli, design PCR a amplifikačních primerů za využití softwaru Benchling.
• 2. Amplifikace dvou specifických genů vč. genu pro 16SrRNA.
• 3. Elektroforéza a purifikace PCR produktů.
• 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
• 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
• 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
• 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 8. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky
• 9. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
• 10. Real-time PCR se vzorkem DNA z cytomegalovira.
• 11. Purifikace rekombinantního proteinu z bakterie Escherichia coli metodou afinitní chromatografie

Literatura

• Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012

  ​Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení​, 2014

Výukové metody

Cvičení probíhá v jarním semestru 1x za 14 dní dvojnásobný počet hodin. Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí jasnou a výstižnou formou shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních, za odevzdání správně vypracovaných protokolů a na základě krátké diskuse s vyučujícím nad vyhodnocenými protokoly .

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat ve 2. semestru společně s přednáškou, případně pak ve 4. semestru.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Barbora Burýšková (cvičící)
Mgr. Barbora Popelářová (cvičící)
Mgr. Jozef Kováč (pomocník)

Garance

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 25. 5. 13:00–17:00 E25/111, St 26. 5. 8:00–12:00 E25/111, Po 31. 5. 13:00–17:00 E25/111, Út 1. 6. 8:00–12:00 E25/111

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předpokladem pro zapsání cvičení je paralelní zápis předmětu Speciální metody analýzy mikroorganismů (Bi6721).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 8 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/8, pouze zareg.: 0/8, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/8
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je seznámit studenty s metodou izolace plasmidové a genomové DNA bakterií pomocí kitu, s přípravou polymerázové řetězové reakce (end-point i kvantitativní PCR v reálném čase), s metodou kontrolní gelové elektroforézy a s purifikací cizorodého proteinu z hostitelské bakterie metodou afinitní chromatografie.

Výstupy z učení

Na konci kurzu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci mikrobiální DNA, znalost PCR, gelové elektroforézy a purifikace proteinu afinitní chromatografií.

Osnova

• 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur Pseudomonas putida a Escherichia coli.
• 2. Amplifikace čtyř specifických genů.
• 3. Elektroforéza a purifikace PCR produktů.
• 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
• 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
• 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
• 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 8. Izolace genomové DNA ze vzorku s obsahem Chlamydia trachomatis.
• 9. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky
• 10. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
• 11. Real-time PCR se vzorkem DNA z cytomegalovira.
• 12. Purifikace rekombinantního proteinu z bakterie Escherichia coli metodou afinitní chromatografie

Literatura

• Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012

  ​Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení​, 2014

Výukové metody

Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí jasnou a výstižnou formou shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních, za odevzdání správně vypracovaných protokolů a na základě krátké diskuse s vyučujícím nad vyhodnocenými protokoly .

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat ve 2. semestru společně s přednáškou, případně pak ve 4. semestru.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Barbora Burýšková (cvičící)
Mgr. Barbora Popelářová (cvičící)

Garance

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 13:00–15:50 E25/111

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předpokladem pro zapsání cvičení je paralelní zápis předmětu Speciální metody analýzy mikroorganismů (Bi6721).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je seznámit studenty s metodou izolace plasmidové a genomové DNA bakterií pomocí kitu, s přípravou polymerázové řetězové reakce (end-point i kvantitativní PCR v reálném čase), s metodou kontrolní gelové elektroforézy a s purifikací cizorodého proteinu z hostitelské bakterie metodou afinitní chromatografie.

Výstupy z učení

Na konci kurzu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci mikrobiální DNA, znalost PCR, gelové elektroforézy a purifikace proteinu afinitní chromatografií.

Osnova

• 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur Pseudomonas putida a Escherichia coli.
• 2. Amplifikace čtyř specifických genů.
• 3. Elektroforéza a purifikace PCR produktů.
• 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
• 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
• 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
• 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 8. Izolace genomové DNA ze vzorku s obsahem Chlamydia trachomatis.
• 9. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky
• 10. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
• 11. Real-time PCR se vzorkem DNA z cytomegalovira.
• 12. Purifikace rekombinantního proteinu z bakterie Escherichia coli metodou afinitní chromatografie

Literatura

• Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012

  ​Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení​, 2014

Výukové metody

Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí jasnou a výstižnou formou shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních, za odevzdání správně vypracovaných protokolů a na základě krátké diskuse s vyučujícím nad vyhodnocenými protokoly .

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Informace učitele

Z důvodu pandemie koronaviru proběhne výuka předmětu v roce 2020 formou blokové výuky v období 1.6.-30.6.2020, v případě nevyhovující epidemiologické situace pak nejpozději do 30.9.2020. Konkrétní termín bude upřesněn prostřednictvím speciálního rozvrhu nejpozději koncem května.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat ve 2. semestru společně s přednáškou, případně pak ve 4. semestru.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Barbora Burýšková (pomocník)

Garance

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18. 2. až Pá 17. 5. Po 14:00–16:50 E25/111

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 16 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/16, pouze zareg.: 0/16, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/16
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je seznámit studenty s metodou izolace plasmidové a genomové DNA bakterií pomocí kitu, s přípravou PCR a s metodou kontrolní gelové elektroforézy.

Výstupy z učení

Na konci kursu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci mikrobiální DNA, znalost PCR a gelové elektroforézy.

Osnova

• 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur Pseudomonas putida a Escherichia coli.
• 2. Amplifikace čtyř specifických genů.
• 3. Elektroforéza a purifikace PCR produktů.
• 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
• 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
• 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
• 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 8. Izolace genomové DNA ze vzorku s obsahem Chlamydia trachomatis.
• 9. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 10. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
• 11. Real-time PCR se vzorkem DNA z Chlamydia trachomatis.
• 12. Odevzdání laboratorních protokolů ze cvičení, diskuse

Literatura

• Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012

  ​Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení​, 2014

Výukové metody

Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za odevzdání správně vypracovaných protokolů.

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. (cvičící)
Bc. Michael Kobza (pomocník)

Garance

Mgr. Iva Buriánková, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 14:00–16:50 E25/111

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předmět je určen pro studenty, kteří chtějí prakticky zvládnout metodu PCR (polymerázová řetězová reakce).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je seznámit studenty s metodou izolace DNA pomocí kitu, přípravou reakce na PCR a kontrolní gelovou elektroforézu ze vzorků bakterií a kvasinek.

Výstupy z učení

Na konci kursu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci DNA, PCR a gelovou elektroforézu ze vzorků bakterií a kvasinek.

Osnova

• 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur čeledi Pasteurellaceae.
• 2. Amplifikace tří specifických genů.
• 3. Elektroforéza výsledku, purifikace PCR produktů.
• 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
• 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
• 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
• 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 8. Izolace genomové DNA ze vzorku s obsahem Chlamydia trachomatis.
• 9. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 10. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
• 11. Real-time PCR pro Chlamydia trachomatis.
• 12. Izolace DNA z kvasinek (fenol-chloroformová extrakce), gelová elektroforéza.
• 13. PCR ITS regionu pro odlišení komplexu Saccharomyces sensu stricto, gelová elektroforéza.
• 14. Štěpení PCR produktu restrikční endonukleázou, gelová elektroforéza.

Literatura

• Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012

  ​Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení​, 2014

Výukové metody

Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za odevzdání správně vypracovaných protokolů.

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Gabriela Rotková, Ph.D. (cvičící)
Bc. Michael Kobza (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Zdeněk Hubálek, DrSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

Bi6721c/01: Po 20. 2. až Po 22. 5. Út 13:00–15:50 E25/111, M. Bartoš, G. Rotková
Bi6721c/02: Po 20. 2. až Po 22. 5. Út 16:00–18:50 E25/111, M. Bartoš, G. Rotková

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předmět je určen pro studenty, kteří chtějí prakticky zvládnout metodu PCR (polymerázová řetězová reakce).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kursu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci DNA, PCR a gelovou elektroforézu ze vzorků bakterií a kvasinek.

Osnova

• 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur čeledi Pasteurellaceae.
• 2. Amplifikace tří specifických genů.
• 3. Elektroforéza výsledku, purifikace PCR produktů.
• 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
• 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
• 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
• 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 8. Izolace genomové DNA ze vzorku s obsahem Chlamydia trachomatis.
• 9. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 10. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
• 11. Real-time PCR pro Chlamydia trachomatis.
• 12. Izolace DNA z kvasinek (fenol-chloroformová extrakce), gelová elektroforéza.
• 13. PCR ITS regionu pro odlišení komplexu Saccharomyces sensu stricto, gelová elektroforéza.
• 14. Štěpení PCR produktu restrikční endonukleázou, gelová elektroforéza.

Literatura

• Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012

  ​Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení​, 2014

Výukové metody

Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za odevzdání správně vypracovaných protokolů.

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Gabriela Rotková, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Zdeněk Hubálek, DrSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

Bi6721c/01: Po 9:00–11:50 E25/111, M. Bartoš, G. Rotková
Bi6721c/02: Po 12:00–14:50 E25/111, M. Bartoš, G. Rotková

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předmět je určen pro studenty, kteří chtějí prakticky zvládnout metodu PCR (polymerázová řetězová reakce).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kursu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci DNA, PCR a gelovou elektroforézu ze vzorků bakterií a kvasinek.

Osnova

• 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur čeledi Pasteurellaceae.
• 2. Amplifikace tří specifických genů.
• 3. Elektroforéza výsledku, purifikace PCR produktů.
• 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
• 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
• 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
• 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 8. Izolace genomové DNA ze vzorku s obsahem Chlamydia trachomatis.
• 9. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 10. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
• 11. Real-time PCR pro Chlamydia trachomatis.
• 12. Izolace DNA z kvasinek (fenol-chloroformová extrakce), gelová elektroforéza.
• 13. PCR ITS regionu pro odlišení komplexu Saccharomyces sensu stricto, gelová elektroforéza.
• 14. Štěpení PCR produktu restrikční endonukleázou, gelová elektroforéza.

Literatura

• Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012

  ​Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení​, 2014

Výukové metody

Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za odevzdání správně vypracovaných protokolů.

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. (cvičící), prof. RNDr. Zdeněk Hubálek, DrSc. (zástupce)
Mgr. Jana Čmielová, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Zdeněk Hubálek, DrSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 16:00–17:50 E25/111

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předmět je určen pro studenty, kteří chtějí prakticky zvládnout metodu PCR (polymerázová řetězová reakce).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

• Speciální biologie (program PřF, B-EXB)
• Speciální biologie (program PřF, B-EXB, směr Mikrobiologie a molekulární biotechnologie)
• Speciální biologie (program PřF, N-EXB)
• Speciální biologie (program PřF, N-EXB, směr Mikrobiologie a molekulární biotechnologie)

Cíle předmětu

Na konci kursu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci DNA, PCR a gelovou elektroforézu ze vzorků bakterií a kvasinek.

Osnova

• 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur čeledi Pasteurellaceae.
• 2. Amplifikace tří specifických genů.
• 3. Elektroforéza výsledku, purifikace PCR produktů.
• 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
• 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
• 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
• 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 8. Izolace genomové DNA ze vzorku s obsahem Chlamydia trachomatis.
• 9. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 10. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
• 11. Real-time PCR pro Chlamydia trachomatis.
• 12. Izolace DNA z kvasinek (fenol-chloroformová extrakce), gelová elektroforéza.
• 13. PCR ITS regionu pro odlišení komplexu Saccharomyces sensu stricto, gelová elektroforéza.
• 14. Štěpení PCR produktu restrikční endonukleázou, gelová elektroforéza.

Literatura

• Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012

  ​Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení​, 2014

Výukové metody

Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za odevzdání správně vypracovaných protokolů.

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
RNDr. Aleš Kovařík, CSc. (cvičící)

Garance

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Rozvrh

Po 8:00–13:50 Bpb,02012

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předmět je určen pro studenty, kteří chtějí prakticky zvládnout metodu PCR (polymerázová řetězová reakce).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Mikrobiologie)

Cíle předmětu

Na konci kursu studenti prokáží praktickou schopnost provádět PCR.

Osnova

• 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami.
• 2.Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk.
• 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem.
• 4. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu.
• 5. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ředění DNA na koncentraci vhodnou pro PCR.
• 6. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA purifikované z buněk Salmonella. Provedení PCR reakce.
• 7. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy.
• 8. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.
• 9. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení +PCR a detekce PCR produktu.
• 10. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Stanovení citlivosti PCR.
• 11. Detekce PCR produktů pomocí agarózové gelové elektroforézy.
• 12. a 13. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR.
• 14. Vyhodnocení protokolů. Zápočtový test.

Literatura

• F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001

Výukové metody

Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly (celkem 4) jsou vypracovávány ve formě posteru dle osnovy (Úvod, Cíl práce, Materiál a metody, Výsledky, Diskuse, Závěr). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za odevzdání protokolů (4 protokoly) a za test (30 termínů, který musí studenti vysvětlit). Součástí zápočtu je analýza neznámého vzorku pomocí metody PCR.

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
RNDr. Aleš Kovařík, CSc. (cvičící)

Garance

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

Bi6721c/01: Po 10:00–12:50 Bpb,02012, B. Rittich, A. Španová
Bi6721c/02: Po 13:00–15:50 Bpb,02012, B. Rittich, A. Španová

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předmět je určen pro studenty, kteří chtějí prakticky zvládnout metodu PCR (polymerázová řetězová reakce).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Mikrobiologie)

Cíle předmětu

Na konci kursu studenti prokáží praktickou schopnost provádět PCR.

Osnova

• 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami.
• 2.Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk.
• 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem.
• 4. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu.
• 5. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ředění DNA na koncentraci vhodnou pro PCR.
• 6. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA purifikované z buněk Salmonella. Provedení PCR reakce.
• 7. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy.
• 8. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.
• 9. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení +PCR a detekce PCR produktu.
• 10. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Stanovení citlivosti PCR.
• 11. Detekce PCR produktů pomocí agarózové gelové elektroforézy.
• 12. a 13. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR.
• 14. Vyhodnocení protokolů. Zápočtový test.

Literatura

• F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001

Výukové metody

Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly (celkem 4) jsou vypracovávány ve formě posteru dle osnovy (Úvod, Cíl práce, Materiál a metody, Výsledky, Diskuse, Závěr). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za odevzdání protokolů (4 protokoly) a za test (30 termínů, který musí studenti vysvětlit). Součástí zápočtu je analýza neznámého vzorku pomocí metody PCR.

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
RNDr. Aleš Kovařík, CSc. (cvičící)

Garance

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

Bi6721c/01: St 8:00–10:50 Bpb,02012, B. Rittich, A. Španová
Bi6721c/02: St 11:00–13:50 Bpb,02012, B. Rittich, A. Španová

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předmět je určen pro studenty, kteří chtějí prakticky zvládnout základní nekultivační mikrobiologickou metodu PCR.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Mikrobiologie)

Cíle předmětu

Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Základní postupy při práci s DNA: izolace a purifikace bakteriální DNA, srážení DNA ethanolem, stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze, barvení DNA na gelu a dokumentace gelu. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA buněk Salmonella a provedení PCR reakce. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy na agaróze a výpočet délky amplifikovaného fragmentu. Stanovení citlivosti PCR. Provedení PCR s hrubým lyzátem buněk po imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. K cvičení patří přednáška Bi6721.
Na konci kursu studenti prokáží praktickou schopnost provádět PCR.

Osnova

• 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami.
• 2.Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk.
• 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem.
• 4. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu.
• 5. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ředění DNA na koncentraci vhodnou pro PCR.
• 6. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA purifikované z buněk Salmonella. Provedení PCR reakce.
• 7. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy.
• 8. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.
• 9. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení +PCR a detekce PCR produktu.
• 10. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Stanovení citlivosti PCR.
• 11. Detekce PCR produktů pomocí agarózové gelové elektroforézy.
• 12. a 13. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR.
• 14. Vyhodnocení protokolů. Zápočtový test.

Literatura

• F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001

Metody hodnocení

Cvičení je ukončeno zápočtem a testem.

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
RNDr. Aleš Kovařík, CSc. (cvičící)

Garance

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Rozvrh

Čt 9:00–11:50 Bpb,02012

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/12
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Mikrobiologie)

Cíle předmětu

Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Příprava buněk Salmonella typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a okumentace gelu. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA buněk Salmonella s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy na agaróze a výpočet délky amplifikovaného fragmentu. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. PCR z jedné kolonie. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. Identifikace B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery.navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí.

Osnova

• 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami. 2. Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk. 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. 4. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. 5. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA izolované z buněk Salmonella. Příprava purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. 6. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy. 7. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.Použití programu Anagel. 8. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení PCR a detekce PCR produktu. 9. Příprava DNA matrice pro provedení PCR z jedné kolonie buněk. 10. PCR z jedné kolonie buněk. 11. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). 12. Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. 13. Identifikace baktérií B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery. 14. Navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí. 15. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR. Vyhodnocení protokolů.

Literatura

• F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001

Metody hodnocení

Cvičení je ukončeno zápočtem

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
RNDr. Aleš Kovařík, CSc. (cvičící)

Garance

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Rozvrh

Čt 9:00–11:50 Bpb,02012

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/12
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Mikrobiologie)

Cíle předmětu

Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Příprava buněk Salmonella typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a okumentace gelu. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA buněk Salmonella s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy na agaróze a výpočet délky amplifikovaného fragmentu. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. PCR z jedné kolonie. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. Identifikace B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery.navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí.

Osnova

• 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami. 2. Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk. 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. 4. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. 5. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA izolované z buněk Salmonella. Příprava purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. 6. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy. 7. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.Použití programu Anagel. 8. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení PCR a detekce PCR produktu. 9. Příprava DNA matrice pro provedení PCR z jedné kolonie buněk. 10. PCR z jedné kolonie buněk. 11. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). 12. Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. 13. Identifikace baktérií B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery. 14. Navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí. 15. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR. Vyhodnocení protokolů.

Literatura

• F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001

Metody hodnocení

Cvičení je ukončeno zápočtem

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)

Garance

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

Bi6721c/01: Čt 8:00–10:50 Bpb,02012
Bi6721c/02: Čt 11:00–13:50 Bpb,02012

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/12
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Mikrobiologie)

Cíle předmětu

Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Příprava buněk Salmonella typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a okumentace gelu. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA buněk Salmonella s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy na agaróze a výpočet délky amplifikovaného fragmentu. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. PCR z jedné kolonie. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. Identifikace B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery.navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí.

Osnova

• 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami. 2. Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk. 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. 4. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. 5. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA izolované z buněk Salmonella. Příprava purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. 6. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy. 7. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.Použití programu Anagel. 8. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení PCR a detekce PCR produktu. 9. Příprava DNA matrice pro provedení PCR z jedné kolonie buněk. 10. PCR z jedné kolonie buněk. 11. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). 12. Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. 13. Identifikace baktérií B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery. 14. Navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí. 15. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR. Vyhodnocení protokolů.

Literatura

• F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001

Metody hodnocení

Cvičení je ukončeno zápočtem

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)

Garance

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

Bi6721c/01: Čt 11:00–13:50 Bpb,02012, A. Španová
Bi6721c/02: Čt 8:00–10:50 Bpb,02012, A. Španová

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/12
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Mikrobiologie)

Cíle předmětu

Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Příprava buněk Salmonella typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA buněk Salmonella s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Výpočet délky amplifikovaného fragmentu. Stanovení citlivosti PCR. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. PCR z jedné bakteriální kolonie. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR).

Osnova

• 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami. 2. Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk. 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. 4. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. 5. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA izolované z buněk Salmonella. Příprava purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. 6. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy. 7. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.Použití programu Anagel. 8. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení PCR a detekce PCR produktu. 9. Příprava DNA matrice pro provedení PCR z jedné kolonie buněk. 10. PCR z jedné kolonie buněk. 11. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). 12. Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. 13. Identifikace baktérií B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery. 14. Navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí. 15. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR. Vyhodnocení protokolů.

Literatura

• F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001

Metody hodnocení

Cvičení je ukončeno zápočtem

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)

Garance

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/12
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Mikrobiologie)

Cíle předmětu

Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Příprava buněk Salmonella typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a okumentace gelu. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA buněk Salmonella s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy na agaróze a výpočet délky amplifikovaného fragmentu. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. PCR z jedné kolonie. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. Identifikace B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery.navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí.

Osnova

• 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami. 2. Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk. 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. 4. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. 5. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA izolované z buněk Salmonella. Příprava purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. 6. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy. 7. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.Použití programu Anagel. 8. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení PCR a detekce PCR produktu. 9. Příprava DNA matrice pro provedení PCR z jedné kolonie buněk. 10. PCR z jedné kolonie buněk. 11. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). 12. Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. 13. Identifikace baktérií B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery. 14. Navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí. 15. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR. Vyhodnocení protokolů.

Literatura

• F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001

Metody hodnocení

Cvičení je ukončeno zápočtem

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)

Garance

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/12

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Mikrobiologie)

Cíle předmětu

Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Příprava buněk Salmonella typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a okumentace gelu. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA buněk Salmonella s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy na agaróze a výpočet délky amplifikovaného fragmentu. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. PCR z jedné kolonie. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. Identifikace B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery.navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí.

Osnova

• 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami. 2. Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk. 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. 4. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. 5. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA izolované z buněk Salmonella. Příprava purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. 6. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy. 7. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.Použití programu Anagel. 8. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení PCR a detekce PCR produktu. 9. Příprava DNA matrice pro provedení PCR z jedné kolonie buněk. 10. PCR z jedné kolonie buněk. 11. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). 12. Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. 13. Identifikace baktérií B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery. 14. Navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí. 15. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR. Vyhodnocení protokolů.

Literatura

• F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001

Metody hodnocení

Cvičení je ukončeno zápočtem

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů - cvičení

Předmět se v období jaro 2023 nevypisuje.

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Barbora Burýšková (cvičící)
Mgr. Barbora Popelářová (cvičící)
Mgr. Barbora Jankovičová (cvičící)

Garance

doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. )
Předpokladem pro zapsání cvičení je paralelní zápis předmětu Speciální metody analýzy mikroorganismů (Bi6721).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem praktického kurzu je seznámit studenty s metodou izolace plasmidové a genomové DNA bakterií pomocí kitu, s návrhem oligonukleotidových primerů a  přípravou polymerázové řetězové reakce (end-point i kvantitativní PCR v reálném čase), s metodou kontrolní gelové elektroforézy, sekvenční analýzou a s purifikací cizorodého proteinu z hostitelské bakterie metodou afinitní chromatografie.

Výstupy z učení

Na konci kurzu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci mikrobiální DNA, znalost PCR, gelové elektroforézy, sekvenční analýzy a purifikace proteinu afinitní chromatografií.

Osnova

• 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur Pseudomonas putida a Escherichia coli, design PCR a amplifikačních primerů za využití softwaru Benchling.
• 2. Amplifikace dvou specifických genů vč. genu pro 16SrRNA.
• 3. Elektroforéza a purifikace PCR produktů.
• 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
• 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
• 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
• 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 8. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky
• 9. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
• 10. Real-time PCR se vzorkem DNA z cytomegalovira.
• 11. Purifikace rekombinantního proteinu z bakterie Escherichia coli metodou afinitní chromatografie

Literatura

• Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012

  ​Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení​, 2014

Výukové metody

Cvičení probíhá v jarním semestru 1x za 14 dní dvojnásobný počet hodin. Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí jasnou a výstižnou formou shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních, za odevzdání správně vypracovaných protokolů a na základě krátké diskuse s vyučujícím nad vyhodnocenými protokoly .

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7430c Molekulární biotechnologie - cvičení

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět se doporučuje zapsat ve 2. semestru společně s přednáškou, případně pak ve 4. semestru.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Předmět se v období jaro 2015 nevypisuje.

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jana Čmielová, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Zdeněk Hubálek, DrSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 13:00–15:50 E25/111

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předmět je určen pro studenty, kteří chtějí prakticky zvládnout metodu PCR (polymerázová řetězová reakce).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kursu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci DNA, PCR a gelovou elektroforézu ze vzorků bakterií a kvasinek.

Osnova

• 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur čeledi Pasteurellaceae.
• 2. Amplifikace tří specifických genů.
• 3. Elektroforéza výsledku, purifikace PCR produktů.
• 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
• 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
• 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
• 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 8. Izolace genomové DNA ze vzorku s obsahem Chlamydia trachomatis.
• 9. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
• 10. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
• 11. Real-time PCR pro Chlamydia trachomatis.
• 12. Izolace DNA z kvasinek (fenol-chloroformová extrakce), gelová elektroforéza.
• 13. PCR ITS regionu pro odlišení komplexu Saccharomyces sensu stricto, gelová elektroforéza.
• 14. Štěpení PCR produktu restrikční endonukleázou, gelová elektroforéza.

Literatura

• Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012

  ​Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení​, 2014

Výukové metody

Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za odevzdání správně vypracovaných protokolů.

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Předmět se v období jaro 2013 nevypisuje.

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

Bartoš (cvičící), prof. RNDr. Zdeněk Hubálek, DrSc. (zástupce)
Mgr. Jana Čmielová, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Zdeněk Hubálek, DrSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předmět je určen pro studenty, kteří chtějí prakticky zvládnout metodu PCR (polymerázová řetězová reakce).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

• Speciální biologie (program PřF, B-EXB)
• Speciální biologie (program PřF, B-EXB, směr Mikrobiologie a molekulární biotechnologie)
• Speciální biologie (program PřF, N-EXB)
• Speciální biologie (program PřF, N-EXB, směr Mikrobiologie a molekulární biotechnologie)

Cíle předmětu

Na konci kursu studenti prokáží praktickou schopnost provádět PCR.

Osnova

• 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami.
• 2.Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk.
• 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem.
• 4. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu.
• 5. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ředění DNA na koncentraci vhodnou pro PCR.
• 6. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA purifikované z buněk Salmonella. Provedení PCR reakce.
• 7. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy.
• 8. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.
• 9. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení +PCR a detekce PCR produktu.
• 10. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Stanovení citlivosti PCR.
• 11. Detekce PCR produktů pomocí agarózové gelové elektroforézy.
• 12. a 13. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR.
• 14. Vyhodnocení protokolů. Zápočtový test.

Literatura

• F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001

Výukové metody

Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly (celkem 4) jsou vypracovávány ve formě posteru dle osnovy (Úvod, Cíl práce, Materiál a metody, Výsledky, Diskuse, Závěr). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za odevzdání protokolů (4 protokoly) a za test (30 termínů, který musí studenti vysvětlit). Součástí zápočtu je analýza neznámého vzorku pomocí metody PCR.

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I - cvičení

Předmět se v období jaro 2012 nevypisuje.

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
RNDr. Aleš Kovařík, CSc. (cvičící)

Garance

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předmět je určen pro studenty, kteří chtějí prakticky zvládnout metodu PCR (polymerázová řetězová reakce).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kursu studenti prokáží praktickou schopnost provádět PCR.

Osnova

• 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami.
• 2.Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk.
• 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem.
• 4. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu.
• 5. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ředění DNA na koncentraci vhodnou pro PCR.
• 6. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA purifikované z buněk Salmonella. Provedení PCR reakce.
• 7. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy.
• 8. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.
• 9. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení +PCR a detekce PCR produktu.
• 10. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Stanovení citlivosti PCR.
• 11. Detekce PCR produktů pomocí agarózové gelové elektroforézy.
• 12. a 13. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR.
• 14. Vyhodnocení protokolů. Zápočtový test.

Literatura

• F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001

Výukové metody

Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly (celkem 4) jsou vypracovávány ve formě posteru dle osnovy (Úvod, Cíl práce, Materiál a metody, Výsledky, Diskuse, Závěr). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za odevzdání protokolů (4 protokoly) a za test (30 termínů, který musí studenti vysvětlit). Součástí zápočtu je analýza neznámého vzorku pomocí metody PCR.

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
RNDr. Aleš Kovařík, CSc. (cvičící)

Garance

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předmět je určen pro studenty, kteří chtějí prakticky zvládnout metodu PCR (polymerázová řetězová reakce).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Mikrobiologie)

Cíle předmětu

Na konci kursu studenti prokáží praktickou schopnost provádět PCR.

Osnova

• 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami.
• 2.Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk.
• 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem.
• 4. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu.
• 5. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ředění DNA na koncentraci vhodnou pro PCR.
• 6. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA purifikované z buněk Salmonella. Provedení PCR reakce.
• 7. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy.
• 8. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.
• 9. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení +PCR a detekce PCR produktu.
• 10. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Stanovení citlivosti PCR.
• 11. Detekce PCR produktů pomocí agarózové gelové elektroforézy.
• 12. a 13. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR.
• 14. Vyhodnocení protokolů. Zápočtový test.

Literatura

• F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001

Výukové metody

Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly (celkem 4) jsou vypracovávány ve formě posteru dle osnovy (Úvod, Cíl práce, Materiál a metody, Výsledky, Diskuse, Závěr). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za odevzdání protokolů (4 protokoly) a za test (30 termínů, který musí studenti vysvětlit). Součástí zápočtu je analýza neznámého vzorku pomocí metody PCR.

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
RNDr. Aleš Kovařík, CSc. (cvičící)

Garance

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předmět je určen pro studenty, kteří chtějí prakticky zvládnout metodu PCR (polymerázová řetězová reakce).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Mikrobiologie)

Cíle předmětu

Na konci kursu studenti prokáží praktickou schopnost provádět PCR.

Osnova

• 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami.
• 2.Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk.
• 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem.
• 4. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu.
• 5. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ředění DNA na koncentraci vhodnou pro PCR.
• 6. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA purifikované z buněk Salmonella. Provedení PCR reakce.
• 7. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy.
• 8. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.
• 9. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení +PCR a detekce PCR produktu.
• 10. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Stanovení citlivosti PCR.
• 11. Detekce PCR produktů pomocí agarózové gelové elektroforézy.
• 12. a 13. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR.
• 14. Vyhodnocení protokolů. Zápočtový test.

Literatura

• F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001

Výukové metody

Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly (celkem 4) jsou vypracovávány ve formě posteru dle osnovy (Úvod, Cíl práce, Materiál a metody, Výsledky, Diskuse, Závěr). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních a za odevzdání protokolů (4 protokoly) a za test (30 termínů, který musí studenti vysvětlit). Součástí zápočtu je analýza neznámého vzorku pomocí metody PCR.

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení

Rozsah

0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.

Vyučující

doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (cvičící)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (cvičící)
RNDr. Aleš Kovařík, CSc. (cvičící)

Garance

doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Předpoklady

NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 12 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/12, pouze zareg.: 0/12, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/12
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Mikrobiologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Mikrobiologie)

Cíle předmětu

Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Příprava buněk Salmonella typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a okumentace gelu. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA buněk Salmonella s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy na agaróze a výpočet délky amplifikovaného fragmentu. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. PCR z jedné kolonie. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. Identifikace B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery.navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí.

Osnova

• 1. Bezpečnost práce v mikrobiologické laboratoři. Pipetování malých objemů roztoků automatickými pipetami. 2. Příprava buněk Salmonella Typhimurium LB5000 pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk. 3. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Přesrážení DNA ethanolem. 4. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. 5. Zásady provozu PCR laboratoře. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA izolované z buněk Salmonella. Příprava purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. 6. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy. 7. Stanovení velikosti amplifikovaného produktu s použitím standardů o známé velikosti.Použití programu Anagel. 8. Příprava PCR směsi z hrubého lyzátu buněk. Pozitivní a negativní kontroly. Provedení PCR a detekce PCR produktu. 9. Příprava DNA matrice pro provedení PCR z jedné kolonie buněk. 10. PCR z jedné kolonie buněk. 11. Imunomagnetická separace (IMS) buněk Salmonella. IMS-kultivace (IMS-CM) buněk Salmonella. IMS-polymerázová řetězová reakce (IMS-PCR). 12. Kultivace anaerobních G+ baktérií Bifidobacterium longum. 13. Identifikace baktérií B. longum pomocí PCR s rodově specifickými primery. 14. Navrhování primerů s využitím databází nukleotidových sekvencí. 15. Zápočtová úloha - identifikace baktérií Salmonella v neznámém vzorku pomocí PCR. Vyhodnocení protokolů.

Literatura

• F.Sambrook and D.W. Russell Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2001

Metody hodnocení

Cvičení je ukončeno zápočtem

Navazující předměty

• Bi7430 Molekulární biotechnologie
• Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

• Statistika zápisu (nejnovější)