PřF:Bi6721c Spec.met.an.mikroorg.I. - cv. - Informace o předmětu
Bi6721c Speciální metody analýzy mikroorganizmů I. - cvičení
Přírodovědecká fakultajaro 2021
- Rozsah
- 0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Barbora Burýšková (cvičící)
Mgr. Barbora Popelářová (cvičící)
Mgr. Jozef Kováč (pomocník) - Garance
- doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Út 25. 5. 13:00–17:00 E25/111, St 26. 5. 8:00–12:00 E25/111, Po 31. 5. 13:00–17:00 E25/111, Út 1. 6. 8:00–12:00 E25/111
- Předpoklady
- NOW( Bi6721 Spec. met. an. mikroorg. I. )
Předpokladem pro zapsání cvičení je paralelní zápis předmětu Speciální metody analýzy mikroorganismů (Bi6721). - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 8 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/8, pouze zareg.: 0/8, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/8
Jiné omezení: Přednost mají posluchači specializace mikrobiologie. - Mateřské obory/plány
- předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Cílem praktického kurzu je seznámit studenty s metodou izolace plasmidové a genomové DNA bakterií pomocí kitu, s přípravou polymerázové řetězové reakce (end-point i kvantitativní PCR v reálném čase), s metodou kontrolní gelové elektroforézy a s purifikací cizorodého proteinu z hostitelské bakterie metodou afinitní chromatografie.
- Výstupy z učení
- Na konci kurzu studenti prokáží praktickou schopnost provádět izolaci mikrobiální DNA, znalost PCR, gelové elektroforézy a purifikace proteinu afinitní chromatografií.
- Osnova
- 1. Příprava bakteriálních lyzátů z kultur Pseudomonas putida a Escherichia coli.
- 2. Amplifikace čtyř specifických genů.
- 3. Elektroforéza a purifikace PCR produktů.
- 4. Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování.
- 5. Počítačová analýza výsledku sekvenování.
- 6. Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli.
- 7. Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky.
- 8. Izolace genomové DNA ze vzorku s obsahem Chlamydia trachomatis.
- 9. Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky
- 10. Polymerázová řetězová reakce systémem end-point, gelová elektroforéza.
- 11. Real-time PCR se vzorkem DNA z cytomegalovira.
- 12. Purifikace rekombinantního proteinu z bakterie Escherichia coli metodou afinitní chromatografie
- Literatura
- Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012
Kopecká, J., Bartoš, M. Speciální metody analýzy mikroorganizmů I, návody ke cvičení, 2014
- Green, M.R., Sambrook, F. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2012
- Výukové metody
- Při výuce každý student pracuje samostatně a zpracovává svůj vzorek. Výsledky svých experimentů musí jasnou a výstižnou formou shrnout a vyhodnotit v protokolu. Protokoly jsou vypracovány dle instrukcí (informace v prvním cvičení a na přednášce). V každém protokolu student popisuje, srovnává, analyzuje, vyhodnocuje a diskutuje svoje vlastní výsledky.
- Metody hodnocení
- Předmět je ukončen zápočtem, který studenti obdrží za aktivní účast ve cvičeních, za odevzdání správně vypracovaných protokolů a na základě krátké diskuse s vyučujícím nad vyhodnocenými protokoly .
- Navazující předměty
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat ve 2. semestru společně s přednáškou, případně pak ve 4. semestru.
- Statistika zápisu (jaro 2021, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2021/Bi6721c