Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2024
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (přednášející)
Sérgio Manuel Marques, PhD. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 15:00–16:50 B11/305
Předpoklady
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinůa
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Výstupy z učení
- popis struktury makromolekul a charakterizace individualnich interakci
- stažení a základní analýza kvality struktury a identifikace případných chyb
- experimentální metody a predikce struktury in silico
- analyza funkce, dynamiky a stability
- vliv mutace na strukturu, funkci, dynamiku a stabilitu makromolekul
Osnova
  • Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
  • V rámci přednášek budou představena následující temata:
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
  • 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
Výukové metody
teoretická příprava formou přednášky
Metody hodnocení
písemný test - výběr z více možností, k úspěšnému absolvování je třeba správně zodpovědět minimálně 9 z 25 otázek
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2023
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (přednášející)
Sérgio Manuel Marques, PhD. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 15:00–16:50 B11/305
Předpoklady
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinůa
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Výstupy z učení
- popis struktury makromolekul a charakterizace individualnich interakci
- stažení a základní analýza kvality struktury a identifikace případných chyb
- experimentální metody a predikce struktury in silico
- analyza funkce, dynamiky a stability
- vliv mutace na strukturu, funkci, dynamiku a stabilitu makromolekul
Osnova
  • Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
  • V rámci přednášek budou představena následující temata:
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
  • 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
Výukové metody
teoretická příprava formou přednášky
Metody hodnocení
písemný test - výběr z více možností, k úspěšnému absolvování je třeba správně zodpovědět minimálně 9 z 25 otázek
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2024.

Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2022
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (přednášející)
Sérgio Manuel Marques, PhD. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 14:00–15:50 B11/305
Předpoklady
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinůa
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Výstupy z učení
- popis struktury makromolekul a charakterizace individualnich interakci
- stažení a základní analýza kvality struktury a identifikace případných chyb
- experimentální metody a predikce struktury in silico
- analyza funkce, dynamiky a stability
- vliv mutace na strukturu, funkci, dynamiku a stabilitu makromolekul
Osnova
  • Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
  • V rámci přednášek budou představena následující temata:
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
  • 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
Výukové metody
teoretická příprava formou přednášky
Metody hodnocení
písemný test - výběr z více možností, k úspěšnému absolvování je třeba správně zodpovědět minimálně 9 z 25 otázek
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2023, podzim 2024.

Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2021
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (přednášející)
Sérgio Manuel Marques, PhD. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 14:00–15:50 B11/305
Předpoklady
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinůa
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Výstupy z učení
- popis struktury makromolekul a charakterizace individualnich interakci
- stažení a základní analýza kvality struktury a identifikace případných chyb
- experimentální metody a predikce struktury in silico
- analyza funkce, dynamiky a stability
- vliv mutace na strukturu, funkci, dynamiku a stabilitu makromolekul
Osnova
  • Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
  • V rámci přednášek budou představena následující temata:
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
  • 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
Výukové metody
teoretická příprava formou přednášky
Metody hodnocení
písemný test - výběr z více možností, k úspěšnému absolvování je třeba správně zodpovědět minimálně 9 z 25 otázek
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2020
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (přednášející)
Sérgio Manuel Marques, PhD. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 14:00–15:50 prace doma
Předpoklady
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinůa
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Výstupy z učení
- popis struktury makromolekul a charakterizace individualnich interakci
- stažení a základní analýza kvality struktury a identifikace případných chyb
- experimentální metody a predikce struktury in silico
- analyza funkce, dynamiky a stability
- vliv mutace na strukturu, funkci, dynamiku a stabilitu makromolekul
Osnova
  • Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
  • V rámci přednášek budou představena následující temata:
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
  • 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
Výukové metody
teoretická příprava formou přednášky
Metody hodnocení
písemný test - výběr z více možností, k úspěšnému absolvování je třeba správně zodpovědět minimálně 9 z 25 otázek
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2019
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (přednášející)
Sérgio Manuel Marques, PhD. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 14:00–15:50 B11/305
Předpoklady
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinůa
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Výstupy z učení
- popis struktury makromolekul a charakterizace individualnich interakci
- stažení a základní analýza kvality struktury a identifikace případných chyb
- experimentální metody a predikce struktury in silico
- analyza funkce, dynamiky a stability
- vliv mutace na strukturu, funkci, dynamiku a stabilitu makromolekul
Osnova
  • Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
  • V rámci přednášek budou představena následující temata:
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
  • 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
Výukové metody
teoretická příprava formou přednášky
Metody hodnocení
písemný test - výběr z více možností, k úspěšnému absolvování je třeba správně zodpovědět minimálně 9 z 25 otázek
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2018
Rozsah
2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (přednášející)
Sérgio Manuel Marques, PhD. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 24. 9. až Pá 14. 12. St 14:00–15:50 B11/305
Předpoklady
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinů
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Výstupy z učení
Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinů
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Osnova
  • Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
  • V rámci přednášek budou představena následující temata:
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
  • 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
Výukové metody
teoretická příprava formou přednášky
Metody hodnocení
písemný test - výběr z více možností, k úspěšnému absolvování je třeba správně zodpovědět minimálně 9 z 25 otázek
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2017
Rozsah
2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (přednášející)
Sérgio Manuel Marques, PhD. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 18. 9. až Pá 15. 12. St 14:00–15:50 B11/305
Předpoklady
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinů
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Výstupy z učení
Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinů
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Osnova
  • Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
  • V rámci přednášek budou představena následující temata:
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
  • 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
Výukové metody
teoretická příprava formou přednášky
Metody hodnocení
písemný test - výběr z více možností, k úspěšnému absolvování je třeba správně zodpovědět minimálně 9 z 25 otázek
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2016
Rozsah
2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (přednášející)
Sérgio Manuel Marques, PhD. (přednášející)
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 19. 9. až Ne 18. 12. Čt 11:00–12:50 B11/235
Předpoklady
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinů
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Osnova
  • Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
  • V rámci přednášek budou představena následující temata:
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
  • 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
Výukové metody
teoretická příprava formou přednášky
Metody hodnocení
písemný test - výběr z více možností, k úspěšnému absolvování je třeba správně zodpovědět minimálně 9 z 25 otázek
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2015
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (přednášející)
Sérgio Manuel Marques, PhD. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (cvičící)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 13:00–14:50 B11/306
Předpoklady
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinů
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Osnova
  • Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
  • V rámci přednášek budou představena následující temata:
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
  • 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
Výukové metody
teoretická příprava formou přednášky
Metody hodnocení
písemný test - výběr z více možností, k úspěšnému absolvování je třeba správně zodpovědět minimálně 9 z 25 otázek
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2014
Rozsah
2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 15:00–16:50 B11/235
Předpoklady
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinů
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Osnova
  • Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
  • V rámci přednášek budou představena následující temata:
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
  • 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
Výukové metody
teoretická příprava formou přednášky
Metody hodnocení
písemný test - výběr z více možností, k úspěšnému absolvování je třeba správně zodpovědět minimálně 9 z 25 otázek
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2013
Rozsah
2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 16. 9. až Pá 6. 12. St 12:00–13:50 B11/235
Předpoklady
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Po úspěšném ukončení tohoto kurzu budou studenti schopni:
popsat strukturu biomolekul a jak se experimentálně určují
získat struktury biomolekul z vhodných databází
identifikovat možné chyby ve struktuře proteinů
predikovat struktury biomolekul a jejich komplexů
analyzovat struktury proteinů za účelem získání informací o jejich funkci, dynamice či stabilitě
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Osnova
  • Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
  • V rámci přednášek budou představena následující temata:
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
  • 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
Výukové metody
teoretická příprava formou přednášky
Metody hodnocení
písemný test - výběr z více možností, k úspěšnému absolvování je třeba správně zodpovědět minimálně 9 z 25 otázek
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2012
Rozsah
2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 12:00–13:50 B11/235
Předpoklady
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 65 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu je seznámit studenty s pohledem na biologické systémy z hlediska struktury biologických makromolekul.
Studenti získají přehled o tom, jak se struktury určují, kde je lze získat, jak je zobrazit a následně analyzovat za účelem získání informací o jejich funkci. Dále se seznámí se základy důležitých fenoménů strukturní biologie jako je dynamika proteinů, protein-proteinové, protein-DNA a protein-ligandové interakce. Na závěr kurzu budou diskutovány aplikace strukturní biologie při studiu molekulární podstaty důležitých biologických procesů, designu nových léčiv a biokatalyzátorů.
Osnova
  • Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
  • V rámci přednášek budou představena následující temata:
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Stabilita a dynamika makromolekul – analýza stability a dynamiky a jejich databáze.
  • 5. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 6. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 7. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
  • Protein Stucture and Function, G. A. Petsko & D. Ringe, New Science Press, 2004
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
Výukové metody
teoretická příprava fromou přednášky
Metody hodnocení
písemný test
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011

Předmět se v období podzim 2011 nevypisuje.

Rozsah
1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Cílem předmětu je seznámit studenty s pohledem na biologické systémy z hlediska struktury biologických makromolekul.
Studenti získají přehled o tom, jak se struktury určují, kde je lze získat, jak je zobrazit a následně analyzovat za účelem získání informací o jejich funkci. Dále se seznámí se základy důležitých fenoménů strukturní biologie jako je dynamika proteinů, protein-proteinové, protein-DNA a protein-ligandové interakce. Na závěr kurzu budou diskutovány aplikace strukturní biologie při studiu molekulární podstaty důležitých biologických procesů, designu nových léčiv a biokatalyzátorů.
Osnova
  • Strukturní biologie je vědní disciplína na rozhraní molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Strukturní biologie umožňuje strukturu makromolekul určit a studuje, jak strutkura souvisí s biologickou funkcí.
  • V rámci přednášek budou představena následující temata:
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
  • 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
Výukové metody
teoretická příprava fromou přednášky
Metody hodnocení
2 písemné testy
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

Bi9410 Strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011 - akreditace

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Seznámit studenty s pohledem na biologické systémy z hlediska struktury biologických makromolekul. Strukturní biologie je vědní disciplína odvozená z molekulární biologie, biochemie a biofyziky. Zabývá se molekulární strukturou biologických makromolekul, především proteinů a nukleových kyselin, které jsou nezbytnými komponentami všech živých organismů. Umožňuje určovat tuto strukturu a studovat jak souvisí s biologickou funkcí.
Studenti se naučí, jak se struktury určují, kde je lze získat, jak je zobrazit a následně analyzovat za účelem získání informací o jejich funkci. Dále budou představeny důležité fenomény strukturní biologie – dynamika proteinů, protein-proteinové, protein-DNA a protein-ligandové interakce. V závěr předmětu budou diskutovány aplikace strukturní biologie při studiu důležitých biologických fenoménů na molekulární úrovni, design nových léčiv a biokatalyzátorů.
Osnova
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, strukturní databáze PDB, PDBsum, EDS, NDB.
  • 3. Vizualizace struktur – možnosti zobrazení, dostupné programy.
  • 4. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 5. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 6. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 7. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
  • 8. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 11. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 12. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
Výukové metody
teoretická příprava fromou přednášky
Metody hodnocení
písemný test
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.