PřF:C2133 Úvod do chemoinformatiky - Informace o předmětu
C2133 Úvod do chemoinformatiky
Přírodovědecká fakultapodzim 2024
- Rozsah
- 2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
- Vyučující
- doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Bc. Gabriela Bučeková (cvičící) - Garance
- doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 45 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/45, pouze zareg.: 40/45, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 12/45 - Mateřské obory/plány
- Bioinformatika (program PřF, B-BIC)
- Cíle předmětu
- Kurs je zaměřen na získání úvodních znalostí v oblasti chemoinformatiky. Základní ideou předmětu je vysvětlit nejdůležitější chemoinformatické metodiky pro práci s informacemi o malých organických molekulách.
Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
Porozumět a reprezentovat 1D, 2D a 3D struktury malých organických molekul v počítači;
Porozumět metodikám pro predikci activity a vlastností molekuly a pro charakterizaci podobnosti molekuly.
Porozumět základním přístupům předpovědi vztahu struktura – aktivita – biologická funkce - Výstupy z učení
- Po skončení kurzu bude student schopen popsat základní chemoinformaticé metodiky pro práci s malými organickými molekulami a ukázat jejich aplikaci na vybraných příkladech.
- Osnova
- 1. Co je chemoinformatika - popis oboru, jeho historie a využití 2. Databáze malých organických molekul 3. Zápis molekuly pomocí řetězce (SMILES, InChi, InChiKey), probém unikátního zápisu 4. Reprezentace a manipulace s dvoudimenzionálními (2D) strukturami molekul 5. Způsoby vyjádření 3D struktury molekuly a molekulárního system 6. Molekulární deskriptory 7. Fingerprinty - vektory popisující struktury a vlastnosti molekul 8. Modely pro studium kvantitativních vztahů mezi strukturou a aktivitou látek – QSAR 9. Modely pro studium kvantitativních vztahů mezi strukturou a vlastnostmi látek – QSPR 10. 3D QSAR a 3D QSPR modely 11. Metody pro měření molekulární podobnosti 12. Chemický prostor a metodiky práce s ním
- Literatura
- Výukové metody
- přednášky s praktickými demonstracemi
- Metody hodnocení
- Pisemný test
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/C2133