PřF:C2145 Strukturní bioinformatika v pr - Informace o předmětu
C2145 Strukturní bioinformatika v praxi
Přírodovědecká fakultapodzim 2024
- Rozsah
- 0/1/1. 3 kr. Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Vladimír Horský, Ph.D. (přednášející) - Garance
- doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- Kurs je zaměřen na získání praktických znalostí v oblasti strukturní bioinformatiky.
Základní ideou předmětu je zaměřit se na jednotlivé kroky procesu analýzy biomolekulárních struktur, konkrétně: Vyhledání struktur v databázích, jejich zobrazení, validace, vyhledání biologicky důležitých fragmentů a jejich charakterizace. U každého kroku popsat jeho realizaci, ukázat vhodné softwarové nástroje a využít je na konkrétních příkladech. Na závěr kursu pak ukázat celý proces analýzy strukturních dat na dvou biologicky významných příkladech.
Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
Pracovat s databázemi strukturních dat biomakromolekul.
Pracovat s metodami a softwarovými nástroji, určenými k analýze strukturních dat.
Realizovat kompletní proces analýzy těchto dat.
Porozumět výstupům jednotlivých kroků analýzy a umět je interpretovat a diskutovat. - Výstupy z učení
- Po skončení kurzu bude student schopen popsat metodiky pro realizaci jednotlivých kroků analýzy strukturních dat biomakromolekul. Student bude rovněž schopen pracovat se softwarovými nástroji implementujícím jednotlivé metodiky. Student rovněž zvládne popsat a realizovat celé workflow pro analýzu uvedených dat.
- Osnova
- 1) Biomakromolekulární fragmenty a motivy - příklady 2) Biomakromolekulární fragment a motivy - predikce 3) Strukturně bioinformatické database obecného zaměření 4) Transfer biomakromolekulárních dat a jejich vizualizace 5) Validace biomakromolekulárních strukrue - validační kritéria a validační reporty 6) Validace ligandů - validační kritéria a validační reporty 7) Detekce a extrakce fragmentů - vytváření dotazů a procházení database 8) Detekce tunelů a pórů - výběr startovacích bodů a vstupních vlastností, výpočet tunelů 9) Charakterizace pomocí parciálních atomových nábojů - empirické metodiky výpočtu parciálních atomových nábojů a mapování nábojů na struktury 10) Charakterizace tunelů - geometrické, fyzikálně-chemické a biochemické vlastnosti 11) Kompletní process extrakce dat a jejich analýzy: Lektinový příkad (Validace, extrakce, porovnávání, výpočet nábojů) 12) Kompletní process extrakce dat a jejich analýzy: Příklad cytochrome P450 (vyhledávání v databázích, detekce tunelů, charakterizace tunelů)
- Literatura
- doporučená literatura
- KOČA, Jaroslav, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Lukáš PRAVDA, Karel BERKA, Stanislav GEIDL, David SEHNAL a Michal OTYEPKA. Structural Bioinformatics Tools for Drug Design: Extraction of Biologically Relevant Information from Structural Databases. Online. 1. vyd. Cham: Springer International Publishing, 2016, 144 s. SpringerBriefs in Biochemistry and Molecular Biology. ISBN 978-3-319-47388-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-47388-8. URL info
- Výukové metody
- přednášky s praktickými demonstracemi
- Metody hodnocení
- Písemný test
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/C2145