Informace o předmětu

C7800 Úvod do molekulového modelování - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Ing. Tomáš Trnka, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Július Zemaník (cvičící)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18:00–18:50 C04/118

Předpoklady

NOW( C7790 Úvod do mol. mod. )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 17/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30

Mateřské obory/plány

předmět má 13 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen:
- vytvořit vhodné modely studovaných problémů;
- provést základní kvantově chemické a molekulárně mechanické výpočty;
- vypočítat interakční energie;
- nalézt tranzitní stav elementární reakce a určit její aktivační energii;
- popsat dynamiku malého molekulárního systému;

Osnova

• 1. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 2. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 3. Vypracování samostatných projektů

Literatura

• LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
• CRAMER, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2004, xx, 596. ISBN 0470091819. info
• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Úvod do molekulového modelování - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18:00–18:50 C04/118

Předpoklady

NOW( C7790 Úvod do mol. mod. )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 15/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30

Mateřské obory/plány

předmět má 13 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen:
- vytvořit vhodné modely studovaných problémů;
- provést základní kvantově chemické a molekulárně mechanické výpočty;
- vypočítat interakční energie;
- nalézt tranzitní stav elementární reakce a určit její aktivační energii;
- popsat dynamiku malého molekulárního systému;

Osnova

• 1. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 2. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 3. Vypracování samostatných projektů

Literatura

• LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
• CRAMER, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2004, xx, 596. ISBN 0470091819. info
• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Úvod do molekulového modelování - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Bouchal, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ivo Durník, Ph.D. (cvičící)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18:00–18:50 C04/118

Předpoklady

NOW( C7790 Úvod do mol. mod. )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 4/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30

Mateřské obory/plány

předmět má 13 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen:
- vytvořit vhodné modely studovaných problémů;
- provést základní kvantově chemické a molekulárně mechanické výpočty;
- vypočítat interakční energie;
- nalézt tranzitní stav elementární reakce a určit její aktivační energii;
- popsat dynamiku malého molekulárního systému;

Osnova

• 1. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 2. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 3. Vypracování samostatných projektů

Literatura

• LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
• CRAMER, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2004, xx, 596. ISBN 0470091819. info
• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Úvod do molekulového modelování - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Bouchal, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ivo Durník, Ph.D. (cvičící)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17:00–17:50 C04/118

Předpoklady

NOW( C7790 Úvod do mol. mod. )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 3/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30

Mateřské obory/plány

předmět má 13 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen:
- vytvořit vhodné modely studovaných problémů;
- provést základní kvantově chemické a molekulárně mechanické výpočty;
- vypočítat interakční energie;
- nalézt tranzitní stav elementární reakce a určit její aktivační energii;
- popsat dynamiku malého molekulárního systému;

Osnova

• 1. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 2. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 3. Vypracování samostatných projektů

Literatura

• LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
• CRAMER, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2004, xx, 596. ISBN 0470091819. info
• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Úvod do molekulového modelování - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Bouchal, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ivo Durník, Ph.D. (cvičící)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18:00–18:50 C04/118

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 2/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30

Mateřské obory/plány

předmět má 13 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen:
- vytvořit vhodné modely studovaných problémů;
- provést základní kvantově chemické a molekulárně mechanické výpočty;
- vypočítat interakční energie;
- nalézt tranzitní stav elementární reakce a určit její aktivační energii;
- popsat dynamiku malého molekulárního systému;

Osnova

• 1. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 2. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 3. Vypracování samostatných projektů

Literatura

• LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
• CRAMER, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2004, xx, 596. ISBN 0470091819. info
• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Úvod do molekulového modelování - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Bouchal, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ivo Durník, Ph.D. (cvičící)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17:00–17:50 C04/118

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30

Mateřské obory/plány

předmět má 13 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen:
- vytvořit vhodné modely studovaných problémů;
- provést základní kvantově chemické a molekulárně mechanické výpočty;
- vypočítat interakční energie;
- nalézt tranzitní stav elementární reakce a určit její aktivační energii;
- popsat dynamiku malého molekulárního systému;

Osnova

• 1. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 2. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 3. Vypracování samostatných projektů

Literatura

• LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
• CRAMER, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2004, xx, 596. ISBN 0470091819. info
• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Tomáš Bouchal, Ph.D. (cvičící)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17. 9. až Pá 14. 12. Po 17:00–17:50 C04/118

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30

Mateřské obory/plány

předmět má 13 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)
• 2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 4. Vypracování samostatného projektu

Literatura

• LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
• CRAMER, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2004, xx, 596. ISBN 0470091819. info
• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Tomáš Bouchal, Ph.D. (cvičící)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18. 9. až Pá 15. 12. Po 17:00–17:50 C04/118

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30

Mateřské obory/plány

předmět má 13 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)
• 2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 4. Vypracování samostatného projektu

Literatura

• LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
• CRAMER, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2004, xx, 596. ISBN 0470091819. info
• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Tomáš Bouchal, Ph.D. (cvičící)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 19. 9. až Ne 18. 12. Po 17:00–17:50 C04/118

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30

Mateřské obory/plány

předmět má 13 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)
• 2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 4. Vypracování samostatného projektu

Literatura

• LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
• CRAMER, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2004, xx, 596. ISBN 0470091819. info
• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Tomáš Bouchal, Ph.D. (cvičící)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17:00–17:50 C04/118

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30

Mateřské obory/plány

předmět má 13 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)
• 2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 4. Vypracování samostatného projektu

Literatura

• LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
• CRAMER, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2004, xx, 596. ISBN 0470091819. info
• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D. (cvičící)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17:00–17:50 C04/118

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30

Mateřské obory/plány

předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)
• 2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 4. Vypracování samostatného projektu

Literatura

• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info
• LIPKOWITZ, K B a D B BOYD. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York: VCH Publishers, 1998. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D. (cvičící)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17:00–17:50 C04/211

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30

Mateřské obory/plány

předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)
• 2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 4. Vypracování samostatného projektu

Literatura

• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info
• LIPKOWITZ, K B a D B BOYD. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York: VCH Publishers, 1998. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 16:00–16:50 C04/118

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 21 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/21, pouze zareg.: 0/21, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/21

Mateřské obory/plány

předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)
• 2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 4. Vypracování samostatného projektu

Literatura

• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info
• LIPKOWITZ, K B a D B BOYD. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York: VCH Publishers, 1998. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 16:00–16:50 C04/211, Po 16:00–16:50 C04/118

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 21 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/21, pouze zareg.: 0/21, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/21

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)
• 2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 4. Vypracování samostatného projektu

Literatura

• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info
• LIPKOWITZ, K B a D B BOYD. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York: VCH Publishers, 1998. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 18:00–18:50 C04/211

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 21 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/21, pouze zareg.: 0/21, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/21

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)
• 2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 4. Vypracování samostatného projektu

Literatura

• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info
• LIPKOWITZ, K B a D B BOYD. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York: VCH Publishers, 1998. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Čt 13:00–13:50 C04/211

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)
• 2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 4. Vypracování samostatného projektu

Literatura

• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info
• LIPKOWITZ, K B a D B BOYD. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York: VCH Publishers, 1998. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 12:00–12:50 C04/211

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Viz C7790

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Viz C7790

Osnova

• Viz C7790

Literatura

• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info
• LIPKOWITZ, K B a D B BOYD. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York: VCH Publishers, 1998. info

Metody hodnocení

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Informace učitele

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 11:00–11:50 C04/211

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Viz C7790

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10

Mateřské obory/plány

předmět má 13 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Viz C7790

Osnova

• Viz C7790

Metody hodnocení

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Informace učitele

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 10:00–10:50 C04/211

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Viz C7790

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Viz C7790

Osnova

• Viz C7790

Metody hodnocení

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Informace učitele

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 16:00–16:50 C04/211

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Viz C7790

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Viz C7790

Osnova

• Viz C7790

Metody hodnocení

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Informace učitele

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/0/1. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Viz C7790

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Viz C7790

Osnova

• Viz C7790

Metody hodnocení

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Informace učitele

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Další komentáře

Poznámka k ukončení předmětu: Projekt
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Viz C7790

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Viz C7790

Osnova

• Viz C7790

Metody hodnocení

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Informace učitele

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Viz C7790

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Viz C7790

Osnova

• Viz C7790

Metody hodnocení

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Informace učitele

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a molekul.model )

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a molekul.model )

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 21 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/21, pouze zareg.: 0/21, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/21

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)
• 2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 4. Vypracování samostatného projektu

Literatura

• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info
• LIPKOWITZ, K B a D B BOYD. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York: VCH Publishers, 1998. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 21 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/21, pouze zareg.: 0/21, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/21

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)
• 2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 4. Vypracování samostatného projektu

Literatura

• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info
• LIPKOWITZ, K B a D B BOYD. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York: VCH Publishers, 1998. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Viz C7790

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

předmět má 17 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Viz C7790

Osnova

• Viz C7790

Metody hodnocení

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Informace učitele

Jde o cvičení typu samostatného projektu. Studenti si volí téma buď podle svého odborného zaměření (například konformační analýza látek se kterými pracují, studium reakčního mechanismu apod.) nebo podle zadání vyučujícího. Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

• Statistika zápisu (nejnovější)