Informace o předmětu

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

Mgr. Gabriel Demo, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Petr Těšina, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 15:00–16:50 C04/211

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět uvádí studenty do problematiky struktury proteinů a dynamického chování proteinů a jejich kombinací ve vztahu k biologickým funkcím proteinů.

Výstupy z učení

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou diskutovány strukturní motivy proteinů, jejich stabilita a konformační dynamika. Ve druhé části jsou diskutovány vybrané biologické funkce proteinů (např. enzymy, membránové proteiny, interakce protein-ligand). Ve třetí části jsou uvedeny základní techniky molekulární biologie pro izolaci, klonování genů a expresi proteinů a strukturní biologie pro určování 3D struktur proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Posttranslační modifikace proteinů. Stabilita a dynamika proteinů.
• 2. Enzymy a enzymová katalýza. Proteiny interagující s ligandy (např. DNA a RNA molekuly, transkripční a translační faktory). Membránové proteiny, nestrukturované proteiny.
• 3. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Stanovení sekvence DNA. Produkce rekombinantních proteinů. Předpovídání a modelování struktury proteinů. Biofyzikální metody stanovení 3D struktury proteinů (proteinová krystalografie, kryoelektronová mikroskopie, NMR, SAXS).

Literatura

doporučená literatura
• KESSEL, Amit a BEN-TAL Nir. Introduction to proteins. Structure, function and motion. 2nd ed. CRC Press, Taylor and Francis, Boca Raton, Florida USA, 2018, 880 s. ISBN 978-1-4987-4717-2
• PETSKO Gregory & RINGE Dagmar. Protein structure and function. Oxford University Press, 2008, 224 stran. ISBN 9780199556847.
• WHITFORD, David. Proteins : structure and function. Chichester: John Wiley & Sons, 2005, xiv, 528. ISBN 0471498947. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi8202 Základy proteomiky
• CB070 Proteinová krystalografie
• C6215 Pokročilá biochemie a její metody
• C7270 Biological X-Ray Crystallography and Cryo-Electron Microscopy
• C9940 3-Dimensional Transmission Electron Microscopy (3DEM)

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

Mgr. Gabriel Demo, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. Gabriel Demo, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 15:00–16:50 C04/211

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět uvádí studenty do problematiky struktury proteinů a dynamického chování proteinů a jejich kombinací ve vztahu k biologickým funkcím proteinů.

Výstupy z učení

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou diskutovány strukturní motivy proteinů, jejich stabilita a konformační dynamika. Ve druhé části jsou diskutovány vybrané biologické funkce proteinů (např. enzymy, membránové proteiny, interakce protein-ligand). Ve třetí části jsou uvedeny základní techniky molekulární biologie pro izolaci, klonování genů a expresi proteinů a strukturní biologie pro určování 3D struktur proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Posttranslační modifikace proteinů. Stabilita a dynamika proteinů.
• 2. Enzymy a enzymová katalýza. Proteiny interagující s ligandy (např. DNA a RNA molekuly, transkripční a translační faktory). Membránové proteiny, nestrukturované proteiny.
• 3. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Stanovení sekvence DNA. Produkce rekombinantních proteinů. Předpovídání a modelování struktury proteinů. Biofyzikální metody stanovení 3D struktury proteinů (proteinová krystalografie, kryoelektronová mikroskopie, NMR, SAXS).

Literatura

doporučená literatura
• TORRES, Anton. Protein Science: Structure and Mechanism. States Academic Press, New York USA, 2022, 249 s. ISBN 1639894497
• KESSEL, Amit a BEN-TAL Nir. Introduction to proteins. Structure, function and motion. 2nd ed. CRC Press, Taylor and Francis, Boca Raton, Florida USA, 2018, 880 s. ISBN 978-1-4987-4717-2

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 17:00–18:50 C03

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět uvádí studenty do problematiky struktury proteinů a dynamického chování proteinů a jejich kombinací ve vztahu k biologickým funkcím proteinů.

Výstupy z učení

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou diskutovány strukturní motivy proteinů, jejich stabilita a konformační dynamika. Ve druhé části jsou diskutovány vybrané biologické funkce proteinů (např. enzymy, membránové proteiny, interakce protein-ligand). Ve třetí části jsou uvedeny základní techniky molekulární biologie pro izolaci, klonování genů a expresi proteinů a strukturní biologie pro určování 3D struktur proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Posttranslační modifikace proteinů. Stabilita a dynamika proteinů.
• 2. Enzymy a enzymová katalýza. Proteiny interagující s ligandy (např. DNA a RNA molekuly, transkripční a translační faktory). Membránové proteiny, nestrukturované proteiny.
• 3. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Stanovení sekvence DNA. Produkce rekombinantních proteinů. Předpovídání a modelování struktury proteinů. Biofyzikální metody stanovení 3D struktury proteinů (proteinová krystalografie, kryoelektronová mikroskopie, NMR, SAXS).

Literatura

doporučená literatura
• KESSEL, Amit a BEN-TAL Nir. Introduction to proteins. Structure, function and motion. 2nd ed. CRC Press, Taylor and Francis, Boca Raton, Florida USA, 2018, 880 s. ISBN 978-1-4987-4717-2

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 17:00–18:50 C03

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět seznamuje studenty s problematikou strukturních motivů opakujících se ve strukturách proteinů, jejich vztahu k biologickým funkcím proteinů a jejich inženýrování.

Výstupy z učení

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 17:00–18:50 C03

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět seznamuje studenty s problematikou strukturních motivů opakujících se ve strukturách proteinů, jejich vztahu k biologickým funkcím proteinů a jejich inženýrování.

Výstupy z učení

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 17:00–18:50 C03

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět seznamuje studenty s problematikou strukturních motivů opakujících se ve strukturách proteinů, jejich vztahu k biologickým funkcím proteinů a jejich inženýrování.

Výstupy z učení

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17. 9. až Pá 14. 12. Út 17:00–18:50 C03

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět seznamuje studenty s problematikou strukturních motivů opakujících se ve strukturách proteinů, jejich vztahu k biologickým funkcím proteinů a jejich inženýrování.

Výstupy z učení

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18. 9. až Pá 15. 12. Út 15:00–16:50 C04/211

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět seznamuje studenty s problematikou strukturních motivů opakujících se ve strukturách proteinů, jejich vztahu k biologickým funkcím proteinů a jejich inženýrování.

Výstupy z učení

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 19. 9. až Ne 18. 12. Po 17:00–18:50 B11/205

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17:00–18:50 B11/306

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 18:00–19:50 B11/306

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17:00–18:50 B11/132

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 15:00–16:50 B11/205

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Čt 16:00–17:50 B11/205

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 11:00–12:50 C04/211

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

zk (examination). Alternate Types of Completion: k (colloquium).**

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 10:00–11:50 C04/211

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

zk (examination). Alternate Types of Completion: k (colloquium).**

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 10:00–11:50 BFU

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Metody hodnocení

zk (examination). Alternate Types of Completion: k (colloquium).**

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 16:00–17:50 BFU

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 8:00–9:50 BFU

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 9:00–10:50 Kontaktujte učitele

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
RNDr. Alena Kuderová, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
RNDr. Alena Kuderová, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Proteinové inženýrství

Rozsah

2/0/0. 3 kr. Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
RNDr. Alena Kuderová, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška je uvedena shrnutím strukturních motivů polypeptidových řetězců a principů vytváření strukturních domén. Následně se zaměřuje se na roli jednotlivých motivů v biologické funkci proteinů. Budou diskutovány strukturní prvky podmiňující specificitu interakcí transkripčních faktorů a polymeráz s DNA.Bude probrána molekulární podmíněnost plasticity odpovědi imunitního systému na expozici novým antigenum. V oblasti membránových proteinů bude položen důraz na charakteristiky transmembranových domén, využití jejich strukturních specifik k předpovedi jejich výskytu na základě primárni sekvence aminokyselin u nově objevených proteinů, detailněji budou osvětleny strukturně-funkční vztahy u bakteriorhodopsinu,fotosyntetického reakčního centra, membranových receptorů, jejich interakce s G proteiny a strukturní poruchy jejichž manifestací jsou některá nadorová onemocnění. Bude diskutována enzymová katalýza a možnosti modifikace substrátové specificity a reakční rychlosti. Součástí přednášky budou také metody předpovídání sekundární a terciární struktury proteinů na základě jejich aminokyselinové sekvence, počítačové modelování struktur proteinů, jejich interakce s ligandy a modelování enzymatických reakcí a rovněž metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. Na závěr bude shrnuto využití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Na zajištění přednášky participují RNDr. Jiři Damborský,CSc. (Počítačové modelování v proteinovém inženýrství) a RNDr. Alena Kuderová, CSc. (Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem).

Osnova

• 1.Základní strukturní principy architektury proteinů. 2.Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. -Proteiny interagující s DNA -Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem -Membránové proteiny (membránové receptory) -Enzymová katalýza -Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů -Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů 3.Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů -Metody přípravy rekombinantních molekul DNA, izolace klonovaných genů, genetické elementy řídící expresi genů -Mutageneze in vitro -Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Navazující předměty

• B8202 Praktikum základů proteomiky

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Proteinové inženýrství

Rozsah

2/0/0. 3 kr. Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
RNDr. Alena Kuderová, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška je uvedena shrnutím strukturních motivů polypeptidových řetězců a principů vytváření strukturních domén. Následně se zaměřuje se na roli jednotlivých motivů v biologické funkci proteinů. Budou diskutovány strukturní prvky podmiňující specificitu interakcí transkripčních faktorů a polymeráz s DNA.Bude probrána molekulární podmíněnost plasticity odpovědi imunitního systému na expozici novým antigenum. V oblasti membránových proteinů bude položen důraz na charakteristiky transmembranových domén, využití jejich strukturních specifik k předpovedi jejich výskytu na základě primárni sekvence aminokyselin u nově objevených proteinů, detailněji budou osvětleny strukturně-funkční vztahy u bakteriorhodopsinu,fotosyntetického reakčního centra, membranových receptorů, jejich interakce s G proteiny a strukturní poruchy jejichž manifestací jsou některá nadorová onemocnění. Bude diskutována enzymová katalýza a možnosti modifikace substrátové specificity a reakční rychlosti. Součástí přednášky budou také metody předpovídání sekundární a terciární struktury proteinů na základě jejich aminokyselinové sekvence, počítačové modelování struktur proteinů, jejich interakce s ligandy a modelování enzymatických reakcí a rovněž metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. Na závěr bude shrnuto využití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Na zajištění přednášky participují RNDr. Jiři Damborský,CSc. (Počítačové modelování v proteinovém inženýrství) a RNDr. Alena Kuderová, CSc. (Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem).

Osnova

• 1.Základní strukturní principy architektury proteinů. 2.Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. -Proteiny interagující s DNA -Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem -Membránové proteiny (membránové receptory) -Enzymová katalýza -Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů -Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů 3.Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů -Metody přípravy rekombinantních molekul DNA, izolace klonovaných genů, genetické elementy řídící expresi genů -Mutageneze in vitro -Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Navazující předměty

• B8202 Praktikum základů proteomiky

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Proteinové inženýrství

Rozsah

2/0/0. 3 kr. Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biochemie (program PřF, M-CH)
• Biochemie (program PřF, N-CH)

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

Ústní zkouška či kolokvium

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Výukové metody

přednášky

Metody hodnocení

zk (examination). Alternate Types of Completion: k (colloquium).**

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

C7920 Struktura a funkce proteinů

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška shrnuje základní poznatky o struktuře a funkci proteinů. V její první části jsou probrány strukturní motivy objevující se ve strukturách proteinů a je ukázáno jak mohou tyto motivy vytvářet proteiny se zcela odlišnými funkcemi. Ve druhé části jsou probírány vybrané biologické funkce proteinů a diskutována odlišná řešení struktur proteinů, která se vyvinula k naplnění dané funkce. Ve třetí čáasti jsou uvedeny základní techniky strukturní biologie proteinů a jsou ukázány příklady cíleného inženýrování struktury a funkce proteinů.

Osnova

• 1. Základní strukturní principy architektury proteinů. Stavební prvky proteinů. Motivy struktur proteinů. Doménová struktura proteinů. 2. Role jednotlivých strukturních motivů v biologické funkci proteinů. Proteiny interagující s DNA, transkripční faktory, receptory. Rozpoznávání cizorodých molekul imunitním systémem. Membránové proteiny, membránové receptory. Enzymová katalýza. Předpovídání, modelování a navrhování cíleného obměňování struktury proteinů. Metody stanovení trojrozměrné struktury proteinů. 3. Použití technik genového inženýrství pro studium vztahu struktury a funkce proteinů. Metody přípravy rekombinantních molekul DNA. Izolace a klonování genů. Genetické elementy řídící expresi genů. Stanovení sekvence DNA. Mutageneze in vitro. Produkce rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech.

Literatura

• BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to protein structure. 2nd ed. New York: Garland Publishing, 1998, xiv, 410 s. ISBN 0-8153-2304-2. info

Navazující předměty

• Bi7201 Základy genomiky
• Bi8202 Základy proteomiky

Informace učitele

http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

• Statistika zápisu (nejnovější)