PřF:CG010 Proteomika - Informace o předmětu
CG010 Proteomika
Přírodovědecká fakultapodzim 2024
- Rozsah
- 2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
- Vyučující
- doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející) - Garance
- doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- základy biochemie, analytické a fyzikální chemie
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)
- Cíle předmětu
- cílem tohoto předmětu je seznámit studenty obecně a souhrnně s proteomikou jako oborem, s jeho náplní a hlavními aspekty.
- Výstupy z učení
- na konci tohoto kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce);
znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia;
využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech. - Osnova
- Jan Havliš
- Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
- Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
- Tomáš Klumpler
- Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
- Jan Paleček
- Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – principy skládání komplexů, modularita - molekulární stroje
- David Potěšil
- Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
- Zbyněk Zdráhal
- Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)
- Literatura
- Výukové metody
- výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklady. vzhledem k výkladu, jenž prezentace významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky, je vhodné přednášku navštěvovat.
na začátku kurzu bude do studijních materiálů vložen dokument obsahující dobrovolné průběžné úkoly k upevnění získaných znalostí. - Metody hodnocení
- základem je písemná zkouška, test trvá 90 minut a sestává ze šedesáti otázek, u každé otázky je pouze jedna možná správná odpověď z pěti variant. pro úspěšné absolvování je třeba zodpovědět minimálně 60 % otázek správně; test pokrývá celý obsah kurzu. zkouška bude završena doplňkovou ústní zkouškou sestávající se ze dvou základních otázek.
v průběhu kurzu budou studentům zadávány nehodnocené, nepovinné, časově nenáročné úkoly pro upevnění získaných poznatků. - Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/CG010