C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2023
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assembly, and folding; Mad cow and other diseases; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, environment and hormone responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosylation). 4) DNA-protein interactions, types of interaction motifs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pull-down). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is English. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will also have to deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2022
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assembly, and folding; Mad cow and other diseases; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, environment and hormone responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosylation). 4) DNA-protein interactions, types of interaction motifs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pull-down). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is English. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will also have to deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2021
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assembly, and folding; Mad cow and other diseases; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, environment and hormone responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosylation). 4) DNA-protein interactions, types of interaction motifs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pull-down). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is English. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will also have to deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2020
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assembly, and folding; Mad cow and other diseases; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, environment and hormone responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosylation). 4) DNA-protein interactions, types of interaction motifs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pull-down). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is English. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will also have to deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2019
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assembly, and folding; Mad cow and other diseases; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, environment and hormone responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosylation). 4) DNA-protein interactions, types of interaction motifs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pull-down). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is English. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will also have to deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2016
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assembly, and folding; Mad cow and other diseases; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, environment and hormone responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosylation). 4) DNA-protein interactions, types of interaction motifs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pull-down). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is English. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will also have to deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2015
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assembly, and folding; Mad cow and other diseases; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, environment and hormone responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosylation). 4) DNA-protein interactions, types of interaction motifs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pull-down). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is English. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will also have to deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2014
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assembly, and folding; Mad cow and other diseases; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, environment and hormone responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosylation). 4) DNA-protein interactions, types of interaction motifs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pull-down). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is English. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will also have to deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2013
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assembly, and folding; Mad cow and other diseases; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, environment and hormone responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosylation). 4) DNA-protein interactions, types of interaction motifs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pull-down). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is English. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will also have to deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2012
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assmebly, and folding; Mad cow and other disease; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, enviroment and hormon responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosilation, 4) DNA-protein interactions, types of interaction motivs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pulldow). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is english. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will have to also deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
NOW(C8875)
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assmebly, and folding; Mad cow and other disease; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, enviroment and hormon responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosilation, 4) DNA-protein interactions, types of interaction motivs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pulldow). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is english. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will have to also deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2010
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
NOW(C8875)
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assmebly, and folding; Mad cow and other disease; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, enviroment and hormon responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosilation, 4) DNA-protein interactions, types of interaction motivs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pulldow). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is english. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will have to also deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2009
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 10:00–10:50 C04/211
Předpoklady
NOW(C8875)
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assmebly, and folding; Mad cow and other disease; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, enviroment and hormon responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosilation, 4) DNA-protein interactions, types of interaction motivs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pulldow). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is english. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will have to also deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Study of interactions between proteins and DNA

Přírodovědecká fakulta
podzim 2008
Rozsah
1/0/0. 4 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Čt 10:00–10:50 C04/211
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 15 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assmebly, and folding; Mad cow and other disease; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, enviroment and hormon responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosilation, 4) DNA-protein interactions, types of interaction motivs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pulldow). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assmebly, and folding; Mad cow and other disease; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, enviroment and hormon responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosilation, 4) DNA-protein interactions, types of interaction motivs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pulldow). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will have to also deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Study of interactions between proteins and DNA

Přírodovědecká fakulta
podzim 2007
Rozsah
1/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 15 mateřských oborů, zobrazit
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assmebly, and folding; Mad cow and other disease; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, enviroment and hormon responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosilation, 4) DNA-protein interactions, types of interaction motivs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pulldow). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Study of interactions between proteins and DNA

Přírodovědecká fakulta
podzim 2006
Rozsah
1/0/0. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Čt 13:00–13:50 C04/211
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 15 mateřských oborů, zobrazit
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assmebly, and folding; Mad cow and other disease; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, enviroment and hormon responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosilation, 4) DNA-protein interactions, types of interaction motivs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pulldow). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2024

Předmět se v období podzim 2024 nevypisuje.

Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assembly, and folding; Mad cow and other diseases; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, environment and hormone responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosylation). 4) DNA-protein interactions, types of interaction motifs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pull-down). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is English. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will also have to deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2018

Předmět se v období podzim 2018 nevypisuje.

Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assembly, and folding; Mad cow and other diseases; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, environment and hormone responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosylation). 4) DNA-protein interactions, types of interaction motifs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pull-down). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is English. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will also have to deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět již není vypisován.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2017

Předmět se v období podzim 2017 nevypisuje.

Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assembly, and folding; Mad cow and other diseases; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, environment and hormone responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosylation). 4) DNA-protein interactions, types of interaction motifs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pull-down). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is English. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will also have to deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět již není vypisován.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Study of interactions between proteins and DNA

Přírodovědecká fakulta
jaro 2007

Předmět se v období jaro 2007 nevypisuje.

Rozsah
1/0/0. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 15 mateřských oborů, zobrazit
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011 - akreditace

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assmebly, and folding; Mad cow and other disease; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, enviroment and hormon responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosilation, 4) DNA-protein interactions, types of interaction motivs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pulldow). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is english. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will have to also deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2010 - akreditace
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
NOW(C8875)
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assmebly, and folding; Mad cow and other disease; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, enviroment and hormon responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosilation, 4) DNA-protein interactions, types of interaction motivs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pulldow). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is english. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will have to also deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.

C8857 Study of interactions between proteins and DNA

Přírodovědecká fakulta
podzim 2007 - akreditace
Rozsah
1/0/0. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 15 mateřských oborů, zobrazit
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assmebly, and folding; Mad cow and other disease; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, enviroment and hormon responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosilation, 4) DNA-protein interactions, types of interaction motivs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pulldow). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.