C8857 Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction

Přírodovědecká fakulta
podzim 2022
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main aim of the course is to discuss the role of protein-mediated interactions in the biology of the cell. Examples of protein-ligand, protein-protein and protein-DNA interactions and motifs responsible for such interactions will be presented in the context of their biological significance. The course will also include theory of individual methods used for study of protein-mediated interactions.
Osnova
  • 1) General concept DNA RNA PROTEIN; Proteins - their structure, assembly, and folding; Mad cow and other diseases; Domains and motifs; Predictions. 2) Why and how do the proteins interact; Little bit of Math; Data mining; Protein localization (NLS), membrane transport , transport in cytosol etc.); Role of protein interactions (cell cycle, environment and hormone responses). 3) Modification of protein interactions, their role and types (phosphorylation, Ubq, Sumo, glycosylation). 4) DNA-protein interactions, types of interaction motifs, their roles (replication, transcription, repair), modification again 5) Methods of study (microscopy, Y2H, FRET, in vitro /pull-down). 6) Methods II (IP,CHIP, far western, EMSA, Biocore etc.). 7) Single protein versus complex of proteins. 8) Examples: DNA repair mechanisms, from single protein to multi-protein complexes. 9) DNA repair II
Literatura
  • MEYERS., Robert A. Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, 2nd Edition. 2004. ISBN 3-527-30545-9. info
  • BRANDEN, Carl a John TOOZE. Introduction to Protein Structure. 1991. ISBN 0-8153-0270-3. info
Výukové metody
The course will be taken in block during the semester. The teaching language is English. Each lecture will consist of summary of previous lecture, actual lecture and case examples. Special focus will be given for group discussions.
Metody hodnocení
The course will be ended by test. Each student will also have to deliver home assignment that describes their particular project with the potential implementation of the methods and techniques discussed during the course.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2023.