Informace o předmětu

CG010 Proteomika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)

Garance

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 9:00–10:50 C02/211

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)

Cíle předmětu

cílem tohoto předmětu je seznámit studenty obecně a souhrnně s proteomikou jako oborem, s jeho náplní a hlavními aspekty.

Výstupy z učení

na konci tohoto kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce);
znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia;
využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.

Osnova

• Jan Havliš
• Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
• Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
• Tomáš Klumpler
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – principy skládání komplexů, modularita - molekulární stroje
• David Potěšil
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklady. vzhledem k výkladu, jenž prezentace významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky, je vhodné přednášku navštěvovat.
na začátku kurzu bude do studijních materiálů vložen dokument obsahující dobrovolné průběžné úkoly k upevnění získaných znalostí.

Metody hodnocení

základem je písemná zkouška, test trvá 90 minut a sestává ze šedesáti otázek, u každé otázky je pouze jedna možná správná odpověď z pěti variant. pro úspěšné absolvování je třeba zodpovědět minimálně 60 % otázek správně; test pokrývá celý obsah kurzu. zkouška bude završena doplňkovou ústní zkouškou sestávající se ze dvou základních otázek.
v průběhu kurzu budou studentům zadávány nehodnocené, nepovinné, časově nenáročné úkoly pro upevnění získaných poznatků.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)

Garance

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 9:00–10:50 C02/211

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)

Cíle předmětu

cílem tohoto předmětu je seznámit studenty obecně a souhrnně s proteomikou jako oborem, s jeho náplní a hlavními aspekty.

Výstupy z učení

na konci tohoto kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce);
znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia;
využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.

Osnova

• Jan Havliš
• Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
• Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
• Tomáš Klumpler
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – principy skládání komplexů, modularita - molekulární stroje
• David Potěšil
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklady. vzhledem k výkladu, jenž prezentace významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky, je vhodné přednášku navštěvovat.
na začátku kurzu bude do studijních materiálů vložen dokument obsahující dobrovolné průběžné úkoly k upevnění získaných znalostí.

Metody hodnocení

základem je písemná zkouška, test trvá 90 minut a sestává ze šedesáti otázek, u každé otázky je pouze jedna možná správná odpověď z pěti variant. pro úspěšné absolvování je třeba zodpovědět minimálně 60 % otázek správně; test pokrývá celý obsah kurzu. zkouška bude završena doplňkovou ústní zkouškou sestávající se ze dvou základních otázek.
v průběhu kurzu budou studentům zadávány nehodnocené, nepovinné, časově nenáročné úkoly pro upevnění získaných poznatků.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)

Garance

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 9:00–10:50 C02/211

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)

Cíle předmětu

cílem tohoto předmětu je seznámit studenty obecně a souhrnně s proteomikou jako oborem, s jeho náplní a hlavními aspekty.

Výstupy z učení

na konci tohoto kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce);
znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia;
využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.

Osnova

• Jan Havliš
• Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
• Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
• Tomáš Klumpler
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – principy skládání komplexů, modularita - molekulární stroje
• David Potěšil
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklady. vzhledem k výkladu, jenž prezentace významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky, je vhodné přednášku navštěvovat.

Metody hodnocení

základem je písemná zkouška, test trvá 90 minut a sestává ze šedesáti otázek, u každé otázky je pouze jedna možná správná odpověď z pěti variant. pro úspěšné absolvování je třeba zodpovědět minimálně 60 % otázek správně; test pokrývá celý obsah kurzu. zkouška bude završena doplňkovou ústní zkouškou.
v průběhu kurzu budou studentům zadávány nehodnocené, nepovinné, časově nenáročné úkoly pro upevnění získaných poznatků.

Informace učitele

21., 28. 9. a 5. 10. 2020 - jan havliš 12. 10. a 19. 10. 2020 - tomáš klumpler 26. 10. a 2. 11. 2020 - honza paleček 9. 11. a 16. 11. 2020 - david potěšil 23. 11. 2020 - zbyněk dráhal

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)

Garance

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 9:00–10:50 C02/211

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)

Cíle předmětu

cílem tohoto předmětu je seznámit studenty obecně a souhrnně s proteomikou jako oborem, s jeho náplní a hlavními aspekty.

Výstupy z učení

na konci tohoto kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce);
znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia;
využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.

Osnova

• Jan Havliš
• Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
• Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
• Tomáš Klumpler
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – principy skládání komplexů, modularita - molekulární stroje
• David Potěšil
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklady. vzhledem k výkladu, jenž prezentace významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky, je vhodné přednášku navštěvovat.

Metody hodnocení

základem je písemná zkouška, test trvá 90 minut a sestává ze šedesáti otázek, u každé otázky je pouze jedna možná správná odpověď z pěti variant. pro úspěšné absolvování je třeba zodpovědět minimálně 60 % otázek správně; test pokrývá celý obsah kurzu. zkouška bude završena doplňkovou ústní zkouškou.
v průběhu kurzu budou studentům zadávány nehodnocené, nepovinné, časově nenáročné úkoly pro upevnění získaných poznatků.

Informace učitele

21., 28. 9. a 5. 10. 2020 - jan havliš 12. 10. a 19. 10. 2020 - tomáš klumpler 26. 10. a 2. 11. 2020 - honza paleček 9. 11. a 16. 11. 2020 - david potěšil 23. 11. 2020 - zbyněk dráhal

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)

Garance

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 9:00–10:50 C02/211

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)

Cíle předmětu

cílem tohoto předmětu je seznámit studenty obecně a souhrnně s proteomikou jako oborem, s jeho náplní a hlavními aspekty.

Výstupy z učení

na konci tohoto kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce);
znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia;
využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.

Osnova

• Jan Havliš
• Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
• Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
• Tomáš Klumpler
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – principy skládání komplexů, modularita - molekulární stroje
• David Potěšil
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

prezenční i teleprezenční výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklady. vzhledem k výkladu, jenž prezentace významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky, je vhodné přednášku navštěvovat.

Metody hodnocení

základem je písemná zkouška, test trvá 90 minut a sestává ze šedesáti otázek, u každé otázky je pouze jedna možná správná odpověď z pěti variant. pro úspěšné absolvování je třeba zodpovědět minimálně 60 % otázek správně; test pokrývá celý obsah kurzu. zkouška bude završena doplňkovou ústní zkouškou.
v průběhu kurzu budou studentům zadávány nehodnocené, nepovinné, časově nenáročné úkoly pro upevnění získaných poznatků.

Informace učitele

teleprezenční přednášky se budou konat v prostředí MS teams. pokud je to možné, stáhněte si aplikaci prostředí. všichni studenti MU k ní mají přístup přes office 365, viz „externí služby“ v ISu. doporučuji naučit se práci v prostředí předem. použití prohlížečové verze omezuje váš přístup k některý užitečným funkcím. přednáška bude nahrávána ve formátu mp4 a posléze bude umístěna do studijních materiálů v ISu. návody k MS teams: https://is.muni.cz/auth/do/mu/samostudium/pages/02-online.html#teams 06., 13. a 20. 10. 2020 - moje maličkost 27. 10. a 03. 11. 2020 - tomáš klumpler 10. 11. a 24. 11. 2020 - honza paleček 01 12. a 08. 12. 2020 - david potěšil 15. 12. 2020 - zbyněk dráhal

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)

Garance

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 9:00–10:50 C02/211

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)

Cíle předmětu

cílem tohoto předmětu je seznámit studenty obecně a souhrnně s proteomikou jako oborem, s jeho náplní a hlavními aspekty.

Výstupy z učení

na konci tohoto kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce);
znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia;
využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.

Osnova

• Jan Havliš
• Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
• Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
• Tomáš Klumpler
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – principy skládání komplexů, modularita - molekulární stroje
• David Potěšil
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat. Studenti si otestují získané znalosti pomocí testů nanečisto, které budou mít podobnou formu a obsah jako finální test, budou opraveny, ale ne známkovány.

Metody hodnocení

zkouška a ústní písemná; test se sestává ze šedesáti otázek, u každé otázky je jen jedna možná správná odpověď z pěti variant. pro úspěšné absolvování je třeba zodpovědět minimálně 60 % otázek správně; test pokrývá celý obsah kurzu. zkouška bude završena ústní zkouškou.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17. 9. až Pá 14. 12. Út 9:00–10:50 C02/211

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)

Cíle předmětu

cílem tohoto předmětu je seznámit studenty obecně a souhrnně s proteomikou jako oborem, s jeho náplní a hlavními aspekty.

Výstupy z učení

na konci tohoto kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce);
znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia;
využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.

Osnova

• Jan Havliš
• Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
• Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
• Tomáš Klumpler
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – principy skládání komplexů, modularita - molekulární stroje
• David Potěšil
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat. Studenti si otestují získané znalosti pomocí testů nanečisto, které budou mít podobnou formu a obsah jako finální test, budou opraveny, ale ne známkovány.

Metody hodnocení

zkouška a ústní písemná; test se sestává ze šedesáti otázek, u každé otázky je jen jedna možná správná odpověď z pěti variant. pro úspěšné absolvování je třeba zodpovědět minimálně 60 % otázek správně; test pokrývá celý obsah kurzu. zkouška bude završena ústní zkouškou.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18. 9. až Pá 15. 12. Út 9:00–10:50 C02/211

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)

Cíle předmětu

cílem tohoto předmětu je seznámit studenty obecně a souhrnně s proteomikou jako oborem, s jeho náplní a hlavními aspekty.

Výstupy z učení

na konci tohoto kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce);
znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia;
využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.

Osnova

• Jan Havliš
• Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
• Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
• Tomáš Klumpler
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – jednoduché (dimery), vícesložkové (SMC...), molekulární stroje
• David Potěšil
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat. Studenti si otestují získané znalosti pomocí testů nanečisto, které budou mít podobnou formu a obsah jako finální test, budou opraveny, ale ne známkovány.

Metody hodnocení

zkouška a ústní písemná; test se sestává ze šedesáti otázek, u každé otázky je jen jedna možná správná odpověď z pěti variant. pro úspěšné absolvování je třeba zodpovědět minimálně 60 % otázek správně; test pokrývá celý obsah kurzu. zkouška bude završena ústní zkouškou.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 19. 9. až Ne 18. 12. Út 9:00–10:50 C02/211

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)

Cíle předmětu

na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce); bude znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia, bude schopen využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.

Osnova

• Jan Havliš
• Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
• Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
• Tomáš Klumpler
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – jednoduché (dimery), vícesložkové (SMC...), molekulární stroje
• David Potěšil
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat.

Metody hodnocení

zkouška písemná; test se sestává ze šedesáti otázek, u každé otázky je jedna možná správná odpověď ze čtyř variant. pro úspěšné absolvování je třeba zodpovědět minimálně 60 % otázek správně. test pokrývá celý obsah kurzu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)
Mgr. Pavla Pospíšilová (pomocník)
Mgr. Jan Škoda (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 9:00–10:50 C02/211

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)

Cíle předmětu

na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce); bude znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia, bude schopen využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.

Osnova

• Jan Havliš
• Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
• Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
• Jaromír Marek
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – jednoduché (dimery), vícesložkové (SMC...), molekulární stroje
• David Potěšil
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat.

Metody hodnocení

zkouška ústní; u studentů se předpokládá pochopení a znalost základních principů a jejich využití. zkouška se sestává ze tří základních otázek, které budou postupně v průběhu zkoušení rozvíjeny, aby student mohl prokázat míru porozumění tématu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Rozsah

2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Zdeněk Glatz, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 8:00–9:50 C02/211

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)

Cíle předmětu

na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce); bude znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia, bude schopen využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.

Osnova

• Jan Havliš
• Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
• Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
• Jaromír Marek
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – jednoduché (dimery), vícesložkové (SMC...), molekulární stroje
• David Potěšil
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat.

Metody hodnocení

zkouška ústní; u studentů se předpokládá pochopení a znalost základních principů a jejich využití. zkouška se sestává ze tří základních otázek, které budou postupně v průběhu zkoušení rozvíjeny, aby student mohl prokázat míru porozumění tématu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Rozsah

2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející), prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc. (zástupce)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Zdeněk Glatz, CSc.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 10:00–11:50 C02/211

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)

Cíle předmětu

na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce); bude znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia, bude schopen využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.

Osnova

• Jan Hejátko
• Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
• Jan Havliš
• Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
• Jaromír Marek
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – jednoduché (dimery), vícesložkové (SMC...), molekulární stroje
• David Potěšil
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat.

Metody hodnocení

zkouška ústní; u studentů se předpokládá pochopení a znalost základních principů a jejich využití. zkouška se sestává ze tří základních otázek, které budou postupně v průběhu zkoušení rozvíjeny, aby student mohl prokázat míru porozumění tématu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Rozsah

2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející), prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc. (zástupce)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)

Garance

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 11:00–12:50 C02/211

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, D-BI4)
• Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)

Cíle předmětu

na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce); bude znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia, bude schopen využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.

Osnova

• Jan Hejátko
• Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
• Jan Havliš
• Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
• Jaromír Marek
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – jednoduché (dimery), vícesložkové (SMC...), molekulární stroje
• David Potěšil
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat.

Metody hodnocení

zkouška ústní; u studentů se předpokládá pochopení a znalost základních principů a jejich využití. zkouška se sestává ze tří základních otázek, které budou postupně v průběhu zkoušení rozvíjeny, aby student mohl prokázat míru porozumění tématu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Předmět se v období podzim 2011 nevypisuje.

Rozsah

2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, D-BI4)

Cíle předmětu

na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou; použít informace o proteinech a jejich komplexech k chápání role těchto v systémové biologii;

Osnova

• Jan Hejátko
• Úvod do proteomiky – definice proteomu (dynamický p.), vztah mezi genomikou a proteomikou, syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita)
• Jan Havliš
• Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem
• Jaromír Marek
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Funkční proteomika – role proteinů (enzymy, signální molekuly, transportní molekuly, stavební molekuly), vztah mezi strukturou a funkcí (domény, proteinové komplexy), vztah mezi lokalizací a funkcí (interakční mapy), vztah mezi obsahem (a formou) proteinu a funkcí, interakce s nebílkovinnými molekulami
• Zbyněk Zdráhal
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, proteinové komplexy, genová ontologie (GO); fylogenetická podobnost, vliv mutací na strukturu a funkci
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – kontextuální analytická proteomika, diagnostická proteomika (biomarkery), proteomika jedné buňky; proteomické aspekty systémové biologie

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat.

Metody hodnocení

zkouška ústní; u studentů se předpokládá pochopení a znalost základních principů a jejich využití. zkouška se sestává ze tří základních otázek, které budou postupně v průběhu zkoušení rozvíjeny, aby student mohl prokázat míru porozumění tématu.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Předmět se v období podzim 2010 nevypisuje.

Rozsah

2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Analytická biochemie (program PřF, N-BCH)
• Biochemie (program PřF, N-BCH)
• Genomika a proteomika (program PřF, D-BI4)

Cíle předmětu

na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou; použít informace o proteinech a jejich komplexech k chápání role těchto v systémové biologii;

Osnova

• Jan Hejátko
• Úvod do proteomiky – definice proteomu (dynamický p.), vztah mezi genomikou a proteomikou, syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita)
• Jan Havliš
• Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem
• Jaromír Marek
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Funkční proteomika – role proteinů (enzymy, signální molekuly, transportní molekuly, stavební molekuly), vztah mezi strukturou a funkcí (domény, proteinové komplexy), vztah mezi lokalizací a funkcí (interakční mapy), vztah mezi obsahem (a formou) proteinu a funkcí, interakce s nebílkovinnými molekulami
• Zbyněk Zdráhal
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, proteinové komplexy, genová ontologie (GO); fylogenetická podobnost, vliv mutací na strukturu a funkci
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – kontextuální analytická proteomika, diagnostická proteomika (biomarkery), proteomika jedné buňky; proteomické aspekty systémové biologie

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat.

Metody hodnocení

zkouška ústní; u studentů se předpokládá pochopení a znalost základních principů a jejich využití. zkouška se sestává ze tří základních otázek, které budou postupně v průběhu zkoušení rozvíjeny, aby student mohl prokázat míru porozumění tématu.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Rozsah

2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Genomika a proteomika (program PřF, D-BI4)

Cíle předmětu

na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou; použít informace o proteinech a jejich komplexech k chápání role těchto v systémové biologii;

Osnova

• Jan Hejátko
• Úvod do proteomiky – definice proteomu (dynamický p.), vztah mezi genomikou a proteomikou, syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita)
• Jan Havliš
• Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem
• Jaromír Marek
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Funkční proteomika – role proteinů (enzymy, signální molekuly, transportní molekuly, stavební molekuly), vztah mezi strukturou a funkcí (domény, proteinové komplexy), vztah mezi lokalizací a funkcí (interakční mapy), vztah mezi obsahem (a formou) proteinu a funkcí, interakce s nebílkovinnými molekulami
• Zbyněk Zdráhal
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, proteinové komplexy, genová ontologie (GO); fylogenetická podobnost, vliv mutací na strukturu a funkci
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – kontextuální analytická proteomika, diagnostická proteomika (biomarkery), proteomika jedné buňky; proteomické aspekty systémové biologie

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat.

Metody hodnocení

zkouška ústní; u studentů se předpokládá pochopení a znalost základních principů a jejich využití. zkouška se sestává ze tří základních otázek, které budou postupně v průběhu zkoušení rozvíjeny, aby student mohl prokázat míru porozumění tématu.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

CG010 Proteomika

Předmět se v období podzim 2011 - akreditace nevypisuje.

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

základy biochemie, analytické a fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Analytická biochemie (program PřF, N-BCH)
• Biochemie (program PřF, N-BCH)
• Genomika a proteomika (program PřF, D-BI4)

Cíle předmětu

na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou; použít informace o proteinech a jejich komplexech k chápání role těchto v systémové biologii;

Osnova

• Jan Hejátko
• Úvod do proteomiky – definice proteomu (dynamický p.), vztah mezi genomikou a proteomikou, syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita)
• Jan Havliš
• Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem
• Jaromír Marek
• Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
• Jan Paleček
• Funkční proteomika – role proteinů (enzymy, signální molekuly, transportní molekuly, stavební molekuly), vztah mezi strukturou a funkcí (domény, proteinové komplexy), vztah mezi lokalizací a funkcí (interakční mapy), vztah mezi obsahem (a formou) proteinu a funkcí, interakce s nebílkovinnými molekulami
• Zbyněk Zdráhal
• Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, proteinové komplexy, genová ontologie (GO); fylogenetická podobnost, vliv mutací na strukturu a funkci
• Zbyněk Zdráhal
• Význam a využití proteomiky – kontextuální analytická proteomika, diagnostická proteomika (biomarkery), proteomika jedné buňky; proteomické aspekty systémové biologie

Literatura

doporučená literatura
• TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
• Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002, viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info

Výukové metody

výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat.

Metody hodnocení

zkouška ústní; u studentů se předpokládá pochopení a znalost základních principů a jejich využití. zkouška se sestává ze tří základních otázek, které budou postupně v průběhu zkoušení rozvíjeny, aby student mohl prokázat míru porozumění tématu.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C6210 Biotechnologie
  (Bi1700 || C7920 || CG010 || C1470 || souhlas) && !NOWANY(C6211)  

• Statistika zápisu (nejnovější)