E4050 Metagenomika

Přírodovědecká fakulta
jaro 2025

Předmět se v období jaro 2025 nevypisuje.

Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA (přednášející)
Mgr. Petra Vídeňská, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
! Bi0036 Metagenomika || Bi4090 Obecná mikrobiologie || Bi2060 Základy mikrobiologie || Bi7170 Lékařská mikrobiologie
Přednáška je určena především pro studenty zaměření mikrobiologie a studenty se zájmem o ekologii mikroorganizmů.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20
Jiné omezení: Min. počet zapsaných studentů je 10
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu je, aby se studenti seznámili se základními pojmy, nástroji a také s nejčastějším využitím metagenomiky. Součástí cyklu přednášek budou také přednášky přizvaných odborníků a ukázka přístrojů využívaných při studiu mikrobiálních společenstev, zejména sekvenátorů druhé generace.
Výstupy z učení
Student se během absolvování předmětu seznámí s: - Bakteriálním genomem a životní strategií - Přehledem dostupných přístrojů sekvenování nové generace - Principy a rozdíly jednotlivých sekvenačních platforem - Různými metagenomickými přístupy – celometagenomové sekvenování, sekvenování genu pro 16S rRNA - Vhodnými odběry různých typů matric pro metagenomické studie - Teoretickou přípravou knihoven - Dostupné technologie, kontrolní kroky - Analýzou dat a databázemi - Reálnými problémy studia mikrobiálních společenstev - Mikrobiomem vody, půdy a člověka - Metatranskriptomikou, Metametabolomikou a Metaproteomikou
Osnova
  • 1. Historie, základní pojmy, význam mikroorganismů 2. Bakteriální genom a životní strategie bakterií 3. Sekvenování druhé a třetí generace 4. Další metody využívané v metagenomice 5. Design metagenomických studií, odběr vzorků, izolace DNA 6. Příprava vzorků pro sekvenaci genu pro 16S rRNA a WMGS 7. Bioinformatická analýza 8. Metatranskriptom, metametabolom, metaproteom 9. Mykobiom a virom 10. Mikrobiální společenstva
Literatura
  • Beneti,C. Metagenomics: methods, application and perspectives,
  • Schwiertz,A. Microbiota of the human body
Výukové metody
Přednáška a diskuze nad danou problematikou.
Metody hodnocení
Diskuze během přednášek, příprava prezentace, ústní zkouška.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět se doporučuje zapsat v 2. nebo 4. semestru.
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2025/E4050